召集壮士帮忙测试 TinyTeX

dapengde · 2017年12月20日

yihui 你咋就不让我放弃呢？在cmd 窗口运行 pdflatex，有 log 文件，里面关于参考文献的信息是：

Package natbib Warning: Citation `R-bookdown' on page 7 undefined on input line
 249.
Package natbib Warning: Citation `xie2015' on page 7 undefined on input line 25
0.

这是运行第一遍 pdflatex 的记录。关键是下一步运行 bibtex，就成了 book.bib.bib 了，所以后面第二遍第三遍运行的 pdflatex 就没啥意义了：

Microsoft Windows [Version 6.1.7601]
Copyright (c) 2009 Microsoft Corporation.  All rights reserved.

D:\temp\newpkg\test>"pdflatex" -halt-on-error -interaction=batchmode "test.tex"

This is pdfTeX, Version 3.14159265-2.6-1.40.18 (MiKTeX 2.9.6500)
entering extended mode

D:\temp\newpkg\test>bibtex test
This is BibTeX, Version 0.99d (MiKTeX 2.9.6500)
The top-level auxiliary file: test.aux
The style file: apalike.bst
I couldn't open database file book.bib.bib
---line 50 of file test.aux
 : \bibdata{book.bib
 :                  ,packages.bib}
I'm skipping whatever remains of this command
I found no database files---while reading file test.aux
Warning--I didn't find a database entry for "R-bookdown"
Warning--I didn't find a database entry for "xie2015"
(There were 2 error messages)

yihui · 2017年12月20日

dapengde 嗯，我只想知道第一遍 pdflatex 为什么会失败，后面不需要跑 bibtex（它肯定会失败，这个我明白）。你得先把那些 .aux / .bbl / .blg 之类的辅助文件删掉再跑 pdflatex，我想看的是 .log 文件里面说什么。

因为你这个问题实在是太匪夷所思了，我想不明白为什么鱼儿会漏网。

dapengde · 2017年12月20日

yihui .log 太长，来这里看看。你现在搞得我非常讳疾忌医。

我在 .tex 里把 .bib 文件的扩展名去掉编译，得到的 .log 文件跟没去掉扩展名得到的 .log 文件比较了一下，两个 .log 文件一模一样。但是第二步运行 bibtex test 就不同了，一个找到了 .bib 文件，一个没找到 .bib.bib 文件。

JackieMe · 2017年12月21日

yihui 反正试过了在 R console 和终端打开的 RStudio 都可以成功编译 PDF，我的折腾也算告一段落了。其实我开始就说纯属好奇，因为我平时基本不写 R Markdown 文档?

yihui · 2017年12月22日

JackieMe Cloud2016 PATH 问题我在最新开发版中解决了：https://github.com/yihui/tinytex 你们不必手工调整 PATH，在任何软件（包括 RStudio）中调用 tinytex 应该都能正确编译 R Markdown 或 LaTeX 文档。

dapengde 罢了，你这个问题我觉得靠回帖是解决不了了。约个时间用远程桌面我看看。

Cloud2016 · 2017年12月22日

yihui 点赞 ? 速度

yihui · 2017年12月22日

dapengde 在两个网友的首次见面会上，我们解决了这个谜题。参考文献编不出来是因为 CTeX 里面的 latexmk.exe 居然可以不依赖 LaTeX 包 latexmk 就可以运行，而且疑案现场的电脑上还因为不明原因碰巧装了 Perl，在这两重因素下，tinytex::latexmk() 被说服了使用命令行工具 latexmk 来编 PDF，由于该工具没有跟我一样对 .aux 文件中的 .bib 文件名打补丁，于是 bibtex 抱怨说找不到 foo.bib.bib 文件。我刚在 tinytex 中强制启用了模拟模式，也就是说除非用户特地指定用 latexmk，否则我就用我自己的模拟模式去编 PDF，这个模式对带 .bib 扩展名的文件是安全的（跨平台通用）。

Cloud2016 我希望你可以试试最新的开发版，看看你不自己调整 PATH 变量能否正常编译 PDF。

dapengde · 2017年12月22日

yihui 网友见面我总是紧张，尤其是男网友，尤其是男偶像。手都不知道往哪儿放了。PS：Perl 是哪里来的，真不知道。

感谢偶像帮我修电脑！

PPS: 又查了一下，我的 Windows 下有一个叫 Strawberry Perl 的安装，和一个 ActivePerl 的安装。你远程看到的 c:/perl 来自后者。根据安装时间猜测，我可能是在折腾某些在 linux 容易安装但是在 windows 不容易安装的东西时，按网上的方法装上去的，可能是 python 的某个库或者别的什么东西——完全不记得了。

我卸载了这两个 Perl 之后，即使不使用你今天施的法术，而保留 latexmk.exe 原来的样子，也可以正常编译了！那么说到底这个锅是 perl 来背咯？perl 在 latex 里多管闲事？

yihui · 2017年12月22日

dapengde Perl 是躺着中枪，只是因为 latexmk 包本来是用 Perl 写的而已。真正的锅还是该 MiKTeX 里的 bibtex 来背，它是麻烦的根源。它看见 foo.bib 时非要认为是 foo.bib.bib，为了向它投降，我们必须把扩展名去掉，而去掉扩展名会导致文档不具有可移植性（某个工具下能编，换个工具就不能编）。可移植性比隐藏扩展名要重要多了，这一点 MiKTeX 中的 bibtex 的作者可能不太认同（估计伊不用非 Windows 的系统），而 latexmk.exe 又没像我一样对这个问题打补丁，放任 bibtex 出错。既然它不打补丁，我只好把它默认辞退了。

dapengde · 2017年12月22日

yihui 明白了。目前是在 bookdown 里编译就没问题，但是在 cmd 里或者 texstudio 里编译 tex 文件仍然是在傻傻地找 foo.bib.bib. 也就是说， bookdown / rmarkdown 为 bibtex 填坑的行为受到了我电脑里 perl 的干扰，而其他软件根本连 bibtex 的坑都没填。

你上面多次提到的为 bibtex 填坑的行为，我一直很困惑，就是因为我这里 perl 的存在导致我这里这个坑压根儿就没填上。

这也解释了为何我最初用 bookdown 没这问题——当时是今年 3 月份，而我的 Perl 是 5 月份安装了。

这正是小白长得像哥哥：真相大白。

yihui · 2017年12月22日

dapengde 完全正确。你不能通过纯 LaTeX 命令行或者 TeXStudio 编译。当然，其实 Rscript -e "rmarkdown::render('foo.Rmd')" 也是命令行。

Cloud2016 · 2017年12月23日

yihui 经测试没问题，可以正常编译出pdf。是在 R 内设置 Sys.setenv('PATH') 追加 TinyTeX 路径？
#L50

yihui · 2017年12月23日

Cloud2016 是的，只是在有必要的情况下（条件：系统是 Linux、~/bin/tlmgr 存在但通过 Sys.which() 找不到或者找到的不是它），临时调整 PATH，编完了再恢复。

JackieMe · 2017年12月23日

yihui
我本身除了 TinyTeX 之外没有装任何 TeX，使用 zsh，之前把 TinyTeX 路径自己加在~/.zshrc。
刚刚从~/.zshrc中PATH设置中去掉 TinyTeX 。然后：

devtools::install_github('yihui/tinytex')
tinytex::install_tinytex(force=TRUE)

重新安装。安装一切顺利。
之后直接打开 RStudio：

R >>> library(tinytex)
R >>> Sys.getenv('PATH')
[1] "/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/games:/usr/games"
R >>> tinytex::is_tinytext()
Error: 'is_tinytext' is not an exported object from 'namespace:tinytex'

不管，直接打开测试的在R Markdown文档中使用中文.Rmd编译。报错：

pandoc: xelatex not found. xelatex is needed for pdf output.
Error: pandoc document conversion failed with error 41
Execution halted

貌似还是路径问题？找不到 xelatex。还是我配置问题？

但是测试编译xelatex('xxx.tex')文件是可以的，但是 RStudio 打开 tex 文件再点击 Compile PDF 还是提示找不到 XeLaTeX:

Unabled to find specified LaTeX program 'XeLaTeX' on the system path

所以如果要用 knitr还需要另外配置？

另外：

R >>> tlmgr_update()
tlmgr update --all --self
tlmgr: package repository http://mirrors.ustc.edu.cn/CTAN/systems/texlive/tlnet (verified)
sh: 1: fmtutil-sys: not found
R >>> tlmgr_search('fmtutil-sys')
tlmgr search --file --global 'fmtutil-sys'
tlmgr: package repository http://mirrors.ustc.edu.cn/CTAN/systems/texlive/tlnet (verified)
tetex:
	texmf-dist/doc/man/man1/fmtutil-sys.1
	texmf-dist/doc/man/man1/fmtutil-sys.man1.pdf
	texmf-dist/scripts/texlive/fmtutil-sys.sh
tetex.amd64-freebsd:
	bin/amd64-freebsd/fmtutil-sys
tetex.amd64-netbsd:
	bin/amd64-netbsd/fmtutil-sys
tetex.armel-linux:
	bin/armel-linux/fmtutil-sys
tetex.armhf-linux:
	bin/armhf-linux/fmtutil-sys
tetex.i386-cygwin:
	bin/i386-cygwin/fmtutil-sys
tetex.i386-darwin:
	bin/i386-darwin/fmtutil-sys
tetex.i386-freebsd:
	bin/i386-freebsd/fmtutil-sys
tetex.i386-linux:
	bin/i386-linux/fmtutil-sys
tetex.i386-netbsd:
	bin/i386-netbsd/fmtutil-sys
tetex.i386-solaris:
	bin/i386-solaris/fmtutil-sys
tetex.powerpc-darwin:
	bin/powerpc-darwin/fmtutil-sys
tetex.powerpc-linux:
	bin/powerpc-linux/fmtutil-sys
tetex.sparc-solaris:
	bin/sparc-solaris/fmtutil-sys
tetex.win32:
	bin/win32/fmtutil-sys.exe
tetex.x86_64-cygwin:
	bin/x86_64-cygwin/fmtutil-sys
tetex.x86_64-darwin:
	bin/x86_64-darwin/fmtutil-sys
tetex.x86_64-darwinlegacy:
	bin/x86_64-darwinlegacy/fmtutil-sys
tetex.x86_64-linux:
	bin/x86_64-linux/fmtutil-sys
tetex.x86_64-solaris:
	bin/x86_64-solaris/fmtutil-sys

这个？

yihui · 2017年12月24日

JackieMe 你需要

devtools::install_github(c('yihui/tinytex', 'rstudio/rmarkdown'))

另外，是 tinytex:::is_tinytex() 而不是 tinytex::is_tinytext()。

JackieMe · 2017年12月24日

yihui OK。install_github之后可以编译 Rmd 文件了。
tinytex::is_tinytex()命令去掉了是吧？

HarryZhu-7harryprince · 2017年12月24日

Cloud2016 洋人搞的rocker 不太实用

Cloud2016 · 2017年12月24日

HarryZhu-7harryprince 洋人搞的 rocker 可能他们很受用，看拉取次数还是很可观的。

JackieMe 是三个冒号哟

JackieMe · 2017年12月24日

Cloud2016 好吧，是我瞎了.....
第一次见还有:::的用法，长见识了。

yihui · 2017年12月24日

JackieMe 我懒得导出这个函数，你得用三个冒号调用内部函数。