召集壮士帮忙测试 TinyTeX

yihui 明白了。目前是在 bookdown 里编译就没问题，但是在 cmd 里或者 texstudio 里编译 tex 文件仍然是在傻傻地找 foo.bib.bib. 也就是说， bookdown / rmarkdown 为 bibtex 填坑的行为受到了我电脑里 perl 的干扰，而其他软件根本连 bibtex 的坑都没填。

你上面多次提到的为 bibtex 填坑的行为，我一直很困惑，就是因为我这里 perl 的存在导致我这里这个坑压根儿就没填上。

这也解释了为何我最初用 bookdown 没这问题——当时是今年 3 月份，而我的 Perl 是 5 月份安装了。

这正是小白长得像哥哥：真相大白。

yihui 经测试没问题，可以正常编译出pdf。是在 R 内设置 Sys.setenv('PATH') 追加 TinyTeX 路径？
#L50

yihui
我本身除了 TinyTeX 之外没有装任何 TeX，使用 zsh，之前把 TinyTeX 路径自己加在~/.zshrc。
刚刚从~/.zshrc中PATH设置中去掉 TinyTeX 。然后：

devtools::install_github('yihui/tinytex')
tinytex::install_tinytex(force=TRUE)

重新安装。安装一切顺利。
之后直接打开 RStudio：

R >>> library(tinytex)
R >>> Sys.getenv('PATH')
[1] "/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/games:/usr/games"
R >>> tinytex::is_tinytext()
Error: 'is_tinytext' is not an exported object from 'namespace:tinytex'

不管，直接打开测试的在R Markdown文档中使用中文.Rmd编译。报错：

pandoc: xelatex not found. xelatex is needed for pdf output.
Error: pandoc document conversion failed with error 41
Execution halted

貌似还是路径问题？找不到 xelatex。还是我配置问题？

但是测试编译xelatex('xxx.tex')文件是可以的，但是 RStudio 打开 tex 文件再点击 Compile PDF 还是提示找不到 XeLaTeX:

Unabled to find specified LaTeX program 'XeLaTeX' on the system path

所以如果要用 knitr还需要另外配置？

另外：

R >>> tlmgr_update()
tlmgr update --all --self
tlmgr: package repository http://mirrors.ustc.edu.cn/CTAN/systems/texlive/tlnet (verified)
sh: 1: fmtutil-sys: not found
R >>> tlmgr_search('fmtutil-sys')
tlmgr search --file --global 'fmtutil-sys'
tlmgr: package repository http://mirrors.ustc.edu.cn/CTAN/systems/texlive/tlnet (verified)
tetex:
	texmf-dist/doc/man/man1/fmtutil-sys.1
	texmf-dist/doc/man/man1/fmtutil-sys.man1.pdf
	texmf-dist/scripts/texlive/fmtutil-sys.sh
tetex.amd64-freebsd:
	bin/amd64-freebsd/fmtutil-sys
tetex.amd64-netbsd:
	bin/amd64-netbsd/fmtutil-sys
tetex.armel-linux:
	bin/armel-linux/fmtutil-sys
tetex.armhf-linux:
	bin/armhf-linux/fmtutil-sys
tetex.i386-cygwin:
	bin/i386-cygwin/fmtutil-sys
tetex.i386-darwin:
	bin/i386-darwin/fmtutil-sys
tetex.i386-freebsd:
	bin/i386-freebsd/fmtutil-sys
tetex.i386-linux:
	bin/i386-linux/fmtutil-sys
tetex.i386-netbsd:
	bin/i386-netbsd/fmtutil-sys
tetex.i386-solaris:
	bin/i386-solaris/fmtutil-sys
tetex.powerpc-darwin:
	bin/powerpc-darwin/fmtutil-sys
tetex.powerpc-linux:
	bin/powerpc-linux/fmtutil-sys
tetex.sparc-solaris:
	bin/sparc-solaris/fmtutil-sys
tetex.win32:
	bin/win32/fmtutil-sys.exe
tetex.x86_64-cygwin:
	bin/x86_64-cygwin/fmtutil-sys
tetex.x86_64-darwin:
	bin/x86_64-darwin/fmtutil-sys
tetex.x86_64-darwinlegacy:
	bin/x86_64-darwinlegacy/fmtutil-sys
tetex.x86_64-linux:
	bin/x86_64-linux/fmtutil-sys
tetex.x86_64-solaris:
	bin/x86_64-solaris/fmtutil-sys

这个？

yihui

code.tex 文件内容如下：

\documentclass{ctexart}
\usepackage{minted}

\title{R语言}
\author{某某}

\begin{document}
\maketitle
\section{数据描述}

\begin{minted}{c}
int main() {
	printf("hello, world");
	return 0;
}
\end{minted}

\begin{minted}{python}
def boring(args = None):
	pass
\end{minted}

\begin{minted}{r}
require(stats) # for lowess, rpois, rnorm
plot(cars)
lines(lowess(cars))
plot(sin, -pi, 2*pi) # see ?plot.function
## Discrete Distribution Plot:
plot(table(rpois(100, 5)), type = "h", col = "red", lwd = 10,
     main = "rpois(100, lambda = 5)")
## Simple quantiles/ECDF, see ecdf() {library(stats)} for a better one:
plot(x <- sort(rnorm(47)), type = "s", main = "plot(x, type = \"s\")")
points(x, cex = .5, col = "dark red")
\end{minted}

\mint{python}|import this|

\end{document}

使用 minted 包的tex文件，需要在编译的时候使用-shell-escape参数，如果使用 tinytex::xelatex，不知道如何传这个参数？如果不能传递，谢大大是否可以再添加 args 选项让用户自己传递类似上述 -shell-escape 参数？

system2('xelatex', args = '-shell-escape code') # 没问题，但是要运行几遍才有目录索引

tinytex::xelatex(file = 'code.tex') 

# I was unable to find any missing LaTeX packages from the error log code.log.
# ! Package minted Error: You must invoke LaTeX with the -shell-escape flag.
# 
# Error: Failed to compile code.tex. See code.log for more info.
# In addition: Warning message:
#   running command '"xelatex" -halt-on-error -interaction=batchmode "code.tex"' had status 1

yihui 你还说！要不是你鼓捣出来个 bookdown，我早就跟 LaTeX 决裂了！

yihui 问题能重现，可是我不会修复，谢大大太瞧得起我啦

只要不用R Notebook输出html就没关系，警告信息不随html/PDF文件走

学校的模板比较奇葩，如参考文献格式还是国标2005版（现在是2015版），模板风格都是很多年前的，还有很多细节要调整 <https://github.com/XiangyunHuang/CUMTB-Master-Thesis>