召集壮士帮忙测试 TinyTeX

JackieMe · 2017年12月20日

JackieMe
Never mind.
测试了一个简单文件，可以编译出 PDF。中文貌似有问题，趟下一个坑去了。

dapengde · 2017年12月20日

yihui 好的！新版 rmarkdown 已安装。我用 RStudio 新建 bookdown 项目得到了 'A Minimal Book Example'，build 出了一个 test.tex 文件，里面的参考文献声明如下：

\bibliography{book.bib,packages.bib}

下面是用 tinytex + CTeX 对 test.tex 文件的编译信息。貌似找到 .bib 文件了：Found bibliography file(s) [book.bib packages.bib]，但 .bbl 文件里的条目是空的。

> tinytex::pdflatex('test.tex')
Error: Failed to compile test.tex.
In addition: Warning message:
running command '"pdflatex" -halt-on-error -interaction=batchmode "test.tex"' had status 1 

> tinytex::latexmk('test.tex', 'pdflatex')
Latexmk: This is Latexmk, John Collins, 20 Nov. 2017, version: 4.54.
Rule 'pdflatex': File changes, etc:
   Changed files, or newly in use since previous run(s):
      'test.aux'
------------
Run number 1 of rule 'pdflatex'
------------
------------
Running 'pdflatex  -halt-on-error -interaction=batchmode -recorder  "test.tex"'
------------
Latexmk: applying rule 'pdflatex'...
This is pdfTeX, Version 3.14159265-2.6-1.40.18 (MiKTeX 2.9.6500)
entering extended mode
Latexmk: Found input bbl file 'test.bbl'
Latexmk: Log file says output to 'test.pdf'
Latexmk: List of undefined refs and citations:
  Citation `R-bookdown' on page 7 undefined on input line 249
  Citation `xie2015' on page 7 undefined on input line 250
=== TeX engine is 'pdfTeX'
Latexmk: Found bibliography file(s) [book.bib packages.bib]
Latexmk: Summary of warnings:
  Latex failed to resolve 2 citation(s)
Rule 'pdflatex': File changes, etc:
   Changed files, or newly in use since previous run(s):
      'test.toc'
------------
Run number 2 of rule 'pdflatex'
------------
------------
Running 'pdflatex  -halt-on-error -interaction=batchmode -recorder  "test.tex"'
------------
Latexmk: applying rule 'pdflatex'...
This is pdfTeX, Version 3.14159265-2.6-1.40.18 (MiKTeX 2.9.6500)
entering extended mode
Latexmk: Found input bbl file 'test.bbl'
Latexmk: Log file says output to 'test.pdf'
Latexmk: List of undefined refs and citations:
  Citation `R-bookdown' on page 7 undefined on input line 249
  Citation `xie2015' on page 7 undefined on input line 250
=== TeX engine is 'pdfTeX'
Latexmk: Found bibliography file(s) [book.bib packages.bib]
Latexmk: Summary of warnings:
  Latex failed to resolve 2 citation(s)
Latexmk: All targets (test.pdf) are up-to-date
Warning message:
running command '"latexmk" -pdf -latexoption=-halt-on-error -interaction=batchmode -pdflatex=pdflatex "test.tex"' had status 12

> devtools::session_info()
Session info -------------------------------------------------------------------------------
 setting  value                                              
 version  R version 3.4.3 (2017-11-30)                       
 system   x86_64, mingw32                                    
 ui       RStudio (1.1.383)                                  
 language (EN)                                               
 collate  Chinese (Simplified)_People's Republic of China.936
 tz       Europe/Berlin                                      
 date     2017-12-20                                         

Packages -----------------------------------------------------------------------------------
 package   * version date       source                        
 base      * 3.4.3   2017-11-30 local                         
 compiler    3.4.3   2017-11-30 local                         
 curl        3.0     2017-10-06 CRAN (R 3.4.2)                
 datasets  * 3.4.3   2017-11-30 local                         
 devtools    1.13.4  2017-11-09 CRAN (R 3.4.3)                
 digest      0.6.12  2017-01-27 CRAN (R 3.3.2)                
 git2r       0.19.0  2017-07-19 CRAN (R 3.4.1)                
 graphics  * 3.4.3   2017-11-30 local                         
 grDevices * 3.4.3   2017-11-30 local                         
 httr        1.3.1   2017-08-20 CRAN (R 3.4.1)                
 memoise     1.1.0   2017-04-21 CRAN (R 3.3.3)                
 methods   * 3.4.3   2017-11-30 local                         
 R6          2.2.2   2017-06-17 CRAN (R 3.3.3)                
 stats     * 3.4.3   2017-11-30 local                         
 tinytex     0.1.6   2017-12-19 Github (yihui/tinytex@acbc9db)
 tools       3.4.3   2017-11-30 local                         
 utils     * 3.4.3   2017-11-30 local                         
 withr       2.1.0   2017-11-01 CRAN (R 3.4.3)                
 yaml        2.1.16  2017-12-12 CRAN (R 3.4.3)

Cloud2016 · 2017年12月20日

dapengde 7小时前，tinytex 已经更新了

dapengde · 2017年12月20日

Cloud2016 谢谢。真是跟不上节奏。已升级，但仍然不行。这个不是 tinytex 的问题，是 MiKTeX 或者 BiBTeX 的问题。我放弃了，就带病生存吧，也挺好。

tinytex     0.2     2017-12-20 Github (yihui/tinytex@dbb4900)

yihui · 2017年12月20日

JackieMe 这个 PATH 问题不能算 RStudio 的问题，所有图形界面工具都会存在这个问题。核心问题就是只有你的命令行终端会读那些 ~/.bash_profile 之类的文件，图形界面工具不会读那些文件，所以你在那里面修改 PATH 是无效的。

dapengde 你直接在命令行窗口中跑 "pdflatex" -halt-on-error -interaction=batchmode "test.tex" 是什么结果？有没有日志文件 test.log？

dapengde · 2017年12月20日

yihui 你咋就不让我放弃呢？在cmd 窗口运行 pdflatex，有 log 文件，里面关于参考文献的信息是：

Package natbib Warning: Citation `R-bookdown' on page 7 undefined on input line
 249.
Package natbib Warning: Citation `xie2015' on page 7 undefined on input line 25
0.

这是运行第一遍 pdflatex 的记录。关键是下一步运行 bibtex，就成了 book.bib.bib 了，所以后面第二遍第三遍运行的 pdflatex 就没啥意义了：

Microsoft Windows [Version 6.1.7601]
Copyright (c) 2009 Microsoft Corporation.  All rights reserved.

D:\temp\newpkg\test>"pdflatex" -halt-on-error -interaction=batchmode "test.tex"

This is pdfTeX, Version 3.14159265-2.6-1.40.18 (MiKTeX 2.9.6500)
entering extended mode

D:\temp\newpkg\test>bibtex test
This is BibTeX, Version 0.99d (MiKTeX 2.9.6500)
The top-level auxiliary file: test.aux
The style file: apalike.bst
I couldn't open database file book.bib.bib
---line 50 of file test.aux
 : \bibdata{book.bib
 :                  ,packages.bib}
I'm skipping whatever remains of this command
I found no database files---while reading file test.aux
Warning--I didn't find a database entry for "R-bookdown"
Warning--I didn't find a database entry for "xie2015"
(There were 2 error messages)

yihui · 2017年12月20日

dapengde 嗯，我只想知道第一遍 pdflatex 为什么会失败，后面不需要跑 bibtex（它肯定会失败，这个我明白）。你得先把那些 .aux / .bbl / .blg 之类的辅助文件删掉再跑 pdflatex，我想看的是 .log 文件里面说什么。

因为你这个问题实在是太匪夷所思了，我想不明白为什么鱼儿会漏网。

dapengde · 2017年12月20日

yihui .log 太长，来这里看看。你现在搞得我非常讳疾忌医。

我在 .tex 里把 .bib 文件的扩展名去掉编译，得到的 .log 文件跟没去掉扩展名得到的 .log 文件比较了一下，两个 .log 文件一模一样。但是第二步运行 bibtex test 就不同了，一个找到了 .bib 文件，一个没找到 .bib.bib 文件。

JackieMe · 2017年12月21日

yihui 反正试过了在 R console 和终端打开的 RStudio 都可以成功编译 PDF，我的折腾也算告一段落了。其实我开始就说纯属好奇，因为我平时基本不写 R Markdown 文档?

yihui · 2017年12月22日

JackieMe Cloud2016 PATH 问题我在最新开发版中解决了：https://github.com/yihui/tinytex 你们不必手工调整 PATH，在任何软件（包括 RStudio）中调用 tinytex 应该都能正确编译 R Markdown 或 LaTeX 文档。

dapengde 罢了，你这个问题我觉得靠回帖是解决不了了。约个时间用远程桌面我看看。

Cloud2016 · 2017年12月22日

yihui 点赞 ? 速度

yihui · 2017年12月22日

dapengde 在两个网友的首次见面会上，我们解决了这个谜题。参考文献编不出来是因为 CTeX 里面的 latexmk.exe 居然可以不依赖 LaTeX 包 latexmk 就可以运行，而且疑案现场的电脑上还因为不明原因碰巧装了 Perl，在这两重因素下，tinytex::latexmk() 被说服了使用命令行工具 latexmk 来编 PDF，由于该工具没有跟我一样对 .aux 文件中的 .bib 文件名打补丁，于是 bibtex 抱怨说找不到 foo.bib.bib 文件。我刚在 tinytex 中强制启用了模拟模式，也就是说除非用户特地指定用 latexmk，否则我就用我自己的模拟模式去编 PDF，这个模式对带 .bib 扩展名的文件是安全的（跨平台通用）。

Cloud2016 我希望你可以试试最新的开发版，看看你不自己调整 PATH 变量能否正常编译 PDF。

dapengde · 2017年12月22日

yihui 网友见面我总是紧张，尤其是男网友，尤其是男偶像。手都不知道往哪儿放了。PS：Perl 是哪里来的，真不知道。

感谢偶像帮我修电脑！

PPS: 又查了一下，我的 Windows 下有一个叫 Strawberry Perl 的安装，和一个 ActivePerl 的安装。你远程看到的 c:/perl 来自后者。根据安装时间猜测，我可能是在折腾某些在 linux 容易安装但是在 windows 不容易安装的东西时，按网上的方法装上去的，可能是 python 的某个库或者别的什么东西——完全不记得了。

我卸载了这两个 Perl 之后，即使不使用你今天施的法术，而保留 latexmk.exe 原来的样子，也可以正常编译了！那么说到底这个锅是 perl 来背咯？perl 在 latex 里多管闲事？

yihui · 2017年12月22日

dapengde Perl 是躺着中枪，只是因为 latexmk 包本来是用 Perl 写的而已。真正的锅还是该 MiKTeX 里的 bibtex 来背，它是麻烦的根源。它看见 foo.bib 时非要认为是 foo.bib.bib，为了向它投降，我们必须把扩展名去掉，而去掉扩展名会导致文档不具有可移植性（某个工具下能编，换个工具就不能编）。可移植性比隐藏扩展名要重要多了，这一点 MiKTeX 中的 bibtex 的作者可能不太认同（估计伊不用非 Windows 的系统），而 latexmk.exe 又没像我一样对这个问题打补丁，放任 bibtex 出错。既然它不打补丁，我只好把它默认辞退了。

dapengde · 2017年12月22日

yihui 明白了。目前是在 bookdown 里编译就没问题，但是在 cmd 里或者 texstudio 里编译 tex 文件仍然是在傻傻地找 foo.bib.bib. 也就是说， bookdown / rmarkdown 为 bibtex 填坑的行为受到了我电脑里 perl 的干扰，而其他软件根本连 bibtex 的坑都没填。

你上面多次提到的为 bibtex 填坑的行为，我一直很困惑，就是因为我这里 perl 的存在导致我这里这个坑压根儿就没填上。

这也解释了为何我最初用 bookdown 没这问题——当时是今年 3 月份，而我的 Perl 是 5 月份安装了。

这正是小白长得像哥哥：真相大白。

yihui · 2017年12月22日

dapengde 完全正确。你不能通过纯 LaTeX 命令行或者 TeXStudio 编译。当然，其实 Rscript -e "rmarkdown::render('foo.Rmd')" 也是命令行。

Cloud2016 · 2017年12月23日

yihui 经测试没问题，可以正常编译出pdf。是在 R 内设置 Sys.setenv('PATH') 追加 TinyTeX 路径？
#L50

yihui · 2017年12月23日

Cloud2016 是的，只是在有必要的情况下（条件：系统是 Linux、~/bin/tlmgr 存在但通过 Sys.which() 找不到或者找到的不是它），临时调整 PATH，编完了再恢复。

JackieMe · 2017年12月23日

yihui
我本身除了 TinyTeX 之外没有装任何 TeX，使用 zsh，之前把 TinyTeX 路径自己加在~/.zshrc。
刚刚从~/.zshrc中PATH设置中去掉 TinyTeX 。然后：

devtools::install_github('yihui/tinytex')
tinytex::install_tinytex(force=TRUE)

重新安装。安装一切顺利。
之后直接打开 RStudio：

R >>> library(tinytex)
R >>> Sys.getenv('PATH')
[1] "/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/games:/usr/games"
R >>> tinytex::is_tinytext()
Error: 'is_tinytext' is not an exported object from 'namespace:tinytex'

不管，直接打开测试的在R Markdown文档中使用中文.Rmd编译。报错：

pandoc: xelatex not found. xelatex is needed for pdf output.
Error: pandoc document conversion failed with error 41
Execution halted

貌似还是路径问题？找不到 xelatex。还是我配置问题？

但是测试编译xelatex('xxx.tex')文件是可以的，但是 RStudio 打开 tex 文件再点击 Compile PDF 还是提示找不到 XeLaTeX:

Unabled to find specified LaTeX program 'XeLaTeX' on the system path

所以如果要用 knitr还需要另外配置？

另外：

R >>> tlmgr_update()
tlmgr update --all --self
tlmgr: package repository http://mirrors.ustc.edu.cn/CTAN/systems/texlive/tlnet (verified)
sh: 1: fmtutil-sys: not found
R >>> tlmgr_search('fmtutil-sys')
tlmgr search --file --global 'fmtutil-sys'
tlmgr: package repository http://mirrors.ustc.edu.cn/CTAN/systems/texlive/tlnet (verified)
tetex:
	texmf-dist/doc/man/man1/fmtutil-sys.1
	texmf-dist/doc/man/man1/fmtutil-sys.man1.pdf
	texmf-dist/scripts/texlive/fmtutil-sys.sh
tetex.amd64-freebsd:
	bin/amd64-freebsd/fmtutil-sys
tetex.amd64-netbsd:
	bin/amd64-netbsd/fmtutil-sys
tetex.armel-linux:
	bin/armel-linux/fmtutil-sys
tetex.armhf-linux:
	bin/armhf-linux/fmtutil-sys
tetex.i386-cygwin:
	bin/i386-cygwin/fmtutil-sys
tetex.i386-darwin:
	bin/i386-darwin/fmtutil-sys
tetex.i386-freebsd:
	bin/i386-freebsd/fmtutil-sys
tetex.i386-linux:
	bin/i386-linux/fmtutil-sys
tetex.i386-netbsd:
	bin/i386-netbsd/fmtutil-sys
tetex.i386-solaris:
	bin/i386-solaris/fmtutil-sys
tetex.powerpc-darwin:
	bin/powerpc-darwin/fmtutil-sys
tetex.powerpc-linux:
	bin/powerpc-linux/fmtutil-sys
tetex.sparc-solaris:
	bin/sparc-solaris/fmtutil-sys
tetex.win32:
	bin/win32/fmtutil-sys.exe
tetex.x86_64-cygwin:
	bin/x86_64-cygwin/fmtutil-sys
tetex.x86_64-darwin:
	bin/x86_64-darwin/fmtutil-sys
tetex.x86_64-darwinlegacy:
	bin/x86_64-darwinlegacy/fmtutil-sys
tetex.x86_64-linux:
	bin/x86_64-linux/fmtutil-sys
tetex.x86_64-solaris:
	bin/x86_64-solaris/fmtutil-sys

这个？

yihui · 2017年12月24日

JackieMe 你需要

devtools::install_github(c('yihui/tinytex', 'rstudio/rmarkdown'))

另外，是 tinytex:::is_tinytex() 而不是 tinytex::is_tinytext()。