召集壮士帮忙测试 TinyTeX

Cloud2016 · 2017年12月20日

yihui 1. 折腾一次就够了 ? 我把它打包成虚拟机镜象了，一劳永逸

虚拟机放在百度云，分享链接: <https://pan.baidu.com/s/1nv67anJ> 密码: v3mr，用账户 cloud2016 密码 cloud登陆虚拟机即可使用，配置过程比较血腥，就不放了。
测试的 Rmd 文件，看这里1 ，编译出来的效果，看这里2

PS: 虚拟机镜像 TinyTeX.ova 有1.55个G，是因为装了常用的一些R包，列表如下：

> list.files(.libPaths())
  [1] "assertthat"        "backports"         "base"
  [4] "base64enc"         "BH"                "bibtex"
  [7] "bitops"            "bookdown"          "boot"
 [10] "caTools"           "citr"              "class"
 [13] "cluster"           "codetools"         "colormap"
 [16] "colorspace"        "compiler"          "curl"
 [19] "datasets"          "devtools"          "dichromat"
 [22] "digest"            "evaluate"          "foreign"
 [25] "geoR"              "ggplot2"           "git2r"
 [28] "graphics"          "grDevices"         "grid"
 [31] "gridExtra"         "gtable"            "highr"
 [34] "htmltools"         "htmlwidgets"       "httpuv"
 [37] "httr"              "jsonlite"          "KernSmooth"
 [40] "knitr"             "labeling"          "lattice"
 [43] "lazyeval"          "lubridate"         "magrittr"
 [46] "mapdata"           "mapproj"           "maps"
 [49] "maptools"          "markdown"          "MASS"
 [52] "Matrix"            "maxLik"            "memoise"
 [55] "methods"           "mgcv"              "mime"
 [58] "miniUI"            "miscTools"         "munsell"
 [61] "nlme"              "nnet"              "numDeriv"
 [64] "openssl"           "parallel"          "pdist"
 [67] "plyr"              "PrevMap"           "R6"
 [70] "RandomFields"      "RandomFieldsUtils" "raster"
 [73] "RColorBrewer"      "Rcpp"              "RefManageR"
 [76] "reshape2"          "rgl"               "rlang"
 [79] "rmarkdown"         "rpart"             "rprojroot"
 [82] "rstudioapi"        "rticles"           "sandwich"
 [85] "scales"            "shiny"             "showtext"
 [88] "showtextdb"        "sourcetools"       "sp"
 [91] "spatial"           "splancs"           "splines"
 [94] "stats"             "stats4"            "stringi"
 [97] "stringr"           "survival"          "sysfonts"
[100] "tcltk"             "tibble"            "tinytex"
[103] "tools"             "translations"      "truncnorm"
[106] "utils"             "V8"                "viridisLite"
[109] "whisker"           "withr"             "xml2"
[112] "xtable"            "yaml"              "zoo"

本来想把 rocker/geospatial 这个 docker 镜像有的都装上，但是 sf 包装不上，那一堆依赖全部需要手动从官网下载编译，因为仓库自带的版本太低，不能用，我滴肾！

JackieMe · 2017年12月20日

出于好奇尝试了一下，这里面有深坑。。。

Debian sid，R 3.4.3。在 RStudio 里装的，安装过程没啥，提示：

TinyTeX installed to /home/xxx/.TinyTeX
Warning message:
In tinytex::install_tinytex() :
  TinyTeX was not successfully installed or configured.Your PATH variable is /usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/games:/usr/games. See https://yihui.name/tinytex/faq/ for more information.

发现这个路径不对啊，进一步，Sys.getenv('PATH')确认了问题，路径是系统默认的，并不是~/.zshrc或者~/.bashrc之类的文件自定义的。改了~/.profile问题依旧，开始怀疑了。

果断终端开个 R 看看，结果终端 R console 打开没有问题，Sys.getenv('PATH')显示正确，但是：

> tinytex::is_tinytext()
FALSE

再开 RStudio，PATH还是系统默认，自定义的又没了，到这里基本确实肯定哪里有问题。强行在 RStudio 里测试：

R>library(tinytex)
R>Sys.getenv('PATH')
[1] "/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/games:/usr/games"
R>tinytex:::is_tinytex()
[1] FALSE

好吧，只能 Google 了，结果：system() call from RStudio does not find path; same command from commandline R works fine 。目测发现了 RStudio 的万年 bug。

好了，知道了，终端打开 RStudio 呢，果然，终端开 RStudio 之后Sys.getenv('PATH')终于 RStudio 读到了正确的路径，但是，但是，

R>tinytex:::is_tinytex()
[1] FALSE

依旧。

JackieMe · 2017年12月20日

JackieMe
Never mind.
测试了一个简单文件，可以编译出 PDF。中文貌似有问题，趟下一个坑去了。

dapengde · 2017年12月20日

yihui 好的！新版 rmarkdown 已安装。我用 RStudio 新建 bookdown 项目得到了 'A Minimal Book Example'，build 出了一个 test.tex 文件，里面的参考文献声明如下：

\bibliography{book.bib,packages.bib}

下面是用 tinytex + CTeX 对 test.tex 文件的编译信息。貌似找到 .bib 文件了：Found bibliography file(s) [book.bib packages.bib]，但 .bbl 文件里的条目是空的。

> tinytex::pdflatex('test.tex')
Error: Failed to compile test.tex.
In addition: Warning message:
running command '"pdflatex" -halt-on-error -interaction=batchmode "test.tex"' had status 1 

> tinytex::latexmk('test.tex', 'pdflatex')
Latexmk: This is Latexmk, John Collins, 20 Nov. 2017, version: 4.54.
Rule 'pdflatex': File changes, etc:
   Changed files, or newly in use since previous run(s):
      'test.aux'
------------
Run number 1 of rule 'pdflatex'
------------
------------
Running 'pdflatex  -halt-on-error -interaction=batchmode -recorder  "test.tex"'
------------
Latexmk: applying rule 'pdflatex'...
This is pdfTeX, Version 3.14159265-2.6-1.40.18 (MiKTeX 2.9.6500)
entering extended mode
Latexmk: Found input bbl file 'test.bbl'
Latexmk: Log file says output to 'test.pdf'
Latexmk: List of undefined refs and citations:
  Citation `R-bookdown' on page 7 undefined on input line 249
  Citation `xie2015' on page 7 undefined on input line 250
=== TeX engine is 'pdfTeX'
Latexmk: Found bibliography file(s) [book.bib packages.bib]
Latexmk: Summary of warnings:
  Latex failed to resolve 2 citation(s)
Rule 'pdflatex': File changes, etc:
   Changed files, or newly in use since previous run(s):
      'test.toc'
------------
Run number 2 of rule 'pdflatex'
------------
------------
Running 'pdflatex  -halt-on-error -interaction=batchmode -recorder  "test.tex"'
------------
Latexmk: applying rule 'pdflatex'...
This is pdfTeX, Version 3.14159265-2.6-1.40.18 (MiKTeX 2.9.6500)
entering extended mode
Latexmk: Found input bbl file 'test.bbl'
Latexmk: Log file says output to 'test.pdf'
Latexmk: List of undefined refs and citations:
  Citation `R-bookdown' on page 7 undefined on input line 249
  Citation `xie2015' on page 7 undefined on input line 250
=== TeX engine is 'pdfTeX'
Latexmk: Found bibliography file(s) [book.bib packages.bib]
Latexmk: Summary of warnings:
  Latex failed to resolve 2 citation(s)
Latexmk: All targets (test.pdf) are up-to-date
Warning message:
running command '"latexmk" -pdf -latexoption=-halt-on-error -interaction=batchmode -pdflatex=pdflatex "test.tex"' had status 12

> devtools::session_info()
Session info -------------------------------------------------------------------------------
 setting  value                                              
 version  R version 3.4.3 (2017-11-30)                       
 system   x86_64, mingw32                                    
 ui       RStudio (1.1.383)                                  
 language (EN)                                               
 collate  Chinese (Simplified)_People's Republic of China.936
 tz       Europe/Berlin                                      
 date     2017-12-20                                         

Packages -----------------------------------------------------------------------------------
 package   * version date       source                        
 base      * 3.4.3   2017-11-30 local                         
 compiler    3.4.3   2017-11-30 local                         
 curl        3.0     2017-10-06 CRAN (R 3.4.2)                
 datasets  * 3.4.3   2017-11-30 local                         
 devtools    1.13.4  2017-11-09 CRAN (R 3.4.3)                
 digest      0.6.12  2017-01-27 CRAN (R 3.3.2)                
 git2r       0.19.0  2017-07-19 CRAN (R 3.4.1)                
 graphics  * 3.4.3   2017-11-30 local                         
 grDevices * 3.4.3   2017-11-30 local                         
 httr        1.3.1   2017-08-20 CRAN (R 3.4.1)                
 memoise     1.1.0   2017-04-21 CRAN (R 3.3.3)                
 methods   * 3.4.3   2017-11-30 local                         
 R6          2.2.2   2017-06-17 CRAN (R 3.3.3)                
 stats     * 3.4.3   2017-11-30 local                         
 tinytex     0.1.6   2017-12-19 Github (yihui/tinytex@acbc9db)
 tools       3.4.3   2017-11-30 local                         
 utils     * 3.4.3   2017-11-30 local                         
 withr       2.1.0   2017-11-01 CRAN (R 3.4.3)                
 yaml        2.1.16  2017-12-12 CRAN (R 3.4.3)

Cloud2016 · 2017年12月20日

dapengde 7小时前，tinytex 已经更新了

dapengde · 2017年12月20日

Cloud2016 谢谢。真是跟不上节奏。已升级，但仍然不行。这个不是 tinytex 的问题，是 MiKTeX 或者 BiBTeX 的问题。我放弃了，就带病生存吧，也挺好。

tinytex     0.2     2017-12-20 Github (yihui/tinytex@dbb4900)

yihui · 2017年12月20日

JackieMe 这个 PATH 问题不能算 RStudio 的问题，所有图形界面工具都会存在这个问题。核心问题就是只有你的命令行终端会读那些 ~/.bash_profile 之类的文件，图形界面工具不会读那些文件，所以你在那里面修改 PATH 是无效的。

dapengde 你直接在命令行窗口中跑 "pdflatex" -halt-on-error -interaction=batchmode "test.tex" 是什么结果？有没有日志文件 test.log？

dapengde · 2017年12月20日

yihui 你咋就不让我放弃呢？在cmd 窗口运行 pdflatex，有 log 文件，里面关于参考文献的信息是：

Package natbib Warning: Citation `R-bookdown' on page 7 undefined on input line
 249.
Package natbib Warning: Citation `xie2015' on page 7 undefined on input line 25
0.

这是运行第一遍 pdflatex 的记录。关键是下一步运行 bibtex，就成了 book.bib.bib 了，所以后面第二遍第三遍运行的 pdflatex 就没啥意义了：

Microsoft Windows [Version 6.1.7601]
Copyright (c) 2009 Microsoft Corporation.  All rights reserved.

D:\temp\newpkg\test>"pdflatex" -halt-on-error -interaction=batchmode "test.tex"

This is pdfTeX, Version 3.14159265-2.6-1.40.18 (MiKTeX 2.9.6500)
entering extended mode

D:\temp\newpkg\test>bibtex test
This is BibTeX, Version 0.99d (MiKTeX 2.9.6500)
The top-level auxiliary file: test.aux
The style file: apalike.bst
I couldn't open database file book.bib.bib
---line 50 of file test.aux
 : \bibdata{book.bib
 :                  ,packages.bib}
I'm skipping whatever remains of this command
I found no database files---while reading file test.aux
Warning--I didn't find a database entry for "R-bookdown"
Warning--I didn't find a database entry for "xie2015"
(There were 2 error messages)

yihui · 2017年12月20日

dapengde 嗯，我只想知道第一遍 pdflatex 为什么会失败，后面不需要跑 bibtex（它肯定会失败，这个我明白）。你得先把那些 .aux / .bbl / .blg 之类的辅助文件删掉再跑 pdflatex，我想看的是 .log 文件里面说什么。

因为你这个问题实在是太匪夷所思了，我想不明白为什么鱼儿会漏网。

dapengde · 2017年12月20日

yihui .log 太长，来这里看看。你现在搞得我非常讳疾忌医。

我在 .tex 里把 .bib 文件的扩展名去掉编译，得到的 .log 文件跟没去掉扩展名得到的 .log 文件比较了一下，两个 .log 文件一模一样。但是第二步运行 bibtex test 就不同了，一个找到了 .bib 文件，一个没找到 .bib.bib 文件。

JackieMe · 2017年12月21日

yihui 反正试过了在 R console 和终端打开的 RStudio 都可以成功编译 PDF，我的折腾也算告一段落了。其实我开始就说纯属好奇，因为我平时基本不写 R Markdown 文档?

yihui · 2017年12月22日

JackieMe Cloud2016 PATH 问题我在最新开发版中解决了：https://github.com/yihui/tinytex 你们不必手工调整 PATH，在任何软件（包括 RStudio）中调用 tinytex 应该都能正确编译 R Markdown 或 LaTeX 文档。

dapengde 罢了，你这个问题我觉得靠回帖是解决不了了。约个时间用远程桌面我看看。

Cloud2016 · 2017年12月22日

yihui 点赞 ? 速度

yihui · 2017年12月22日

dapengde 在两个网友的首次见面会上，我们解决了这个谜题。参考文献编不出来是因为 CTeX 里面的 latexmk.exe 居然可以不依赖 LaTeX 包 latexmk 就可以运行，而且疑案现场的电脑上还因为不明原因碰巧装了 Perl，在这两重因素下，tinytex::latexmk() 被说服了使用命令行工具 latexmk 来编 PDF，由于该工具没有跟我一样对 .aux 文件中的 .bib 文件名打补丁，于是 bibtex 抱怨说找不到 foo.bib.bib 文件。我刚在 tinytex 中强制启用了模拟模式，也就是说除非用户特地指定用 latexmk，否则我就用我自己的模拟模式去编 PDF，这个模式对带 .bib 扩展名的文件是安全的（跨平台通用）。

Cloud2016 我希望你可以试试最新的开发版，看看你不自己调整 PATH 变量能否正常编译 PDF。

dapengde · 2017年12月22日

yihui 网友见面我总是紧张，尤其是男网友，尤其是男偶像。手都不知道往哪儿放了。PS：Perl 是哪里来的，真不知道。

感谢偶像帮我修电脑！

PPS: 又查了一下，我的 Windows 下有一个叫 Strawberry Perl 的安装，和一个 ActivePerl 的安装。你远程看到的 c:/perl 来自后者。根据安装时间猜测，我可能是在折腾某些在 linux 容易安装但是在 windows 不容易安装的东西时，按网上的方法装上去的，可能是 python 的某个库或者别的什么东西——完全不记得了。

我卸载了这两个 Perl 之后，即使不使用你今天施的法术，而保留 latexmk.exe 原来的样子，也可以正常编译了！那么说到底这个锅是 perl 来背咯？perl 在 latex 里多管闲事？

yihui · 2017年12月22日

dapengde Perl 是躺着中枪，只是因为 latexmk 包本来是用 Perl 写的而已。真正的锅还是该 MiKTeX 里的 bibtex 来背，它是麻烦的根源。它看见 foo.bib 时非要认为是 foo.bib.bib，为了向它投降，我们必须把扩展名去掉，而去掉扩展名会导致文档不具有可移植性（某个工具下能编，换个工具就不能编）。可移植性比隐藏扩展名要重要多了，这一点 MiKTeX 中的 bibtex 的作者可能不太认同（估计伊不用非 Windows 的系统），而 latexmk.exe 又没像我一样对这个问题打补丁，放任 bibtex 出错。既然它不打补丁，我只好把它默认辞退了。

dapengde · 2017年12月22日

yihui 明白了。目前是在 bookdown 里编译就没问题，但是在 cmd 里或者 texstudio 里编译 tex 文件仍然是在傻傻地找 foo.bib.bib. 也就是说， bookdown / rmarkdown 为 bibtex 填坑的行为受到了我电脑里 perl 的干扰，而其他软件根本连 bibtex 的坑都没填。

你上面多次提到的为 bibtex 填坑的行为，我一直很困惑，就是因为我这里 perl 的存在导致我这里这个坑压根儿就没填上。

这也解释了为何我最初用 bookdown 没这问题——当时是今年 3 月份，而我的 Perl 是 5 月份安装了。

这正是小白长得像哥哥：真相大白。

yihui · 2017年12月22日

dapengde 完全正确。你不能通过纯 LaTeX 命令行或者 TeXStudio 编译。当然，其实 Rscript -e "rmarkdown::render('foo.Rmd')" 也是命令行。

Cloud2016 · 2017年12月23日

yihui 经测试没问题，可以正常编译出pdf。是在 R 内设置 Sys.setenv('PATH') 追加 TinyTeX 路径？
#L50

yihui · 2017年12月23日

Cloud2016 是的，只是在有必要的情况下（条件：系统是 Linux、~/bin/tlmgr 存在但通过 Sys.which() 找不到或者找到的不是它），临时调整 PATH，编完了再恢复。