dapengde 完全正确。你不能通过纯 LaTeX 命令行或者 TeXStudio 编译。当然，其实 Rscript -e "rmarkdown::render('foo.Rmd')" 也是命令行。

      yihui 经测试没问题，可以正常编译出pdf。是在 R 内设置 Sys.setenv('PATH') 追加 TinyTeX 路径？
      #L50

          Cloud2016 是的，只是在有必要的情况下（条件：系统是 Linux、~/bin/tlmgr 存在但通过 Sys.which() 找不到或者找到的不是它），临时调整 PATH，编完了再恢复。

            yihui
            我本身除了 TinyTeX 之外没有装任何 TeX，使用 zsh，之前把 TinyTeX 路径自己加在~/.zshrc。
            刚刚从~/.zshrc中PATH设置中去掉 TinyTeX 。然后：

            devtools::install_github('yihui/tinytex')
tinytex::install_tinytex(force=TRUE)

            重新安装。安装一切顺利。
            之后直接打开 RStudio：

            R >>> library(tinytex)
R >>> Sys.getenv('PATH')
[1] "/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/games:/usr/games"
R >>> tinytex::is_tinytext()
Error: 'is_tinytext' is not an exported object from 'namespace:tinytex'

            不管，直接打开测试的在R Markdown文档中使用中文.Rmd编译。报错：

            pandoc: xelatex not found. xelatex is needed for pdf output.
Error: pandoc document conversion failed with error 41
Execution halted

            貌似还是路径问题？找不到 xelatex。还是我配置问题？

            但是测试编译xelatex('xxx.tex')文件是可以的，但是 RStudio 打开 tex 文件再点击 Compile PDF 还是提示找不到 XeLaTeX:

            Unabled to find specified LaTeX program 'XeLaTeX' on the system path

            所以如果要用 knitr还需要另外配置？

            另外：

            R >>> tlmgr_update()
tlmgr update --all --self
tlmgr: package repository http://mirrors.ustc.edu.cn/CTAN/systems/texlive/tlnet (verified)
sh: 1: fmtutil-sys: not found
R >>> tlmgr_search('fmtutil-sys')
tlmgr search --file --global 'fmtutil-sys'
tlmgr: package repository http://mirrors.ustc.edu.cn/CTAN/systems/texlive/tlnet (verified)
tetex:
	texmf-dist/doc/man/man1/fmtutil-sys.1
	texmf-dist/doc/man/man1/fmtutil-sys.man1.pdf
	texmf-dist/scripts/texlive/fmtutil-sys.sh
tetex.amd64-freebsd:
	bin/amd64-freebsd/fmtutil-sys
tetex.amd64-netbsd:
	bin/amd64-netbsd/fmtutil-sys
tetex.armel-linux:
	bin/armel-linux/fmtutil-sys
tetex.armhf-linux:
	bin/armhf-linux/fmtutil-sys
tetex.i386-cygwin:
	bin/i386-cygwin/fmtutil-sys
tetex.i386-darwin:
	bin/i386-darwin/fmtutil-sys
tetex.i386-freebsd:
	bin/i386-freebsd/fmtutil-sys
tetex.i386-linux:
	bin/i386-linux/fmtutil-sys
tetex.i386-netbsd:
	bin/i386-netbsd/fmtutil-sys
tetex.i386-solaris:
	bin/i386-solaris/fmtutil-sys
tetex.powerpc-darwin:
	bin/powerpc-darwin/fmtutil-sys
tetex.powerpc-linux:
	bin/powerpc-linux/fmtutil-sys
tetex.sparc-solaris:
	bin/sparc-solaris/fmtutil-sys
tetex.win32:
	bin/win32/fmtutil-sys.exe
tetex.x86_64-cygwin:
	bin/x86_64-cygwin/fmtutil-sys
tetex.x86_64-darwin:
	bin/x86_64-darwin/fmtutil-sys
tetex.x86_64-darwinlegacy:
	bin/x86_64-darwinlegacy/fmtutil-sys
tetex.x86_64-linux:
	bin/x86_64-linux/fmtutil-sys
tetex.x86_64-solaris:
	bin/x86_64-solaris/fmtutil-sys

            这个？

                JackieMe 你需要

                devtools::install_github(c('yihui/tinytex', 'rstudio/rmarkdown'))

                另外，是 tinytex:::is_tinytex() 而不是 tinytex::is_tinytext()。

                    yihui OK。install_github之后可以编译 Rmd 文件了。
                    tinytex::is_tinytex()命令去掉了是吧？

                        19 天 后

                        yihui

                        code.tex 文件内容如下：

                        \documentclass{ctexart}
\usepackage{minted}

\title{R语言}
\author{某某}

\begin{document}
\maketitle
\section{数据描述}

\begin{minted}{c}
int main() {
	printf("hello, world");
	return 0;
}
\end{minted}

\begin{minted}{python}
def boring(args = None):
	pass
\end{minted}

\begin{minted}{r}
require(stats) # for lowess, rpois, rnorm
plot(cars)
lines(lowess(cars))
plot(sin, -pi, 2*pi) # see ?plot.function
## Discrete Distribution Plot:
plot(table(rpois(100, 5)), type = "h", col = "red", lwd = 10,
     main = "rpois(100, lambda = 5)")
## Simple quantiles/ECDF, see ecdf() {library(stats)} for a better one:
plot(x <- sort(rnorm(47)), type = "s", main = "plot(x, type = \"s\")")
points(x, cex = .5, col = "dark red")
\end{minted}

\mint{python}|import this|

\end{document}

                        使用 minted 包的tex文件，需要在编译的时候使用-shell-escape参数，如果使用 tinytex::xelatex，不知道如何传这个参数？如果不能传递，谢大大是否可以再添加 args 选项让用户自己传递类似上述 -shell-escape 参数？

                        system2('xelatex', args = '-shell-escape code') # 没问题，但是要运行几遍才有目录索引

tinytex::xelatex(file = 'code.tex') 

# I was unable to find any missing LaTeX packages from the error log code.log.
# ! Package minted Error: You must invoke LaTeX with the -shell-escape flag.
# 
# Error: Failed to compile code.tex. See code.log for more info.
# In addition: Warning message:
#   running command '"xelatex" -halt-on-error -interaction=batchmode "code.tex"' had status 1

                            Cloud2016 安装 Github 上最新版的 tinytex 包 devtools::install_github('yihui/tinytex')，然后

                            tinytex::xelatex('code.tex', engine_args = '-shell-escape')

                            应该就可以了。如果懒得每次都敲这个，可以设置全局选项：

                            options(tinytex.engine_args = '-shell-escape')

                            然后 tinytex::xelatex('code.tex')。

                            另外我建议你少花点时间折腾 minted 包。据我观察，你正在一步一步重复蹚我年少时蹚过的浑水，LaTeX 真的很浪费时间，投入产出严重不成比例。这种语法高亮的问题还是用 R Markdown 算了，Pandoc 已经把事情都给办好了。如果你真的闲得慌，我可以给你找一堆更有意义的事情来做。

                                yihui 你还说！要不是你鼓捣出来个 bookdown，我早就跟 LaTeX 决裂了！

                                    yihui 我在折腾学校的latex模版，还是先立足做好tex而不是R Markdown或者bookdown之类的模版，其实即使模版出来了，也没几个人会用，可见意义不大，只是自己有点强迫症，既然开始了就想做完做到自己满意。

                                    谢大大可以列一个有意义的事件表，闲得慌的时候可以看看，如果力所能及还可以动动手

                                        dapengde 没办法，你是包的开发者，所以你注定要下地狱啃这块硬骨头，目的是为了让你的用户不必再啃它。

                                        Cloud2016 如果你能把 R Markdown 套在学校的 LaTeX 模板上，那将会是一件非常有意义的事情，这事要是能办成，我愿意给你连续发一个星期的红包。单纯只是做出一个 LaTeX 模板并没有太大意义，因为那是把事情复杂化（疯狂自定义环境和命令）；更有意义的事情是把事情简单化，让用户一个 LaTeX 命令都看不到，还能站在 LaTeX 肩膀上把论文给写了。打倒学术界的排版（包括学校论文的排版）是我的人生目标之一。做这件事就是在 R Markdown 的强约束条件下求最优解（只有有限可用的元素），也就要求你克制自定义 LaTeX 命令和环境；“要做什么”不难，“不做什么”才难。

                                            yihui 问题能重现，可是我不会修复，谢大大太瞧得起我啦

                                            只要不用R Notebook输出html就没关系，警告信息不随html/PDF文件走

                                            学校的模板比较奇葩，如参考文献格式还是国标2005版（现在是2015版），模板风格都是很多年前的，还有很多细节要调整 <https://github.com/XiangyunHuang/CUMTB-Master-Thesis>

                                              最近尝试了下 docker 发现 cboettig 大人已经在 rocker 里整合了 tinytex，一个完整的 verse 镜像 915.6MB，而没有 tex 支持的 tidyverse 镜像是 666MB ，解压后可能大些，但作为包含IDE的完整数据分析环境来分发做可重复性研究已经没什么问题了，甚至可以把 rticles 写的论文都包进去分发，后续看要不要也把 xaringan 包进去，这样就从分析到写作到演讲一条龙服务了。

                                              ps: 一个临时的小问题是 rmarkdown 的 CRAN 版本还没更新，直接用服务器版 RStudio 上的 knit 按钮编不出来，要么在 Dockerfile 里装 rmarkdown 的 github 版本，要么就是不用按钮，用 tinytex::pdflatex('asdf.tex') 直接去编译 tex 文件，或者就是等 CRAN 上的更新

                                                yufree 我计划下周把 rmarkdown 发 CRAN，到时候就可以正式昭告天下了：至少对 R 用户来说，LaTeX 问题至此基本全剧终。