JackieMe 这个 PATH 问题不能算 RStudio 的问题,所有图形界面工具都会存在这个问题。核心问题就是只有你的命令行终端会读那些 ~/.bash_profile 之类的文件,图形界面工具不会读那些文件,所以你在那里面修改 PATH 是无效的。

dapengde 你直接在命令行窗口中跑 "pdflatex" -halt-on-error -interaction=batchmode "test.tex" 是什么结果?有没有日志文件 test.log?

    yihui 你咋就不让我放弃呢? 在cmd 窗口运行 pdflatex,有 log 文件,里面关于参考文献的信息是:

    Package natbib Warning: Citation `R-bookdown' on page 7 undefined on input line
     249.
    Package natbib Warning: Citation `xie2015' on page 7 undefined on input line 25
    0.

    这是运行第一遍 pdflatex 的记录。关键是下一步运行 bibtex,就成了 book.bib.bib 了,所以后面第二遍第三遍运行的 pdflatex 就没啥意义了:

    Microsoft Windows [Version 6.1.7601]
    Copyright (c) 2009 Microsoft Corporation.  All rights reserved.
    
    D:\temp\newpkg\test>"pdflatex" -halt-on-error -interaction=batchmode "test.tex"
    
    This is pdfTeX, Version 3.14159265-2.6-1.40.18 (MiKTeX 2.9.6500)
    entering extended mode
    
    D:\temp\newpkg\test>bibtex test
    This is BibTeX, Version 0.99d (MiKTeX 2.9.6500)
    The top-level auxiliary file: test.aux
    The style file: apalike.bst
    I couldn't open database file book.bib.bib
    ---line 50 of file test.aux
     : \bibdata{book.bib
     :                  ,packages.bib}
    I'm skipping whatever remains of this command
    I found no database files---while reading file test.aux
    Warning--I didn't find a database entry for "R-bookdown"
    Warning--I didn't find a database entry for "xie2015"
    (There were 2 error messages)

      dapengde 嗯,我只想知道第一遍 pdflatex 为什么会失败,后面不需要跑 bibtex(它肯定会失败,这个我明白)。你得先把那些 .aux / .bbl / .blg 之类的辅助文件删掉再跑 pdflatex,我想看的是 .log 文件里面说什么。

      因为你这个问题实在是太匪夷所思了,我想不明白为什么鱼儿会漏网。

        yihui .log 太长,来这里看看。你现在搞得我非常讳疾忌医。

        我在 .tex 里把 .bib 文件的扩展名去掉编译,得到的 .log 文件跟没去掉扩展名得到的 .log 文件比较了一下,两个 .log 文件一模一样。但是第二步 运行 bibtex test 就不同了,一个找到了 .bib 文件,一个没找到 .bib.bib 文件。

          yihui 反正试过了在 R console 和 终端打开的 RStudio 都可以成功编译 PDF,我的折腾也算告一段落了。其实我开始就说纯属好奇,因为我平时基本不写 R Markdown 文档?

            dapengde 在两个网友的首次见面会上,我们解决了这个谜题。参考文献编不出来是因为 CTeX 里面的 latexmk.exe 居然可以不依赖 LaTeX 包 latexmk 就可以运行,而且疑案现场的电脑上还因为不明原因碰巧装了 Perl,在这两重因素下,tinytex::latexmk() 被说服了使用命令行工具 latexmk 来编 PDF,由于该工具没有跟我一样对 .aux 文件中的 .bib 文件名打补丁,于是 bibtex 抱怨说找不到 foo.bib.bib 文件。我刚在 tinytex 中强制启用了模拟模式,也就是说除非用户特地指定用 latexmk,否则我就用我自己的模拟模式去编 PDF,这个模式对带 .bib 扩展名的文件是安全的(跨平台通用)。

            Cloud2016 我希望你可以试试最新的开发版,看看你不自己调整 PATH 变量能否正常编译 PDF。

              yihui 网友见面我总是紧张,尤其是男网友,尤其是男偶像。手都不知道往哪儿放了。PS:Perl 是哪里来的,真不知道。

              感谢偶像帮我修电脑!

              PPS: 又查了一下,我的 Windows 下有一个叫 Strawberry Perl 的安装,和一个 ActivePerl 的安装。你远程看到的 c:/perl 来自后者。根据安装时间猜测,我可能是在折腾某些在 linux 容易安装但是在 windows 不容易安装的东西时,按网上的方法装上去的,可能是 python 的某个库或者别的什么东西——完全不记得了。

              我卸载了这两个 Perl 之后,即使不使用你今天施的法术,而保留 latexmk.exe 原来的样子,也可以正常编译了!那么说到底这个锅是 perl 来背咯?perl 在 latex 里多管闲事?

                dapengde Perl 是躺着中枪,只是因为 latexmk 包本来是用 Perl 写的而已。真正的锅还是该 MiKTeX 里的 bibtex 来背,它是麻烦的根源。它看见 foo.bib 时非要认为是 foo.bib.bib,为了向它投降,我们必须把扩展名去掉,而去掉扩展名会导致文档不具有可移植性(某个工具下能编,换个工具就不能编)。可移植性比隐藏扩展名要重要多了,这一点 MiKTeX 中的 bibtex 的作者可能不太认同(估计伊不用非 Windows 的系统),而 latexmk.exe 又没像我一样对这个问题打补丁,放任 bibtex 出错。既然它不打补丁,我只好把它默认辞退了。

                  yihui 明白了。目前是在 bookdown 里编译就没问题,但是在 cmd 里或者 texstudio 里编译 tex 文件仍然是在傻傻地找 foo.bib.bib. 也就是说, bookdown / rmarkdown 为 bibtex 填坑的行为受到了我电脑里 perl 的干扰,而其他软件根本连 bibtex 的坑都没填。

                  你上面多次提到的为 bibtex 填坑的行为,我一直很困惑,就是因为我这里 perl 的存在导致我这里这个坑压根儿就没填上。

                  这也解释了为何我最初用 bookdown 没这问题——当时是今年 3 月份,而我的 Perl 是 5 月份安装了。

                  这正是小白长得像哥哥:真相大白。

                    dapengde 完全正确。你不能通过纯 LaTeX 命令行或者 TeXStudio 编译。当然,其实 Rscript -e "rmarkdown::render('foo.Rmd')" 也是命令行。

                      yihui 经测试没问题,可以正常编译出pdf。是在 R 内设置 Sys.setenv('PATH') 追加 TinyTeX 路径?
                      #L50

                        Cloud2016 是的,只是在有必要的情况下(条件:系统是 Linux、~/bin/tlmgr 存在但通过 Sys.which() 找不到或者找到的不是它),临时调整 PATH,编完了再恢复。

                        yihui
                        我本身除了 TinyTeX 之外没有装任何 TeX,使用 zsh,之前把 TinyTeX 路径自己加在~/.zshrc
                        刚刚从~/.zshrcPATH设置中去掉 TinyTeX 。然后:

                        devtools::install_github('yihui/tinytex')
                        tinytex::install_tinytex(force=TRUE)

                        重新安装。安装一切顺利。
                        之后直接打开 RStudio:

                        R >>> library(tinytex)
                        R >>> Sys.getenv('PATH')
                        [1] "/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/games:/usr/games"
                        R >>> tinytex::is_tinytext()
                        Error: 'is_tinytext' is not an exported object from 'namespace:tinytex'

                        不管,直接打开测试的在R Markdown文档中使用中文.Rmd编译。报错:

                        pandoc: xelatex not found. xelatex is needed for pdf output.
                        Error: pandoc document conversion failed with error 41
                        Execution halted

                        貌似还是路径问题?找不到 xelatex。还是我配置问题?

                        但是测试编译xelatex('xxx.tex')文件是可以的,但是 RStudio 打开 tex 文件再点击 Compile PDF 还是提示找不到 XeLaTeX:

                        Unabled to find specified LaTeX program 'XeLaTeX' on the system path

                        所以如果要用 knitr还需要另外配置?

                        另外:

                        R >>> tlmgr_update()
                        tlmgr update --all --self
                        tlmgr: package repository http://mirrors.ustc.edu.cn/CTAN/systems/texlive/tlnet (verified)
                        sh: 1: fmtutil-sys: not found
                        R >>> tlmgr_search('fmtutil-sys')
                        tlmgr search --file --global 'fmtutil-sys'
                        tlmgr: package repository http://mirrors.ustc.edu.cn/CTAN/systems/texlive/tlnet (verified)
                        tetex:
                        	texmf-dist/doc/man/man1/fmtutil-sys.1
                        	texmf-dist/doc/man/man1/fmtutil-sys.man1.pdf
                        	texmf-dist/scripts/texlive/fmtutil-sys.sh
                        tetex.amd64-freebsd:
                        	bin/amd64-freebsd/fmtutil-sys
                        tetex.amd64-netbsd:
                        	bin/amd64-netbsd/fmtutil-sys
                        tetex.armel-linux:
                        	bin/armel-linux/fmtutil-sys
                        tetex.armhf-linux:
                        	bin/armhf-linux/fmtutil-sys
                        tetex.i386-cygwin:
                        	bin/i386-cygwin/fmtutil-sys
                        tetex.i386-darwin:
                        	bin/i386-darwin/fmtutil-sys
                        tetex.i386-freebsd:
                        	bin/i386-freebsd/fmtutil-sys
                        tetex.i386-linux:
                        	bin/i386-linux/fmtutil-sys
                        tetex.i386-netbsd:
                        	bin/i386-netbsd/fmtutil-sys
                        tetex.i386-solaris:
                        	bin/i386-solaris/fmtutil-sys
                        tetex.powerpc-darwin:
                        	bin/powerpc-darwin/fmtutil-sys
                        tetex.powerpc-linux:
                        	bin/powerpc-linux/fmtutil-sys
                        tetex.sparc-solaris:
                        	bin/sparc-solaris/fmtutil-sys
                        tetex.win32:
                        	bin/win32/fmtutil-sys.exe
                        tetex.x86_64-cygwin:
                        	bin/x86_64-cygwin/fmtutil-sys
                        tetex.x86_64-darwin:
                        	bin/x86_64-darwin/fmtutil-sys
                        tetex.x86_64-darwinlegacy:
                        	bin/x86_64-darwinlegacy/fmtutil-sys
                        tetex.x86_64-linux:
                        	bin/x86_64-linux/fmtutil-sys
                        tetex.x86_64-solaris:
                        	bin/x86_64-solaris/fmtutil-sys

                        这个?

                          JackieMe 你需要

                          devtools::install_github(c('yihui/tinytex', 'rstudio/rmarkdown'))

                          另外,是 tinytex:::is_tinytex() 而不是 tinytex::is_tinytext()

                            yihui OK。install_github之后可以编译 Rmd 文件了。
                            tinytex::is_tinytex()命令去掉了是吧?