yihui 反正试过了在 R console 和 终端打开的 RStudio 都可以成功编译 PDF，我的折腾也算告一段落了。其实我开始就说纯属好奇，因为我平时基本不写 R Markdown 文档?

      dapengde 在两个网友的首次见面会上，我们解决了这个谜题。参考文献编不出来是因为 CTeX 里面的 latexmk.exe 居然可以不依赖 LaTeX 包 latexmk 就可以运行，而且疑案现场的电脑上还因为不明原因碰巧装了 Perl，在这两重因素下，tinytex::latexmk() 被说服了使用命令行工具 latexmk 来编 PDF，由于该工具没有跟我一样对 .aux 文件中的 .bib 文件名打补丁，于是 bibtex 抱怨说找不到 foo.bib.bib 文件。我刚在 tinytex 中强制启用了模拟模式，也就是说除非用户特地指定用 latexmk，否则我就用我自己的模拟模式去编 PDF，这个模式对带 .bib 扩展名的文件是安全的（跨平台通用）。

      Cloud2016 我希望你可以试试最新的开发版，看看你不自己调整 PATH 变量能否正常编译 PDF。

            yihui 网友见面我总是紧张，尤其是男网友，尤其是男偶像。手都不知道往哪儿放了。PS：Perl 是哪里来的，真不知道。

            感谢偶像帮我修电脑！

            PPS: 又查了一下，我的 Windows 下有一个叫 Strawberry Perl 的安装，和一个 ActivePerl 的安装。你远程看到的 c:/perl 来自后者。根据安装时间猜测，我可能是在折腾某些在 linux 容易安装但是在 windows 不容易安装的东西时，按网上的方法装上去的，可能是 python 的某个库或者别的什么东西——完全不记得了。

            我卸载了这两个 Perl 之后，即使不使用你今天施的法术，而保留 latexmk.exe 原来的样子，也可以正常编译了！那么说到底这个锅是 perl 来背咯？perl 在 latex 里多管闲事？

                dapengde Perl 是躺着中枪，只是因为 latexmk 包本来是用 Perl 写的而已。真正的锅还是该 MiKTeX 里的 bibtex 来背，它是麻烦的根源。它看见 foo.bib 时非要认为是 foo.bib.bib，为了向它投降，我们必须把扩展名去掉，而去掉扩展名会导致文档不具有可移植性（某个工具下能编，换个工具就不能编）。可移植性比隐藏扩展名要重要多了，这一点 MiKTeX 中的 bibtex 的作者可能不太认同（估计伊不用非 Windows 的系统），而 latexmk.exe 又没像我一样对这个问题打补丁，放任 bibtex 出错。既然它不打补丁，我只好把它默认辞退了。

                    yihui 明白了。目前是在 bookdown 里编译就没问题，但是在 cmd 里或者 texstudio 里编译 tex 文件仍然是在傻傻地找 foo.bib.bib. 也就是说， bookdown / rmarkdown 为 bibtex 填坑的行为受到了我电脑里 perl 的干扰，而其他软件根本连 bibtex 的坑都没填。

                    你上面多次提到的为 bibtex 填坑的行为，我一直很困惑，就是因为我这里 perl 的存在导致我这里这个坑压根儿就没填上。

                    这也解释了为何我最初用 bookdown 没这问题——当时是今年 3 月份，而我的 Perl 是 5 月份安装了。

                    这正是小白长得像哥哥：真相大白。

                        dapengde 完全正确。你不能通过纯 LaTeX 命令行或者 TeXStudio 编译。当然，其实 Rscript -e "rmarkdown::render('foo.Rmd')" 也是命令行。

                            yihui 经测试没问题，可以正常编译出pdf。是在 R 内设置 Sys.setenv('PATH') 追加 TinyTeX 路径？
                            #L50

                                Cloud2016 是的，只是在有必要的情况下（条件：系统是 Linux、~/bin/tlmgr 存在但通过 Sys.which() 找不到或者找到的不是它），临时调整 PATH，编完了再恢复。

                                  yihui
                                  我本身除了 TinyTeX 之外没有装任何 TeX，使用 zsh，之前把 TinyTeX 路径自己加在~/.zshrc。
                                  刚刚从~/.zshrc中PATH设置中去掉 TinyTeX 。然后：

                                  devtools::install_github('yihui/tinytex')
tinytex::install_tinytex(force=TRUE)

                                  重新安装。安装一切顺利。
                                  之后直接打开 RStudio：

                                  R >>> library(tinytex)
R >>> Sys.getenv('PATH')
[1] "/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/games:/usr/games"
R >>> tinytex::is_tinytext()
Error: 'is_tinytext' is not an exported object from 'namespace:tinytex'

                                  不管，直接打开测试的在R Markdown文档中使用中文.Rmd编译。报错：

                                  pandoc: xelatex not found. xelatex is needed for pdf output.
Error: pandoc document conversion failed with error 41
Execution halted

                                  貌似还是路径问题？找不到 xelatex。还是我配置问题？

                                  但是测试编译xelatex('xxx.tex')文件是可以的，但是 RStudio 打开 tex 文件再点击 Compile PDF 还是提示找不到 XeLaTeX:

                                  Unabled to find specified LaTeX program 'XeLaTeX' on the system path

                                  所以如果要用 knitr还需要另外配置？

                                  另外：

                                  R >>> tlmgr_update()
tlmgr update --all --self
tlmgr: package repository http://mirrors.ustc.edu.cn/CTAN/systems/texlive/tlnet (verified)
sh: 1: fmtutil-sys: not found
R >>> tlmgr_search('fmtutil-sys')
tlmgr search --file --global 'fmtutil-sys'
tlmgr: package repository http://mirrors.ustc.edu.cn/CTAN/systems/texlive/tlnet (verified)
tetex:
	texmf-dist/doc/man/man1/fmtutil-sys.1
	texmf-dist/doc/man/man1/fmtutil-sys.man1.pdf
	texmf-dist/scripts/texlive/fmtutil-sys.sh
tetex.amd64-freebsd:
	bin/amd64-freebsd/fmtutil-sys
tetex.amd64-netbsd:
	bin/amd64-netbsd/fmtutil-sys
tetex.armel-linux:
	bin/armel-linux/fmtutil-sys
tetex.armhf-linux:
	bin/armhf-linux/fmtutil-sys
tetex.i386-cygwin:
	bin/i386-cygwin/fmtutil-sys
tetex.i386-darwin:
	bin/i386-darwin/fmtutil-sys
tetex.i386-freebsd:
	bin/i386-freebsd/fmtutil-sys
tetex.i386-linux:
	bin/i386-linux/fmtutil-sys
tetex.i386-netbsd:
	bin/i386-netbsd/fmtutil-sys
tetex.i386-solaris:
	bin/i386-solaris/fmtutil-sys
tetex.powerpc-darwin:
	bin/powerpc-darwin/fmtutil-sys
tetex.powerpc-linux:
	bin/powerpc-linux/fmtutil-sys
tetex.sparc-solaris:
	bin/sparc-solaris/fmtutil-sys
tetex.win32:
	bin/win32/fmtutil-sys.exe
tetex.x86_64-cygwin:
	bin/x86_64-cygwin/fmtutil-sys
tetex.x86_64-darwin:
	bin/x86_64-darwin/fmtutil-sys
tetex.x86_64-darwinlegacy:
	bin/x86_64-darwinlegacy/fmtutil-sys
tetex.x86_64-linux:
	bin/x86_64-linux/fmtutil-sys
tetex.x86_64-solaris:
	bin/x86_64-solaris/fmtutil-sys

                                  这个？

                                      JackieMe 你需要

                                      devtools::install_github(c('yihui/tinytex', 'rstudio/rmarkdown'))

                                      另外，是 tinytex:::is_tinytex() 而不是 tinytex::is_tinytext()。

                                          yihui OK。install_github之后可以编译 Rmd 文件了。
                                          tinytex::is_tinytex()命令去掉了是吧？

                                              19 天 后

                                              yihui

                                              code.tex 文件内容如下：

                                              \documentclass{ctexart}
\usepackage{minted}

\title{R语言}
\author{某某}

\begin{document}
\maketitle
\section{数据描述}

\begin{minted}{c}
int main() {
	printf("hello, world");
	return 0;
}
\end{minted}

\begin{minted}{python}
def boring(args = None):
	pass
\end{minted}

\begin{minted}{r}
require(stats) # for lowess, rpois, rnorm
plot(cars)
lines(lowess(cars))
plot(sin, -pi, 2*pi) # see ?plot.function
## Discrete Distribution Plot:
plot(table(rpois(100, 5)), type = "h", col = "red", lwd = 10,
     main = "rpois(100, lambda = 5)")
## Simple quantiles/ECDF, see ecdf() {library(stats)} for a better one:
plot(x <- sort(rnorm(47)), type = "s", main = "plot(x, type = \"s\")")
points(x, cex = .5, col = "dark red")
\end{minted}

\mint{python}|import this|

\end{document}

                                              使用 minted 包的tex文件，需要在编译的时候使用-shell-escape参数，如果使用 tinytex::xelatex，不知道如何传这个参数？如果不能传递，谢大大是否可以再添加 args 选项让用户自己传递类似上述 -shell-escape 参数？

                                              system2('xelatex', args = '-shell-escape code') # 没问题，但是要运行几遍才有目录索引

tinytex::xelatex(file = 'code.tex') 

# I was unable to find any missing LaTeX packages from the error log code.log.
# ! Package minted Error: You must invoke LaTeX with the -shell-escape flag.
# 
# Error: Failed to compile code.tex. See code.log for more info.
# In addition: Warning message:
#   running command '"xelatex" -halt-on-error -interaction=batchmode "code.tex"' had status 1

                                                  Cloud2016 安装 Github 上最新版的 tinytex 包 devtools::install_github('yihui/tinytex')，然后

                                                  tinytex::xelatex('code.tex', engine_args = '-shell-escape')

                                                  应该就可以了。如果懒得每次都敲这个，可以设置全局选项：

                                                  options(tinytex.engine_args = '-shell-escape')

                                                  然后 tinytex::xelatex('code.tex')。

                                                  另外我建议你少花点时间折腾 minted 包。据我观察，你正在一步一步重复蹚我年少时蹚过的浑水，LaTeX 真的很浪费时间，投入产出严重不成比例。这种语法高亮的问题还是用 R Markdown 算了，Pandoc 已经把事情都给办好了。如果你真的闲得慌，我可以给你找一堆更有意义的事情来做。

                                                      yihui 你还说！要不是你鼓捣出来个 bookdown，我早就跟 LaTeX 决裂了！