wqssf

在学data.table包，看到foverlaps()这个函数，一直搞不懂这个函数的连接机理是什么？有什么用？大神能不能举个应用的例子。

x <- data.table(start = c(5, 31, 22, 16),
                end = c(8, 50, 25, 18),
                val2 = 7:10)
y <- data.table(start = c(10, 20, 30),
                end = c(15, 35, 45),
                val1 = 1:3)
setkey(y, start, end)
foverlaps(x, y, type = 'any')

这个是书中的例子，我就是看不懂，为什么会输出这个结果。

wqssf

大概明白了，你想做的是补其界门纲目科属种的信息对吧。但“则修改这一列这一行的内容为kaaa|pnoname|c已经存在的内容”感觉很容易出错，假如不同phylum下有两个class名字一样，那根据class来补齐上两级的kindom, phylum就会出错(也可能我多虑了)

个人建议是用公有数据库（NCBI）来补齐这些信息，比如下面这个R包就能根据species来查找上层分类信息。

https://cran.r-project.org/web/packages/myTAI/vignettes/Taxonomy.html