无法从 R 镜像下载 R 包

yuanfan · 2023年2月9日

本楼主偶然发现本地电脑无法正常下载更新 R 包了，但是换同事电脑一试是正常的。于是我下载了最新的 R 4.2.2，直接在 R 里面选择镜像或者下载 R 包也是都不行。报的错如下，都是说无法打开链接，但实际上我用 Edge 浏览器（版本 106.0.1370.47 (正式版本) (64 位)）都可以正常打开。这说明我可以正常访问那些镜像网站，也可以手动选择下载包，但是无法通过 R 下载包了。

不管选择国内哪个镜像一定报错

> chooseCRANmirror()
Warning: failed to download mirrors file (无法打开URL'https://cran.r-project.org/CRAN_mirrors.csv'); using local file 'D:/D/R/R-4.2.2/doc/CRAN_mirrors.csv'
Warning message:
In download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) :
  URL 'https://cran.r-project.org/CRAN_mirrors.csv': Timeout of 60 seconds was reached

不管下载哪个包一定报错

> install.packages("markdown")
Warning: 无法在貯藏處https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/src/contrib中读写索引:
  无法打开URL'https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/src/contrib/PACKAGES'
Warning: 无法在貯藏處https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/4.2中读写索引:
  无法打开URL'https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/4.2/PACKAGES'
Warning message:
package ‘markdown’ is not available for this version of R

A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages

翻了一些别人遇到类似的问题，如https://stackoverflow.com/questions/33355444/r-when-trying-to-install-package-internetopenurl-failed还有https://stackoverflow.com/questions/25599943/unable-to-install-packages-in-latest-version-of-rstudio-and-r-version-3-1-1，里面提到设置options(download.file.method="libcurl")或者设置取消"Tools -> Global Options -> Packages -> "Use Internet Explorer library/proxy for HTTP"，试了都不行。另，可能是我本身没琢磨出来这是个什么问题，所以没有用正确的关键词搜到我想要的答案吧。

Cloud2016 · 2023年2月9日

yuanfan 网速慢可能导致这个问题。重启 R 再试一下。

yuanfan · 2023年2月9日

Cloud2016 试过，好几天了都还是报一样的错。倒是不影响我用 R，因为还可以手动下载更新 R 包，就是麻烦。

chuxinyuan · 2023年2月9日

或许可以试试配置文件

local({
    r <- getOption("repos")
    r["CRAN"] <- "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"
    options(repos = r)
})

yihui · 2023年2月9日

yuanfan 先看是 CRAN 镜像不能下载还是任意文件都不能下载吧，试试别的任意网址，如：

download.file('https://yuanfan.rbind.io/index.html', tempfile())

如果别的网址都可以下载，那么可能只是 CRAN 镜像不能访问或太慢。如果只是太慢的问题，可以给它多一点时间，比如十分钟：

options(timeout = 600)

如果根本就不能访问，那我就不知道是什么问题了（按楼上 chuxinyuan 说的换个镜像试试）。电脑的网络连接用了代理？

yuanfan · 2023年2月10日

是电脑网络可以正常地访问镜像或者别的网址，但是无法通过 R 访问或下载。不是网速慢的原因，改成600也一样。换个镜像也不行，我直接照着 @chuxinyuan 给的改了 etc 文件夹下面的 Rprofiel.site，还是报错。

> options(timeout = 600)
> download.file('https://yuanfan.rbind.io/index.html', tempfile())
试开URL’https://yuanfan.rbind.io/index.html'
Error in download.file("https://yuanfan.rbind.io/index.html", tempfile()) : 
  无法打开URL'https://yuanfan.rbind.io/index.html'
此外: Warning message:
In download.file("https://yuanfan.rbind.io/index.html", tempfile()) :
  URL 'https://yuanfan.rbind.io/index.html': Timeout of 600 seconds was reached

我现在用公司的电脑好像都是有代理的，但是用同事的电脑是能正常用 R 下载包的。就没什么别的方法来诊断出问题到底出在哪了么

dapengde · 2023年2月10日

无法在貯藏處https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/src/contrib中读写索引:

你的错误信息为啥是简繁体混合的？有没有一点可能跟区域语言设置或者字符编码有关？虽然我没想出有什么因果关系，但就是看见这个觉得奇怪……语言调成英文试试？你的操作系统是啥？各包的版本呢？不如来个 session info 看看吧。

yuanfan · 2023年2月10日

dapengde 是啊，为撒会在报错的时候蹦出来繁体中文。操作系统和版本信息如下。

> sessionInfo()
R version 4.2.2 (2022-10-31 ucrt)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 19044)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=Chinese (Simplified)_China.utf8  LC_CTYPE=Chinese (Simplified)_China.utf8    LC_MONETARY=Chinese (Simplified)_China.utf8 LC_NUMERIC=C                                LC_TIME=Chinese (Simplified)_China.utf8    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_4.2.2 tools_4.2.2

另，我上网搜了下改语言的方法，把 R-4.2.2/etc/ 下面的 Rconsole 文件这里从language = 改成了language = en。这样重启 R 以后，看到的就都是英文了，报的错也变成英文了，如下。

> chooseCRANmirror()
Warning: failed to download mirrors file (cannot open URL 'https://cran.r-project.org/CRAN_mirrors.csv'); using local file 'D:/R/R-4.2.2/doc/CRAN_mirrors.csv'
Warning message:
In download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) :
  URL 'https://cran.r-project.org/CRAN_mirrors.csv': Timeout of 60 seconds was reached
> install.packages("markdown")
Warning: unable to access index for repository https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/src/contrib:
  cannot open URL 'https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/src/contrib/PACKAGES'
Warning: unable to access index for repository https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/4.2:
  cannot open URL 'https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/4.2/PACKAGES'
Warning message:
package ‘markdown’ is not available for this version of R

A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages

chuxinyuan · 2023年2月10日

是不是防火墙阻止了R访问网络？

fenguoerbian · 2023年2月10日

yuanfan

我的电脑不可以，但是同事的可以

电脑能不能带回去（或者说换个连接的网络）试试看？另外

浏览器打开可以，R里面下载不可以。而且电脑似乎有代理。

这让我觉得是否是代理仅对浏览器起了作用，而R中下载是代理并未生效？或者反过来，R中代理生效了，但是浏览器中代理并未生效？

yuanfan · 2023年2月10日

chuxinyuan

是不是防火墙阻止了R访问网络？

有道理，我找找防火墙设置咋弄的。

这让我觉得是否是代理仅对浏览器起了作用，而R中下载是代理并未生效？或者反过来，R中代理生效了，但是浏览器中代理并未生效？

哦，也有道理，我也找找 R 中代理是撒，咋设置的。

另，我在新下载的 R 4.2.2 上面瞎折腾一通后，报出来新的错误。

> utils:::menuInstallPkgs()
Warning: unable to access index for repository https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib:
  cannot open URL 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib/PACKAGES'
Error in install.packages(lib = .libPaths()[1L], dependencies = NA, type = type) : 
  argument "pkgs" is missing, with no default
> utils::install.packages()
Warning: unable to access index for repository https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib:
  cannot open URL 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib/PACKAGES'
Error in utils::install.packages() : 
  argument "pkgs" is missing, with no default

fenguoerbian · 2023年2月10日

设置代理的话参考这个？

大体上应该是R默认会用系统的代理设置，那么就先设置好系统代理的环境变量。另外可以在R中设置

options(internet.info = 0)

来查看报错中更多网络相关信息。

nan.xiao · 2023年2月10日

可能你在 R 中的外网流量需要明确设定走代理，特别是在 VPN 环境下。如楼上所说，一般可以通过在 ~/.Renviron 文件中设置 http_proxy，https_proxy 这两个关键字段实现。具体需要使用什么值可以咨询 IT 部门。

yuanfan · 2023年2月10日

谢谢大家的帮忙，问题解决了，原来真得是需要在 R 里面单独设置代理。

这一番折腾的源头是我想用 xfun 里面的 read_all 函数，但是平时没撒事不更新 R 包，xfun 还是0.26版本，于是乎，一更新才发现本帖一楼的问题。现在我随便下了几个 R 包，都能正常下载安装。但是万万没想到，事情的源头，更新 xfun 居然还是报错了，哈哈哈。

> install.packages("xfun")

  有二进制版本的，但源代码版本是后来的:
     binary source needs_compilation
xfun   0.36   0.37              TRUE

安装源码包‘xfun’

trying URL 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/contrib/xfun_0.37.tar.gz'
Content type 'application/octet-stream' length 130063 bytes (127 KB)
downloaded 127 KB

* installing *source* package 'xfun' ...
** package 'xfun' successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
** libs
gcc  -I"D:/R/R-42~1.0/include" -DNDEBUG     -I"c:/rtools42/x86_64-w64-mingw32.static.posix/include"     -O2 -Wall  -std=gnu99 -mfpmath=sse -msse2 -mstackrealign  -c base64.c -o base64.o
sh: gcc: command not found
make: *** [D:/R/R-42~1.0/etc/x64/Makeconf:252: base64.o] Error 127
ERROR: compilation failed for package 'xfun'
* removing 'D:/R/R-4.2.0/library/xfun'
* restoring previous 'D:/R/R-4.2.0/library/xfun'
Warning in install.packages :
  安装程序包‘xfun’时退出狀態的值不是0

我手动下载了 xfun_0.37.zip，手动安装也报错。哈哈哈，怎么这么搞笑。但是换成xfun_0.36.zip，就正常了。

> install.packages("D:/R/xfun_0.37.zip", repos = NULL, type = "win.binary")
程序包‘xfun’打开成功，MD5和检查也通过
Error in install.packages : package ‘xfun’ not installed because it is not built for UCRT

> session_info()
R version 4.2.0 (2022-04-22 ucrt)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 19044), RStudio 2022.12.0.353

Locale:
  LC_COLLATE=Chinese (Simplified)_China.utf8  LC_CTYPE=Chinese (Simplified)_China.utf8    LC_MONETARY=Chinese (Simplified)_China.utf8
  LC_NUMERIC=C                                LC_TIME=Chinese (Simplified)_China.utf8    

Package version:
  compiler_4.2.0  graphics_4.2.0  grDevices_4.2.0 stats_4.2.0     tools_4.2.0     utils_4.2.0     xfun_0.36

fenguoerbian · 2023年2月10日

yuanfan
windows系统，报错gcc找不到？你需要安装rtools来安装这些需要源码编译的包

Cloud2016 · 2023年2月10日

nan.xiao 顺带解决了一个老问题。

CyrusYip · 2023年2月10日

要是遇到不支持代理的软件，要用透明代理。

yihui · 2023年2月10日

yuanfan 我手动下载了 xfun_0.37.zip，手动安装也报错

这是因为对应你的 R 版本（r-release）的二进制包还没编出来：https://cran.r-project.org/package=xfun

Windows binaries: r-devel: xfun_0.37.zip, r-release: xfun_0.36.zip, r-oldrel: xfun_0.37.zip

只是自用的话，可以从 r-universe.dev 安装开发版本：

install.packages('xfun', repos = 'https://yihui.r-universe.dev')

这个预编译服务比 CRAN 快很多，基本上每个小时编一次。CRAN 有时候要等几天才会放出预编译的二进制包。

不然的话你就需要按 fenguoerbian 说的先安装一大坨 R 兔子。只是为了这么一个包的话，不值得装这个巨型怪兽。

感觉楼主就像打开了潘多拉盒子，一个小问题召唤出了代理兽和 R 兔子。早知如此，还不如就用我说的 lapply() + readLines() 方案算了。真是折腾白了少年头。所以有时候还是简单粗暴的 Base R 最好用，零依赖、万年稳定。

yuanfan · 2023年2月11日

yihui

感觉楼主就像打开了潘多拉盒子，一个小问题召唤出了代理兽和 R 兔子。……真是折腾白了少年头。……

哈哈，我咋感觉益辉大神是在说，是你把这个盒子递给我的呢。其实是我发现了本帖一楼的问题以后，本来就很想很想弄明白咋回事，也很信很信反正坛子里大佬多，一人出个主意，最后一定能解决的。还好我很想很想，很信很信，哈哈，由于开了本帖还让湘云也顺带解决了一个老问题。另外 @dapengde 还启发了一点，那就是报错了如果按中文搜的话，搜出来的答案有限，改成英文搜能搜出来更多更接近的答案。

我没装 R 兔子，因为我装了 xfun0.36了啊，而且很久以前在另一个帖子，益辉大神早就告诉过我可以不用装 R 兔子。

yuanfan · 2023年2月11日

fenguoerbian

windows系统，报错gcc找不到？

啊，这个问题，我想了好久。大概因为 gcc 是个编译器，在 Linux 编译需要它，在 Windows 编译撒也会需要它。不知道Linux 和Windows这两种系统最本质的区别是撒呢。但是根据 CyrusYip 叶寻同学的科普，我们装 R 包用源码编译的话可能是：人给软件写函数发指令-->给shell（壳）转换成硬件能接受的指令-->硬件执行，其中 make 并不是 Linux 独有的 shell 命令，应该是所有 shell 通用的命令，所以在windows上面编译的时候，也会在 make 这一步报错。我稍微看了看鸟哥的 Linux 私房菜，原来 grep 也不是 R 的，而是 Linux 也有。还有 cat 也是，Linux 也有，R 也有。我猜 grep cat 应该属于 shell 的范畴，所以通用的这些大家才都有。