• R语言

  • 求助，基于R，如何做个文献查询自动化

关于一个选题，查询两个库，pubmed和pubmed c,文献结果太多了。能否用R，进行检索然后比对呢？ 谢谢！

可以。 rOpenSci 项目中的一些基础设施可能会有所帮助。

http://ropensci.org

https://github.com/ropensci

回复 第1楼 的 robinyu：

原来有篇文章：

《R语言在Pubmed数据库文献检索方面的应用》

pubmed database,可以用entrez utils的esearch来获得结果，可以获得XML格式的结果，然后用XML packge 的xmlTreeParse一下结果就行了。

efetch等可以看出文献能不能拿到全文，全文的链接等，用download.files

可以自动下载文献。

楼上是纯正的学院派啊 这都要看文献 [s:11]

rOpenSci 的 rentrez 和 rpmc 子项目已经封装了一些功能

https://github.com/ropensci/rentrez

https://github.com/ropensci/rpmc

1 年 后

回复 第3楼 的 luzifer：http://www.r-bloggers.com/how-to-download-complete-xml-records-from-pubmed-and-extract-data/ 这个网址上的程序，你成功实现了吗？数据能够下，但是运行到 cbt_2011 <- extractJournal() 时，就出错了，错误提示：StartTag: invalid element name。如何解决？谢谢。