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我的做法是同时生成pdf和word文档,我用的包是赵鹏老师提供的bookdownplus包里的paper_zh模板(中文作者单位貌似不支持,我是直接用的date参数,勉强能用),pdf我自己看,投稿和给导师看发word文档。word文档的格式可以提前定制好,生成后自己稍加修改就可以了,每个期刊格式五花八门,特别烦,所以我索性就不定制专门的word模板,默认的效果就很好,投稿的时候根据需要修改。
对于作图,其实我倒觉得用base plot做的图就很符合论文要求,除了legend的函数里的字体不知道如何设置外,其他还好。整体上比ggplot2作图用的代码少很多。另外科研论文一般都是黑白的,所以线条用点型来区分,尽量不要用颜色。
文献引用我也强烈推荐Zotero,但是我是在生成论文前导出.bib文件放在project下面的bib文件夹中,这样利于分享。citr包以前用过,但是现在越来越不喜欢鼠标点点点的感觉,我是手动输入的。