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  • 继 @Cloud2016 之后,我也用Rmarkdown写完论文了,总结一下

tctcab 更改标题为「继 @Cloud2016 之后,我也用Rmarkdown写完论文了,总结一下

tctcab👍,可以附带把你的论文仓库给一下,或者把你修改后的论文模版放出来

我的做法是同时生成pdf和word文档,我用的包是赵鹏老师提供的bookdownplus包里的paper_zh模板(中文作者单位貌似不支持,我是直接用的date参数,勉强能用),pdf我自己看,投稿和给导师看发word文档。word文档的格式可以提前定制好,生成后自己稍加修改就可以了,每个期刊格式五花八门,特别烦,所以我索性就不定制专门的word模板,默认的效果就很好,投稿的时候根据需要修改。

对于作图,其实我倒觉得用base plot做的图就很符合论文要求,除了legend的函数里的字体不知道如何设置外,其他还好。整体上比ggplot2作图用的代码少很多。另外科研论文一般都是黑白的,所以线条用点型来区分,尽量不要用颜色。

文献引用我也强烈推荐Zotero,但是我是在生成论文前导出.bib文件放在project下面的bib文件夹中,这样利于分享。citr包以前用过,但是现在越来越不喜欢鼠标点点点的感觉,我是手动输入的。

    估计有不少人想走这条 rmarkdown 写毕业论文的路但不知道在哪就停了,有兴趣跟时间的话可以丰富下细节补充下里面的坑发到主站这边分享下经验,毕竟要比单纯 latex 模版的论文门槛低了很多。

      yufree

      我也觉得这经验应该有点用,毕竟我那八百年不更新的博客,看了看点击率就是说zotero那篇的最高哈哈

      chuxinyuan 老板有钱,不在乎那点版面费,都是投彩图哈哈。

      另外, zotero生成的那个.bib当然是在版本控制之下。

      不过我有个问题想问:按个人经验我写的东西差不多要在导师跟我之间往返改好几回,少则两三回,多的话我的第一篇杂志paper大概改了十几遍… 按照你的做法用rmd生成word给导师的话,导师修改的内容你如何返回Rmarkdown呢?@chuxinyuan

        tctcab

        论文估计得等我的文章投出去再把repo搞出来,我估计到时候顺便gitbook一道搞了丢github pages

        赞。

        yufree “估计有不少人想走这条 rmarkdown 写毕业论文的路但不知道在哪就停了,”我觉得这个事儿最容易到老板那儿就停了。

        顺便做个广告:bookdownplus 包里提供了一些高校的中英文论文模板,欢迎选用,展示见https://rmd.pzhao.org/tags/thesis/。另外,这个包本来框架就搭得不够好,我懒得维护了,求收养。

          tctcab 个人愚见:如果改动量不大的情况下,比较现实的做法是以此Word版本为基础进行修改(修改过程中,一些作图、制表、公式、运算之类的可以把R作为辅助工具,像个车间),直到定稿,最后可能rmd文件的内容可能基本用不了了,因为改来改去,中间的差集很难理清楚了,如果想用,需要把定稿word版内容复制回rmd文件里(如果不是出于分享,从投稿角度看这一步貌似没意义了,但是从长远看留着更好,以防万一,这个文件或许是为了分享给未来的自己)。

          关于.bib文件那段表述,我得修改下,“便于分享”有误导性。从分享看,两者是无差异的。

          • Fye 回复了此帖

            话说关于定制模板,如果能实现在yaml来定制,那么用户定制起来会容易的多(开发人员估计会累的够呛,要考虑各种可能性,这个域很大),通过.tex文件来定制,对于我这样的小白用户也只能摸索着在现有模板基础上小修小改下参数值,每次想改的时候,一打开那个文件头都大了,特别容易放弃,要想系统的改,甚至自己写一个,除非哪一天实在无聊了入坑玩玩。

            chuxinyuan

            比较现实的做法是以此Word版本为基础进行修改,直到定稿,然后复制回rmd文件里。

            这不就跟我说的一样嘛。而且,你从生成的word复制回 rmd,格式都不是markdown,那不是自找麻烦。

            也会在期刊编辑那里停下。

            并不会,拿tex去投稿就行。

              tctcab 恩,目前也只好如此了,大环境的力量。

              这不就跟我说的一样嘛。而且,你从生成的word复制回 rmd,格式都不是markdown,那不是自找麻烦。

              恩,你说的对。word只作为和导师沟通的载体,修改rmd确实省事点。

              并不会,拿tex去投稿就行。

              我又要修改下,得加个条件:如果是在国内投稿的前提下。国内貌似很少有接受.tex文件投稿的,我知道的也就金融评论好像可以。我的想法是直接拿project文件夹打包投稿,或者直接上传到Github上,把地址给期刊。

                chuxinyuan

                国内的杂志啊…看来还是起步晚基建没跟上连latex都不会用hhh

                Fye 用的word的追踪功能。关键的问题是导师只会word,周围的人99%用word,期刊投稿要求用word,大环境要求用word,所以只能以word作为信息传递中介。

                另外其实word的追踪功能还是蛮实用的。虽然我整体上很看不上word,但是不可否认word的功能还是很强大的,能完成工作(bookdown对于我,只能完成一个半成品,不会个性定制),只是在内容处理上谈不上高效和优雅,在形式展现上我还不能离开它。Excel也是如此,看到有些人用VBA搞的一些东西也挺好的,我现在不再那么极端了,我现在高不成,果断低就,完成任务为导向,优雅高效是第二位的。越来越喜欢@tctcab 的那句:

                小孩子才做选择,作为大人肯定是我全都要