fedora 27，今天测试报错

错误: Functions that produce HTML output found in document targeting latex output.
Please change the output type of this document to HTML. Alternatively, you can allow
HTML output in non-HTML formats by adding this option to the YAML front-matter of
your rmarkdown file:
always_allow_html: yes
Note however that the HTML output will not be visible in non-HTML formats.

停止执行

但我的头文件是这样的

output:
  pdf_document:
    latex_engine: xelatex
documentclass: ctexart

所以这个
always_allow_html: yes 怎么换成 no

    lovebluesky 错误消息说你的 R Markdown 文档中包含 HTML 元素。在 PDF 输出中是不能有 HTML 元素的。

        yihui 明白了，大概因为我这两天正在弄 leaflet吧，但是还有报错：

         ！LaTeX Error: File `ctexart.cls' not found.

Type X to quit or <RETURN> to proceed,
or enter new name. (Default extension: cls)

Enter file name: 
! Emergency stop.
<read *> 
         
l.2 \usepackage

pandoc: Error producing PDF
错误: pandoc document conversion failed with error 43
停止执行

> library(tinytex)
> tlmgr_search('ctexart.cls')
tlmgr search --file --global 'ctexart.cls'
sh: tlmgr: 未找到命令
Warning message:
In tlmgr(c("search", if (file) "--file", if (all) "--all", if (global) "--global",  :
  TeX Live does not seem to be installed. See https://yihui.name/tinytex/.
> tlmgr_install('ctex')
tlmgr install ctex
sh: tlmgr: 未找到命令
tlmgr path add
sh: tlmgr: 未找到命令
Warning messages:
1: In tlmgr(c("install", pkgs), usermode) :
  TeX Live does not seem to be installed. See https://yihui.name/tinytex/.
2: In tlmgr(c("path", match.arg(action))) :
  TeX Live does not seem to be installed. See https://yihui.name/tinytex/.

            yihui 我已经按照你中文文档安装过了，并且没报错，所以很奇怪为什么没有安装，而且我 'library(tinytex)' 并没有报错，是不是说明我已经安装好了tinytex了？回家再重新安装一下看看吧。

                lovebluesky 你有没有运行过 tinytex::install_tinytex() 来安装 TinyTex？ tinytex 的 r 包是安装 TinyTex 这个 tex 发行版的必要不充分条件

                    yufree 这个印象里是直接从谢老大的中文文档里复制运行过了，但既然你的回复谢老大都点赞了，那基本可以确定是我漏掉了，sorry，我只是比较喜欢 Rmarkdown 编辑文档的方式，但很多东西都不太懂，给大家添麻烦了，感谢回复。

                        lovebluesky
                        还是命名的问题造成误解，全小写的tinytex是你装的r package， TinyTeX这种坑坑洼洼佶屈聱牙一波未平一波又起的名字指的是latex库。

                        话说是不是可以把这个库塞进r包里，就像rstudio自带pandoc一样。

                            tctcab 我之所以不想打包，就是因为 LaTeX 世界的许可证实在是很奇葩，我没见过哪个别的社区的开源许可证如此模糊。参见 FAQ 2：https://yihui.name/tinytex/faq/ TeX Live 自己的许可证说不清，CTAN 上的包也不能保证全部免费开源，加上 LaTeX 社区还有自己独特的 LPPL：https://www.latex-project.org/lppl/ 所以我只敢提供安装脚本。

                              在安装 TeX 包的过程中，运行很久（如下），我估计主要是网速问题，以前使用 TeXlive 或 MikTeX 时候，都自己先设定就近的仓库，如 <https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CTAN/>，再安装都是很快的，在 tinytex 包中是否实现了这个？

                              library(tinytex)
tlmgr_search('/framed.sty')  # search for framed.sty
tlmgr_install('framed')

                                Cloud2016 暂时没有实现，不过这是个好想法。安装 TinyTeX 之前应该让用户能自己选择一个镜像。

                                既然你已经安装完了，你可以事后设定 CTAN 镜像，比如：

                                tinytex::tlmgr(
  c('option', 'repository', 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CTAN/systems/texlive/tlnet')
)

                                在这之后再安装包就会快很多了。

                                    yihui 那就先玩虚拟机。我眼睛不知是有啥毛病，盯苹果的显示屏反而受不了。

                                    参考文献问题，我装了 devtools::install_github(('rstudio/rmarkdown@feature/tinytex'))，但只要在index.Rmd 的 yaml 声明里带扩展名如bibliography: [book.bib]，就会出问题：用 bookdown + CTeX 编译出来的pdf里参考文献是问号。只要改成 bibliography: [book] 就好了。

                                    不过，既然没有别人反馈这个问题，那说不定是我电脑有啥毛病。我懒得理了，反正快换电脑了。

                                        dapengde CTeX 和 TinyTeX 二者如果都安装了，那么只能有一者在 PATH 环境变量上。你可以检查一下 Sys.getenv('PATH')。如果你只安装了 CTeX 而没装 TinyTeX 而跑不出参考文献来，那么这问题就诡异了，因为我无法重现，你只能自己排错（例如 debug(tinytex::: tweak_aux) 然后在交互式环境下跑 tinytex::latexmk()），相关的扩展名自动处理在这一行：

                                        https://github.com/yihui/tinytex/blob/ad2e0fa6b/R/latex.R#L161

                                        Cloud2016 注意我上面用的是 HTTP 链接，如果要用 HTTPS，需要有 gpg 支持，参见 FAQ 12。

                                              yihui 移动 TinyTeX 位置，找不到字体了

                                              • 将 TinyTeX 默认存放位置 %APPDATA%\TinyTeX 移动到D盘，即 D:\TinyTeX，然后执行
                                                "D:\TinyTeX\bin\win32\tlmgr" path add

                                              • 安装几个常用字体 tinytex::tlmgr_install(c('sourcesanspro','sourcecodepro','sourceserifpro'))

                                              • fc-cache -f -v 刷新字体缓存，问题是缓存不到 D:\TinyTeX\texmf-dist\fonts 目录下的字体，以前使用 TeXLive 没这问题，我知道有个笨办法，挨个找到字体文件，手动安装到 C:\Windows\Fonts，有没有好点的办法？

                                              PS: 将目录 D:\TinyTeX\texmf-dist\fonts 添加到当前用户的 Path 路径上也不管用

                                              fc-cache -f -v
                                              Note that it needs some time to create caches,
especially if there are many large font files.
Wait with patience.

C:/Windows/fonts: caching, new cache contents: 850 fonts, 0 dirs
C:/Users/XiangYun/AppData/Local/Temp/RtmpkNFfPn/install-tl-20171205/TinyTeX/texmf-dist/fonts/opentype: skipping, no such directory
C:/Users/XiangYun/AppData/Local/Temp/RtmpkNFfPn/install-tl-20171205/TinyTeX/texmf-dist/fonts/truetype: skipping, no such directory
D:/TinyTeX/texmf-var/fonts/cache: cleaning cache directory
fc-cache: succeeded

                                                  yihui 没有起作用，还是扫的 C:/Users/XiangYun/AppData/Local/ 目录，如上

                                                      yihui 1. 但是 fc-list :lang=en-us | sort > D:/en.txt 保存的 txt 文件里还是找不到我安装的字体，也就没法在文中调用\setmainfont{Source Sans Pro}

                                                      1. 关于参考文献的引用，我发现tinytex::latexmk('manual.tex', engine = 'xelatex', bib_engine = 'bibtex')并未达到下面依次执行的效果
                                                      • xelatex manual.tex
                                                      • bibtex manual 注意不是 bibtex manual.tex
                                                      • xelatex manual.tex
                                                      • xelatex manual.tex

                                                      manual.tex 文件 下载

                                                          yihui 确实很诡异。为了简化问题，我把 tinytex、TinyTeX、CTeX 都卸载了，然后仅重装 CTeX，没装 TinyTeX，仍然没解决。不管是在 bookdown 里，还是用别的编辑器例如 TeXStudio，都不能往 \bibliography{book} 里添加扩展名 .bib。只要一添加，系统就说找不到 book.bib.bib。不知道是谁给多添加了个 .bib。我记得几个月前是没有这个问题的。

                                                          我看到也有别人（路人甲，路人乙）遇到了这个问题，看原因也没看出个所以然来，不过解决办法倒都是“去掉扩展名 '.bib'”。另外，有几处（示例1，示例2）都强调在声明 \bibliography 时不要加扩展名。

                                                          应该是 BibTeX 的问题。我的 BibTeX, Version 0.99d (MiKTeX 2.9.6500)，是在 MiKTeX 的包管理器里最新安装的最新版。

                                                          补充：更为奇怪的是，RStudio - New Files - Rmarkdown - From Template，选个 rticle 模板，里面的 yaml 都是带 .bib 扩展名的，编译出来的 pdf 参考文献却是正常的。所以我彻底糊涂了。