yihui 是的，latexmk 包在安装和升级 CTeX 时自动安装了。rmarkdown 是最新版。现在我的麻烦是：

1. 如果 index.Rmd 的 yaml 里，参考文献库不写扩展名 '.bib' ，那么编译成 pdf 没问题，但其他格式就不行了。
2. 如果写扩展名 '.bib'，编译成其他格式就没问题，但 pdf 就全是问号了。
3. 卸载了MiKTeX 的 latexmk 包仍然没有改善。
4. 如果不用 CTeX 改用 tinytex，那么好几个模板编译不通过（而在 CTeX 里能编译通过），具体原因得一个一个模板去找。

几个月前，这些模板个个都好好的，没有任何问题。现在却是乱糟糟，按了葫芦起了瓢。已经折腾好几天了，我觉得我陷到这个坑里出不来了。

我的愿望就是用 bookdown 痛痛快快写东西。长远来看，应该是丢掉 CTeX 换到 TinyTeX，让工具链全部纳入 R 的框架里，以便自洽。

yihui 谢谢！快来把我捞出来吧！矛盾就在于， CTeX 说：只有不加 '.bib' 扩展名时我才能找到 .bib 文件; 而 pandoc 说，不加 '.bib' 扩展名我就找不到这个 .bib 文件。

抱歉，本来是测试 tinytex，结果被我歪楼到调戏 bookdown 了。没办法，我对 bd 感情太深。

顺便再报告刚发现的一个 bug。bookdown 编译书为 html_document2 格式（单一文件）时，如果同时编译为 gitbook 格式（多个文件），那么前者不会生成：

bookdown::render_book("index.Rmd", 
    output_format = c("bookdown::html_document2", "bookdown::gitbook" ))

但是，只要把两者的顺序调换，两个格式就都能生成了：

bookdown::render_book("index.Rmd", 
    output_format = c("bookdown::gitbook" , "bookdown::html_document2"))

看上去好像是生成 gitbook 时可能生成了个临时文件，跟 html_document2 生成的最终文件同名，所以覆盖了。

yihui tinytex 没这个问题。有这个问题的是 CTeX。Windows 的 CTeX 用户不知多不多，但是他们拿 RStudio 建个 bookdown 模板直接编译出来参考文献问号，这不好吧？会让新手困惑啊！

bookdownplus 的 29 个 LaTeX 模板在 tinytex 下的测试报告

bookdownplus 目前收集的 29 个模板（不含海报模板），在 Windows 下均可用 bookdown + CTeX 顺利编译成 pdf，从未在 Linux 下测试过。这回我用 Ubuntu 16.04 下 tinytex + bookdown + bookdownplus 进行了逐个测试。

测试结果，是19 个模板都顺利编译通过了，是让我惊喜的。这 29 个模板涵盖了技术报告、期刊论文、学位论文、散文等常用中英文模板，还收录了吉他谱、五线谱、国际象棋、中国象棋、围棋棋谱等乱七八糟的模板，应该算是个考验。

我记录在案的编译失败情况如下：

• latex 的中国象棋宏包 cchess 用 tlmgr_search('cchess.sty') 未找到，而这个宏包在<https://ctan.org/pkg/cchess>.
• latex 的围棋宏包 igo 用 tlmgr_search('igo.sty')未找到，这个宏包在 <https://ctan.org/pkg/igo>.
• bookdownplus 的 chemistry 模板用 latexmk('chemistry.tex') 编译失败，说是字体找不到：

  # tlmgr search --file --global '/tcbx0700[.](tfm|afm|mf|otf)' 
  # !pdfTeX error: pdflatex (file tcbx0700): Font tcbx0700 at 600 not found

• bookdownplus 的 discussion模板用 latexmk('discussion.tex') 编译失败，说是字体找不到：

  # tlmgr search --file --global '/ecrm1000[.](tfm|afm|mf|otf)' 
  # !pdfTeX error: pdflatex (file ecrm1000): Font ecrm1000 at 600 not found

其他几个失败的模板我还没闹明白是不是模板本身的问题。如果确定不是模板的问题，我将来再贴错误信息。欢迎大家来测试，我新写了个函数 bookdownplus::showcase()方便测试用。当然，因为我今天为了跟 MiKTeX 妥协而把模板里的 .bib 扩展名都去掉了，所以目前只能编成 pdf。

yihui PNAS问题已经解决，Andrew Gelman 那个我一直以为是某神秘大牛期刊，例如 “Papers Passed by Nature And Science ”

dapengde chemistry 模版跟 discussion 模版里加上 \usepackage{lmodern} 应该可解决问题，不算是tinytex 的锅，参见 yufree

我目前的测试涉及了三个问题：字体，参考文献，冷门包。为了避免混乱，我分开描述。

在未来相当长的一段时间里，tinytex 会跟 MiKTeX，TeXLive 等发行版并驾齐驱吧。"tinytex" 一词现在既指 R 包又指 tinytex 发行版，我觉得有时候表述起来容易混淆。如果其中一个改个名字，例如叫 tinytexr， 会不会更有利于减少交流里的误会？不然别人说她安装了 tinytex 后如何如何，你还得问，是 R 包还是发行版？有点小纠结。

1. 字体

yufree 谢谢。但是我在 chemistry 模版里添加了 \usepackage{lmodern}，仍然没解决，故障依旧。我用另一个方案解决了，见下文。无心插柳，你这个办法解决了另外一个问题： article_mdpi 模板现在也在 tinytex 下通过了！原先也是字体问题。

yihui 可能是我对这个字体问题的理解有误，描述不当。下面是详情。我刚才已经在这里找到了解决方案（哦耶！），是手动安装两个包：

tlmgr_install('collection-fontsrecommended')
tlmgr_install('collection-latexrecommended')

为了对别人有用，我把对应的故障现象整理如下，全部是在 Ubuntu 16.04 下最新版的 RStudio 里操作，tinytex 包最新版。

1. 先用 bookdownplus::bookdownplus('discussion') 生成了一套 bookdown 需要的文件。
2. 然后按 ctrl + shift + b 进行编译，pdf 未能生成，RStudio 的 Build 面板显示信息如下：

   ==> rmarkdown::render_site(output_format = 'bookdown::pdf_book', encoding = 'UTF-8')
   
     |.............                                                    |  20%
     ordinary text without R code
   
     |..........................                                       |  40%
   label: fig1 (with options) 
   List of 4
    $ fig.cap  : chr "caption"
    $ out.width: chr "80%"
    $ fig.align: chr "center"
    $ echo     : logi FALSE
   
   
   
   processing file: discussion.Rmd
     |.......................................                          |  60%
     ordinary text without R code
   
     |....................................................             |  80%
   label: tab1 (with options) 
   List of 2
    $ tidy: logi FALSE
    $ echo: logi FALSE
   
     |.................................................................| 100%
      inline R code fragments
   
   
   /usr/lib/rstudio/bin/pandoc/pandoc +RTS -K512m -RTS discussion.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output discussion.tex --table-of-contents --toc-depth 3 --template tex/template_discussion.tex --number-sections --highlight-style tango --latex-engine pdflatex --natbib --variable tables=yes --standalone 
   output file: discussion.knit.md
   
   tlmgr search --file --global '/ecrm1000[.](tfm|afm|mf|otf)'
   Trying to automatically install missing LaTeX packages...
   tlmgr install ec
   tlmgr: package repository http://mirror.kumi.systems/ctan/systems/texlive/tlnet (verified)
   tlmgr install: package already present: ec
   tlmgr path add
   tlmgr search --file --global '/ecrm1000[.](tfm|afm|mf|otf)'
   
   Output created: _book/discussion.pdf
   Error in tools::file_path_as_absolute(output_file) : 
     file '_book/discussion.pdf' does not exist
   Calls: <Anonymous> ... render_book -> render_cur_session -> <Anonymous> -> <Anonymous>
   In addition: Warning message:
   In file.rename(output, output2) :
     cannot rename file 'discussion.pdf' to '_book/discussion.pdf', reason 'No such file or directory'
   Please delete discussion.Rmd after you finish debugging the error.
   Execution halted
   
   Exited with status 1.

   3. 紧接着，我对上一步生成的 discussion.tex 运行 tinytex::latexmk()来编译：

      > latexmk('discussion.tex')
      tlmgr search --file --global '/ecrm1000[.](tfm|afm|mf|otf)'
      Trying to automatically install missing LaTeX packages...
      tlmgr install ec
      tlmgr: package repository http://mirror.kumi.systems/ctan/systems/texlive/tlnet (verified)
      tlmgr install: package already present: ec
      tlmgr path add
      tlmgr search --file --global '/ecrm1000[.](tfm|afm|mf|otf)'

   就停到这里了。 log文件我贴在了这里。此外还生成了个 missfont.log，内容是：
   

   mktexpk --mfmode / --bdpi 600 --mag 1+0/600 --dpi 600 ecrm1000

   上述问题用前面说的安装两个包就解决了。
   
   而 discussion 模板在 Windows 7 + CTeX（没有安装 tinytex R 包和发行版）是可以顺利编译通过的。
   

   2. 参考文献出现问号

   yihui 大概是我没说清，或者说得太分散，让你误会了。这里汇总一下。我是在 Windows 7 和 Ubuntu 16.04 下分别用 RStuido 新建了一个 bookdown 项目，在自动出现的 mini 模板上，通过修改 index.Rmd 里 yaml 的 bibliography: [book.bib]这一行的声明来测试。我修改的只是这个yaml声明，而不是参考文献库 'book.bib'文件的文件名。我编译是在 bookdown 环境下用 ctrl+shift+b，不是用 tinytex::latexmk()或别的。
   
   1. 如果写成 bibliography: [book]，那么无论 Windows+CTeX 还是 Ubuntu+TinyTex，都能生成正确的 pdf ，但不能生成其他格式。可能是因为 pandoc 认为 'book' 跟'book.bib'是不同的文件。 错误信息如下：

   pandoc-citeproc: Could not find book
   CallStack (from HasCallStack):
     error, called at src/Text/CSL/Pandoc.hs:224:39 in pandoc-citeproc-0.10.4-6rooHIpno7nIk4QQSmQ8di:Text.CSL.Pandoc
   pandoc: Error running filter /usr/lib/rstudio/bin/pandoc/pandoc-citeproc
   Filter returned error status 1
   Error: pandoc document conversion failed with error 83
   Please delete bdtest.Rmd after you finish debugging the error.
   Execution halted
   
   Exited with status 1.

   2. 如果写成 bibliography: [book.bib]，那么 Ubuntu 下无论 pdf 还是其他格式，都没有任何问题，但是 Windows + CTeX 会找不到参考文献库，因为 CTeX 画蛇添足地把 'book.bib' 改成了 'book.bib.bib'。
   我的意思是想提交这个关于 bookdown/CTeX 的 bug：Windows + CTeX 的用户，用 RStudio 新建个 bookdown 项目，编译出来的 pdf 里参考文献问号。这个问题跟 TinyTex 无关。当然，改用 TinyTex 能解决，但是我说的是 CTeX 用户啊。这个锅应该让 CTeX 来背，但是我不知道上哪儿去反馈这个问题，所以想问问能不能在 bookdown 层面解决。这个问题在今年上半年是不存在的，肯定是后来 MiKTeX 还是 Pandoc 还是 bookdown 哪次升级造成的。
   
   所以我觉得我应该完全摒弃 CTeX，改用 TinyTex。之所以没改，是因为 bookdownplus 的几个模板目前只能在 CTeX 才能通过，TinyTex 无法通过。这就涉及下面的问题。
   

   3. 象棋和围棋包

   我原以为 LaTeX 不同的发行版在宏包库上是一致的呢！既然这俩包在 TeXLive 上不存在，估计没几个人用，我懒得折腾手动安装的事儿了，直接无视得了。
   
   看来，LaTeX 的世界太混乱了。希望 TinyTeX 的出现，能最终实现车同轨书同文。当然，到达这个目标之前，可能会加剧混乱……

yihui 好了！我把 bookdownplus 的 29 个模板里的 26 个都修理了，可以在 Ubuntu + bookdown + TinyTeX 或 Windows + bookdown + TinyTex 下正常编译。甚至连五线谱和国际象棋的模板都通过了。来展示一下：

CTeX 下找不到参考文献库的问题我搁置不理了。剩下的 3 个模板，一个是中国象棋，一个是围棋，还有一个是设置了很多 Windows 下中文字体的模板，就留给 Windows 的用户独享吧。反正我自己也用不着。

TinyTeX 的测试算是告一段落。总结：这个包和发行版都非常爽！幸好有它，不然我是不会在 linux 测试 bookdownplus 的。