yihui 参考文献变问号的问题跟 tinytex 没啥关系。我重新描述一下问题：Windows 7 下装了 CTeX，用 RStudio 新建 bookdown 项目得到的 Mini 模板，编译得到的 pdf 里参考文献都是问号。
我看了一下中间生成的 bbl 文件，里面的项目是空的。经过了多次重装和升级 CTeX 和 bibtex 未果，即将放弃的时候，我发现了一条警告信息，说“I cann't find book.bib.bib”！不知道这条工具链中间哪个货为 book.bib 又增添了个扩展名！
这就好办了。把 Mini 模板 index.Rmd 里 yaml 声明里的文献库文件扩展名 '.bib' 去掉，就好了！
奇怪，我记得以前在yaml 声明里 '.bib' 这个扩展名是可有可无的呀。莫非哪里升级了？
字体问题大概是这样，需要改 latex.R 里
r = c(
".*! Font [^=]+=([^ ]+).+ not loadable.*",
'.*! The font "([^"]+)" cannot be found.*',
".*! LaTeX Error: File `([^']+)' not found.*",
'.*the language definition file ([^ ]+) .*',
'.* \\(file ([^)]+)\\): cannot open .*',
".*! CTeX fontset `([^']+)' is unavailable.*",
".*: ([^:]+): command not found.*"
)去适配这样的错误信息
!pdfTeX error: pdflatex (file tcrm1095): Font tcrm1095 at 600 not found我猜测是后面那个 at 600 搞出得问题
包依赖的关键错误信息是这个
Package widetext error: Install the flushend package which is a part of sttools
bundle. Available from CTAN.也需要修改正则表达适配，不过我的正则表达水平属于小学生入门，怕又引入新问题就不pr了…
dapengde 这个的确是我前段时间在 rmarkdown 中修改过的，如果你用最新版的 rmarkdown，应该是不会出问题的，因为我对这个问题专门打了补丁：https://github.com/rstudio/rmarkdown/commit/1a0db722 但还是存在出问题的可能，就是你不幸安装了 latexmk 包（LaTeX 包）。不要装这个包。 latexmk 包不如 tinytex::latexmk() 这个模拟函数聪明，貌似它的作者并不在意这个 .bib 扩展名的大坑。
yihui 是的，latexmk 包在安装和升级 CTeX 时自动安装了。rmarkdown 是最新版。现在我的麻烦是：
几个月前，这些模板个个都好好的，没有任何问题。现在却是乱糟糟，按了葫芦起了瓢。已经折腾好几天了，我觉得我陷到这个坑里出不来了。
我的愿望就是用 bookdown 痛痛快快写东西。长远来看，应该是丢掉 CTeX 换到 TinyTeX，让工具链全部纳入 R 的框架里，以便自洽。
yihui 谢谢！快来把我捞出来吧！矛盾就在于， CTeX 说：只有不加 '.bib' 扩展名时我才能找到 .bib 文件; 而 pandoc 说，不加 '.bib' 扩展名我就找不到这个 .bib 文件。
抱歉，本来是测试 tinytex，结果被我歪楼到调戏 bookdown 了。没办法，我对 bd 感情太深。
顺便再报告刚发现的一个 bug。bookdown 编译书为 html_document2 格式（单一文件）时，如果同时编译为 gitbook 格式（多个文件），那么前者不会生成：
bookdown::render_book("index.Rmd",
output_format = c("bookdown::html_document2", "bookdown::gitbook" ))但是，只要把两者的顺序调换，两个格式就都能生成了：
bookdown::render_book("index.Rmd",
output_format = c("bookdown::gitbook" , "bookdown::html_document2"))看上去好像是生成 gitbook 时可能生成了个临时文件，跟 html_document2 生成的最终文件同名，所以覆盖了。
yufree PNAS 问题现在应该已经解决了，重装一下 tinytex 包试试。
dapengde 我刚在 Windows 上测试了，用 TinyTeX 无法重现你的问题，应该加上 .bib 扩展名。不要信 CTeX 的鬼话，那只不过是向 MiKTeX 中的 bibtex 妥协投降的做法。好好的一个文件名，凭啥不加扩展名。这种妥协导致的后果就是无法跨平台，从此用户又要记住一条特有的奇葩规则：如果我在 Windows 上，我就不加扩展名；如果不在 Windows 上，就加上。
bookdown 不支持同时生成两种同样格式（不同样式）的输出，gitbook 和 html_document2 都是 HTML 输出，只能二选一。非要输出的话，只能自行用脚本方式：先生成一个，然后把输出重命名或移动到别的地方去，再生成第二个。
yihui tinytex 没这个问题。有这个问题的是 CTeX。Windows 的 CTeX 用户不知多不多，但是他们拿 RStudio 建个 bookdown 模板直接编译出来参考文献问号，这不好吧？会让新手困惑啊！
bookdownplus 目前收集的 29 个模板（不含海报模板），在 Windows 下均可用 bookdown + CTeX 顺利编译成 pdf，从未在 Linux 下测试过。这回我用 Ubuntu 16.04 下 tinytex + bookdown + bookdownplus 进行了逐个测试。
测试结果，是19 个模板都顺利编译通过了，是让我惊喜的。这 29 个模板涵盖了技术报告、期刊论文、学位论文、散文等常用中英文模板，还收录了吉他谱、五线谱、国际象棋、中国象棋、围棋棋谱等乱七八糟的模板，应该算是个考验。
我记录在案的编译失败情况如下：
tlmgr_search('cchess.sty') 未找到，而这个宏包在<https://ctan.org/pkg/cchess>.tlmgr_search('igo.sty')未找到，这个宏包在 <https://ctan.org/pkg/igo>.# tlmgr search --file --global '/tcbx0700[.](tfm|afm|mf|otf)'
# !pdfTeX error: pdflatex (file tcbx0700): Font tcbx0700 at 600 not found# tlmgr search --file --global '/ecrm1000[.](tfm|afm|mf|otf)'
# !pdfTeX error: pdflatex (file ecrm1000): Font ecrm1000 at 600 not found其他几个失败的模板我还没闹明白是不是模板本身的问题。如果确定不是模板的问题，我将来再贴错误信息。欢迎大家来测试，我新写了个函数 bookdownplus::showcase()方便测试用。当然，因为我今天为了跟 MiKTeX 妥协而把模板里的 .bib 扩展名都去掉了，所以目前只能编成 pdf。
dapengde 首先，用 tinytex::latexmk() 加 CTeX 编译不带 .bib 扩展名的参考文献是没有问题的，因为我对这个特殊情况作了特殊处理。唯一会出问题的情况是你用别的编辑器去编 PDF，这就不是我能控制的了，出了 R 的国界，我就无能为力了。
中国象棋包只能用户手工下载安装了，TeX Live 没有收录它，我不知道具体原因，但我的猜测是这个包的许可证不明确，MiKTeX 在许可证不明的情况下收录了它也是蛮大胆的。
围棋包为什么没收录我就彻底不知道了。
tcbx0700 和 ecrm1000 字体问题我用最新版的 tinytex R 包都可以自动匹配出 ec 包来啊。
TeX Live 没有收录的包应该是可以自己手工下载安装的，解压缩之后放在 file.path(tinytex:::texlive_root(), 'texmf-dist', 'tex', 'latex') 目录下。然后运行一下
texhash
updmap-sys
fmtutil-sys --all我没尝试，只是猜测。
我目前的测试涉及了三个问题：字体，参考文献，冷门包。为了避免混乱，我分开描述。
在未来相当长的一段时间里，tinytex 会跟 MiKTeX，TeXLive 等发行版并驾齐驱吧。"tinytex" 一词现在既指 R 包又指 tinytex 发行版，我觉得有时候表述起来容易混淆。如果其中一个改个名字，例如叫 tinytexr， 会不会更有利于减少交流里的误会？不然别人说她安装了 tinytex 后如何如何，你还得问，是 R 包还是发行版？有点小纠结。
yufree 谢谢。但是我在 chemistry 模版里添加了 \usepackage{lmodern}，仍然没解决，故障依旧。我用另一个方案解决了，见下文。无心插柳，你这个办法解决了另外一个问题： article_mdpi 模板现在也在 tinytex 下通过了！原先也是字体问题。
yihui 可能是我对这个字体问题的理解有误，描述不当。下面是详情。我刚才已经在这里找到了解决方案（哦耶！），是手动安装两个包：
tlmgr_install('collection-fontsrecommended')
tlmgr_install('collection-latexrecommended')为了对别人有用，我把对应的故障现象整理如下，全部是在 Ubuntu 16.04 下最新版的 RStudio 里操作，tinytex 包最新版。
bookdownplus::bookdownplus('discussion') 生成了一套 bookdown 需要的文件。==> rmarkdown::render_site(output_format = 'bookdown::pdf_book', encoding = 'UTF-8')
|............. | 20%
ordinary text without R code
|.......................... | 40%
label: fig1 (with options)
List of 4
$ fig.cap : chr "caption"
$ out.width: chr "80%"
$ fig.align: chr "center"
$ echo : logi FALSE
processing file: discussion.Rmd
|....................................... | 60%
ordinary text without R code
|.................................................... | 80%
label: tab1 (with options)
List of 2
$ tidy: logi FALSE
$ echo: logi FALSE
|.................................................................| 100%
inline R code fragments
/usr/lib/rstudio/bin/pandoc/pandoc +RTS -K512m -RTS discussion.utf8.md --to latex --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output discussion.tex --table-of-contents --toc-depth 3 --template tex/template_discussion.tex --number-sections --highlight-style tango --latex-engine pdflatex --natbib --variable tables=yes --standalone
output file: discussion.knit.md
tlmgr search --file --global '/ecrm1000[.](tfm|afm|mf|otf)'
Trying to automatically install missing LaTeX packages...
tlmgr install ec
tlmgr: package repository http://mirror.kumi.systems/ctan/systems/texlive/tlnet (verified)
tlmgr install: package already present: ec
tlmgr path add
tlmgr search --file --global '/ecrm1000[.](tfm|afm|mf|otf)'
Output created: _book/discussion.pdf
Error in tools::file_path_as_absolute(output_file) :
file '_book/discussion.pdf' does not exist
Calls: <Anonymous> ... render_book -> render_cur_session -> <Anonymous> -> <Anonymous>
In addition: Warning message:
In file.rename(output, output2) :
cannot rename file 'discussion.pdf' to '_book/discussion.pdf', reason 'No such file or directory'
Please delete discussion.Rmd after you finish debugging the error.
Execution halted
Exited with status 1.tinytex::latexmk()来编译：
> latexmk('discussion.tex')
tlmgr search --file --global '/ecrm1000[.](tfm|afm|mf|otf)'
Trying to automatically install missing LaTeX packages...
tlmgr install ec
tlmgr: package repository http://mirror.kumi.systems/ctan/systems/texlive/tlnet (verified)
tlmgr install: package already present: ec
tlmgr path add
tlmgr search --file --global '/ecrm1000[.](tfm|afm|mf|otf)'mktexpk --mfmode / --bdpi 600 --mag 1+0/600 --dpi 600 ecrm1000bibliography: [book.bib]这一行的声明来测试。我修改的只是这个yaml声明，而不是参考文献库 'book.bib'文件的文件名。我编译是在 bookdown 环境下用 ctrl+shift+b，不是用 tinytex::latexmk()或别的。bibliography: [book]，那么无论 Windows+CTeX 还是 Ubuntu+TinyTex，都能生成正确的 pdf ，但不能生成其他格式。可能是因为 pandoc 认为 'book' 跟'book.bib'是不同的文件。 错误信息如下：pandoc-citeproc: Could not find book
CallStack (from HasCallStack):
error, called at src/Text/CSL/Pandoc.hs:224:39 in pandoc-citeproc-0.10.4-6rooHIpno7nIk4QQSmQ8di:Text.CSL.Pandoc
pandoc: Error running filter /usr/lib/rstudio/bin/pandoc/pandoc-citeproc
Filter returned error status 1
Error: pandoc document conversion failed with error 83
Please delete bdtest.Rmd after you finish debugging the error.
Execution halted
Exited with status 1.bibliography: [book.bib]，那么 Ubuntu 下无论 pdf 还是其他格式，都没有任何问题，但是 Windows + CTeX 会找不到参考文献库，因为 CTeX 画蛇添足地把 'book.bib' 改成了 'book.bib.bib'。yihui 好了！我把 bookdownplus 的 29 个模板里的 26 个都修理了，可以在 Ubuntu + bookdown + TinyTeX 或 Windows + bookdown + TinyTex 下正常编译。甚至连五线谱和国际象棋的模板都通过了。来展示一下：
CTeX 下找不到参考文献库的问题我搁置不理了。剩下的 3 个模板，一个是中国象棋，一个是围棋，还有一个是设置了很多 Windows 下中文字体的模板，就留给 Windows 的用户独享吧。反正我自己也用不着。
TinyTeX 的测试算是告一段落。总结：这个包和发行版都非常爽！幸好有它，不然我是不会在 linux 测试 bookdownplus 的。
dapengde 关于名字问题，我在脚注中说明了：https://yihui.name/tinytex/ 小写表示 R 包，驼峰大写 TinyTeX 表示一套自定义的 TeX Live。我知道这会导致误会，但 R 包名我倾向于用短名。R 用户不需要跳出 tinytex 包，所有常见操作都可以在包内完成，不需去执行系统命令；非 R 用户也不需要知道 tinytex 包是个啥东东。
字体问题我查明原因了，是由于没有安装 metafont 和 mfware 两个包。yufree 如果你有空，可以再重装 TinyTeX（tinytex::install_tinytex()）并测试一下 rticles 包中那两个模板在没有 lmodern 以及有安装 metafont/mfware 两个包的情况下是否能编译通过。
关于参考文献问题：我的意思是，不管你用哪个 LaTeX 套装，只要你用的是这里的 rmarkdown（这个会在不久的将来合并到正式版中）：
devtools::install_github(('rstudio/rmarkdown@feature/tinytex'))那么在 YAML 里使用带扩展名的 book.bib 应该都能通过。如果通不过，那么就是 tinytex R 包的缺陷，因为我是专门处理了 Windows 下的特殊情况的。
象棋围棋包最坏的情况就是我写个包装函数，让用户从 CTAN 上直接下载安装，绕开 tlmgr，但我估计这件事优先级不那么高，所以我就先不管它了。
