• R语言
  • 请问可以用perl调用R么

R必须在R控制台下执行么,如果能在dos下运行,可不可以用perl来调用
The Omega Project for Statistical Computing



RSPerl Package
参见早先的帖子: http://cos.name/bbs/read.php?tid=3404&page=1#24088



用perl调用R

先临时创建一个R script文件

open(F,">rsvd.r")or die "error";

print F "sink(\"c:\\\\R_svd_result.out\")\n";

print F "svdsource=read.table(\"$datafile\")\n";

print F "svdresult=svd(svdsource)\n";

print F "svdresult\n";

print F "sink()\n";

close F;



调用R执行这个临时Rscript,sink把R的运行结果重定向到C:\r_svd_result.out中,Perl将对这个结果再处理

system("R --restore --no-save <rsvd.r");



以下读R输出结果,

open(F,"c:\\R_svd_result.out")or die "error";

  blablabla.....
看不大懂,能否解释一下,上面那个是Rscript的内容么,应该是Rscript.pl吧
用Statistics::R ,既可适用于Win32平台,也可在Linux 中使用。

不过Win32平台安装模块要在cmd命令行中使用cpan进行安装,而ActivePerl的PPM找不到安装模块。

模块有一共有四个:Statistics::R  

                                   Statistics::R::Bridge

                                   Statistics::R::Bridge::Win32

                                   Statistics::R::Bridge::pipe  

不过好像先安装第二个,再安装第一个,后边2个好像会自动安装(我装的时候没注意,反正用cpan再装多一次也无防)



以下是一个在Win32平台的示例:输出一个矩阵及打印输出矩阵的行例数:

--------------------------------------------------------
#!usr/bin/perl-w<br />
 use Statistics::R;<br />
  <br />
  my $R = Statistics::R->new() ;<br />
  $R->startR ;<br />
  $R->send(qq`A=rbind(c(76.0, 91.5, 85.5, 82.5, 79.0, 80.5, 74.5,79.0, 85.0, 76.5, 82.0, 95.0, 92.5), \n <br />
            c(50, 20, 20, 30, 30, 50, 60, 50, 40, 55,40, 40, 20), \n<br />
            c(120, 141, 124, 126, 117, 125, 123, 125,132, 123, 132, 155, 147)) \n`) ;<br />
  $R->send(qq`ncol=ncol(A);nrow=nrow(A) \n print(paste("矩阵A是",nrow,"行",ncol,"例矩阵",sep="")) `);<br />
  my $ret = $R->read;<br />
  print $ret,"\n";<br />
  $R->send(qq`print(A)`);<br />
  my $ret = $R->read;<br />
  print $ret;<br />
  $R->stopR();


#注:$R->read只能读取到R最后一次的输出信息,所以R每输出一次信息就需调用一次$R->read,然后将其结果用print在perl中打印输出

-------------------------------------------------------

输出结果为:

[1] "矩阵A是3行13例矩阵"

     [,1]  [,2]  [,3]  [,4] [,5]  [,6]  [,7] [,8] [,9] [,10] [,11] [,12] [,13]

[1,]   76  91.5  85.5  82.5   79  80.5  74.5   79   85  76.5    82    95  92.5

[2,]   50  20.0  20.0  30.0   30  50.0  60.0   50   40  55.0    40    40  20.0

[3,]  120 141.0 124.0 126.0  117 125.0 123.0  125  132 123.0   132   155 147.0



-------------------------------------------------------

一般人希望用perl调用R的目的 应该不只是希望得到R的处理结果,而是希望perl能利用R内部的大量科学计算函数:

假如要将变量从perl传入R中进行计算(如将$a=1传进R),或要将调用R函数计算出的唯一结果值传入perl再进行后续处理(如

将向量c(1,2,3,4,6)的均值加上$a的结果传入perl后利用perl再进行加2处理),可以如下写脚本:
#!usr/bin/perl-w<br />
 use Statistics::R; <br />
  my $a=1;<br />
  my $R = Statistics::R->new();  <br />
  $R->startR;<br />
  $R->send(qq`x=c(1,2,3,4,6) \n y=mean(x) \n z=$a+y \n print(z)`) ;  <br />
  my $ret = $R->read;<br />
  print $ret,"\n";  #输出R的处理结果<br />
  $R->stopR();<br />
  $ret=~s/\[\d\]\s+(\d+)/$1/g;<br />
  my $b=$ret+2;<br />
  print $b;#输出最终结果
不过感觉运行速度有点慢........
12 天 后
安装出错,不知道是怎么回事

checking if your kit is complete....

looks good

warning: PERL_LIB <c:\vanilla-perl\perl\lib> seems not to be a perl library directory

<Exporter.pm not found> at d:/Rtools/perl/lib/ExtUtils/MM_Unix.pm line 1668

Have D:\Rtools\perl\lib\Config.pm expected C:\vanilla-perl\perl\lib\config.pm

your perl and your config.pm seem to have different ideas about the architecture they are running on.

perl thinks:[lib]

config says:[MSwin32-x86-multi-thread]



我用的vista64
好像产生了两个错误:

1、c:\vanilla-perl\perl\lib不像是perl的解释器的路径,默认安装时是#!usr/bin/perl

2、你的perl与R的没装在同一个盘(不是太确定是否是这个原因),也可能也是第一个错误导致了第二个错误的产生,反正都是环境变量引起的错误,因我是在Windows平台使用perl,没有vista下使用的经验,给不了你太多的帮助。关于perl的问题最好是到perl社区询问,那里牛人多。
谢谢aef25u,认真看了一下错误



把Rtools卸了,上面的问题没了,下载成功,但是还是出错:



writing makefile for Statistics::R



'nmake' is not  recognized as an internal or external command,

operable program or batch file.



GMPASSOS/Statistics-R-0.02.tar.gz

nmake-- not ok

...



再去找nmake,只有32位的,没有64位的...惨



附件里是linux下的包,不知道高手可否改一下,改成windows下可用的
为什么一定要使用vista呢,改装系统可比修改模块容易多了.........

我的水平也就是使用别人写好的模块或自已因工作需要写点小程序,还达不到改别人的东西的水平,所以帮不了你

关于windows  cpan安装模块的问题可以看看这编文章:http://lovekernel.blog.sohu.com/94367900.html

关于namke的下载可以到:http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;en-us;Q132084

要使namke可用,双击下载下来的namke.exe,将生成的3个文件都拷进/perl/bin文件夹下,以后在windows 下用cpan安装CPAN上的模块就不会有nmake-- not ok的问题了
多谢aef25u ,

在你的提醒下,nmake.exe本来不能在64位下运行,我把它改成nmake.rar,然后解压缩就可以了。哈哈,搞定,谢谢!
不过使用这种方法调用R,缺点大多,玩玩可以,

但话说回来,perl真不愧是胶水语言,R的调用实现简单,而且很容易懂,就是用perl发送R的代码。

要是想通过调用R.dll使用R的库函数,perl应该也能实现,只要你会用C调用R.dll,可以考虑通过perl的Inline 内联来实现。

因R是开源的,又或者像本论坛《VC++中调用 R 的函数》一文提到的那样可以通过抽取函数代码来实现。