用SAM分析肿瘤和正常组织差异表达基因时，

1 一般FDR取到什么值比较合适？

2 在我的数据中，在FDR=1%，与FDR=0.01%的结果差别很大。当FDR=1%时，总的差异基因中，在肿瘤和正常的中上调的基因各占一半。当FDR=0.01%，总的差异基因中，表达值正常高于肿瘤的占2/3,而正常低于肿瘤的占1/3,如果解释此现象？

3 一般的肿瘤和正常组织差异表达比较中，应该是肿瘤组织中高表达的基因的数目大于正常组织高表达的基因的数目吧？



谢谢!
18 天 后
FDR是控制同时进行多个检验时犯错误的概率，至于生物上的解释就不清楚了！
2 个月 后
我一般取FDR<0.05，同时基因数最多
8 天 后
FDR is the proportion of  the false positive. That is, when you have 200 genes that your tests rejected H0, and you set your FDR<0.01, then 200*0.01=2 genes are wrongly decided as Ha, they actually belong to H0.

So, the threshold value of FDR should be decided in different cases in your data analysis. You need to decide your cut-off value from your own data analysis result.