R与蛋白质3D动态模拟的问题

想做蛋白质和其它大分子的3D动态模拟, 包括:

  1. 数据结构: R中有没有保存3D空间结构的数据结构, 例如象rbtree, 哈希表 等?

  2. 动态展示: R中能不能展示蛋白质3D的动态?

  3. 计算速度: 相互作用力的计算速度够不够?



考虑python与R. python里已经有rbtree了, 3D考虑mayavi和vpython, 但是还不会用. 有人比较过吗?

想在python与R中选择, 或者两者结合? 各位给点意见吧