求助：安装dmetar包失败

smallvblack

我想安装dmetar包，使用pcurve()函数。
为了解决这个问题，我进行了如下测试：
1、使用命令安装
install.packages("dmetar")
但结果显示：

将程序包安装入‘C:/Users/small/AppData/Local/R/win-library/4.3’
(因为‘lib’没有被指定)
Warning in install.packages :
  package ‘dmetar’ is not available for this version of R

A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages

2、使用R手册代码安装
devtools::install_github("MathiasHarrer/dmetar")
结果显示

Error: Failed to install 'dmetar' from GitHub:
  ! System command 'Rcmd.exe' failed

3、尝试使用手动安装
下载安装包，安装包连接：https://github.com/MathiasHarrer/dmetar.
安装代码
devtools::install("C:\\Users\\small\\Desktop\\dmetar-master")
结果显示

Error in `(function (command = NULL, args = character(), error_on_status = TRUE, …`:
! System command 'Rcmd.exe' failed
---
Exit status: -1
stdout & stderr: <printed>
---
Type .Last.error to see the more details.

我的系统环境

R version 4.3.1 (2023-06-16 ucrt)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 19045)

Matrix products: default


locale:
[1] LC_COLLATE=Chinese (Simplified)_China.utf8  LC_CTYPE=Chinese (Simplified)_China.utf8   
[3] LC_MONETARY=Chinese (Simplified)_China.utf8 LC_NUMERIC=C                               
[5] LC_TIME=Chinese (Simplified)_China.utf8    

time zone: Asia/Shanghai
tzcode source: internal

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] miniUI_0.1.1.1    compiler_4.3.1    crayon_1.5.2      promises_1.2.0.1 
 [5] Rcpp_1.0.11       stringr_1.5.0     callr_3.7.3       later_1.3.1      
 [9] yaml_2.3.7        fastmap_1.1.1     mime_0.12         R6_2.5.1         
[13] curl_5.0.1        knitr_1.43        htmlwidgets_1.6.2 tibble_3.2.1     
[17] desc_1.4.2        profvis_0.3.8     rprojroot_2.0.3   shiny_1.7.4.1    
[21] pillar_1.9.0      rlang_1.1.1       utf8_1.2.3        cachem_1.0.8     
[25] stringi_1.7.12    httpuv_1.6.11     xfun_0.39         fs_1.6.3         
[29] pkgload_1.3.2.1   memoise_2.0.1     cli_3.6.1         magrittr_2.0.3   
[33] ps_1.7.5          digest_0.6.33     processx_3.8.2    rstudioapi_0.15.0
[37] xtable_1.8-4      remotes_2.4.2.1   devtools_2.4.5    lifecycle_1.0.3  
[41] prettyunits_1.1.1 vctrs_0.6.3       evaluate_0.21     glue_1.6.2       
[45] urlchecker_1.0.1  sessioninfo_1.2.2 pkgbuild_1.4.2    fansi_1.0.4      
[49] rmarkdown_2.23    purrr_1.0.1       pkgconfig_2.0.3   usethis_2.2.2    
[53] tools_4.3.1       ellipsis_0.3.2    htmltools_0.5.5

非常感谢您的帮助

liang-qijie

R和包的版本不匹配，要不你把R降版本再试试install.packages

或者你按照第一个报错给出的链接去看看它描述的文档

smallvblack

liang-qijie 感谢回复。我之前尝试过用4.2版本，但报错依然如此，所以排出了可能是因为版本不对的问题。另外我继续尝试一下看能不能通过阅读报错给出的链接解决问题吧，之前打开感觉里面多数东西读不懂，比较难找到答案

CyrusYip

试试文档里的安装方式 https://github.com/MathiasHarrer/dmetar#installation 。

liang-qijie CRAN 没有这个包 https://cran.r-project.org/web/packages/available_packages_by_name.html 。

liang-qijie

CyrusYip CRAN 没有这个包 https://cran.r-project.org/web/packages/available_packages_by_name.html 。

原来如此

smallvblack

CyrusYip 您好，感谢回复。帖子的第二种方式和第三种方式就是按照这个文本进行的，但依然不行。但依照文本安装的报错与第一种报错不一样。第二种按照文本代码和第三种手动从git-hub安装报错都指向“Rcm.exe”指令不能触发。到这里我酒卡住了，暂时没有什么好办法解决

CyrusYip

smallvblack 看样子只能向包作者报告bug了。

smallvblack

CyrusYip 我打算尝试一周，一周后没有找到解决办法就联系作者说明我的问题

fenguoerbian

Error in `(function (command = NULL, args = character(), error_on_status = TRUE, …`:
! System command 'Rcmd.exe' failed
---
Exit status: -1
stdout & stderr: <printed>
---
Type .Last.error to see the more details.

根据报错提示可以用.Last.error命令来查看更多的错误细节信息。另外这种报错可以先考虑自己编译环境的问题，检查一下rtools的安装以及其它源码包能否正常安装编译。例如用如下命令来检查是否能正常搜索到rtools相关工具

devtools::find_rtools(debug = TRUE)

并用如下命令测试下是否可以正常编译源码包

install.packages("PKI", type="source")

smallvblack

fenguoerbian 您好，非常感谢您的回复。尝试了两个代码，第一个显示可以，但第二个显示不行，而且报错信息如下：

> devtools::find_rtools(debug = TRUE)
Found in Rtools 4.3 installation folder
[1] TRUE
> install.packages("PKI", type="source")
将程序包安装入‘C:/Users/small/AppData/Local/R/win-library/4.3’
(因为‘lib’没有被指定)
trying URL 'https://mirrors.pku.edu.cn/CRAN/src/contrib/PKI_0.1-12.tar.gz'
Content type 'application/octet-stream' length 85544 bytes (83 KB)
downloaded 83 KB

Warning in install.packages :
  安装程序包‘PKI’时退出狀態的值不是0

下载的程序包在
	‘C:\Users\small\AppData\Local\Temp\RtmpuwnwIN\downloaded_packages’里

我记得我在用各种方式尝试的时候多次遇见lib没有被指定和退出状态不是0这个报错

fenguoerbian

smallvblack
“lib没有被指定”并不是报错，只是一个打印信息。安装的返回值不是0说明安装失败了，有更具体的报错信息吗？你的系统从源码安装包的配置应该是有问题的。尝试这样打印更多安装时的信息呢？

install.packages("PKI", type="source", verbose = TRUE)

smallvblack

fenguoerbian 我输入您给我的代码后给出的报错信息

> install.packages("PKI", type="source", verbose = TRUE)
将程序包安装入‘C:/Users/small/AppData/Local/R/win-library/4.3’
(因为‘lib’没有被指定)
系统(cmd0): C:/PROGRA~1/R/R-43~1.1/bin/x64/R CMD INSTALL
  % Total    % Received % Xferd  Average Speed   Time    Time     Time  Current
                                 Dload  Upload   Total   Spent    Left  Speed
100 85544  100 85544    0     0   201k      0 --:--:-- --:--:-- --:--:--  201k
foundpkgs: PKI, C:\Users\small\AppData\Local\Temp\Rtmpc5HhVw/downloaded_packages/PKI_0.1-12.tar.gz
文件: C:\Users\small\AppData\Local\Temp\Rtmpc5HhVw/downloaded_packages/PKI_0.1-12.tar.gz
Warning in install.packages :
  安装程序包‘PKI’时退出狀態的值不是0

下载的程序包在
	‘C:\Users\small\AppData\Local\Temp\Rtmpc5HhVw\downloaded_packages’里

另外，我把这段报错信息输入chatGPT让他帮我解释，回复则是教我怎么安装“PKI”
install.packages("PKI", dependencies = TRUE, repos = "https://cran.rstudio.com/")
执行后显示安装成功：

> install.packages("PKI", dependencies = TRUE, repos = "https://cran.rstudio.com/")
将程序包安装入‘C:/Users/small/AppData/Local/R/win-library/4.3’
(因为‘lib’没有被指定)
  % Total    % Received % Xferd  Average Speed   Time    Time     Time  Current
                                 Dload  Upload   Total   Spent    Left  Speed
100 1878k  100 1878k    0     0   215k      0  0:00:08  0:00:08 --:--:--  264k
程序包‘PKI’打开成功，MD5和检查也通过

下载的二进制程序包在
	C:\Users\small\AppData\Local\Temp\Rtmpc5HhVw\downloaded_packages里

但我再次安装“dmetar”包依然显示：

Error: Failed to install 'rbbt' from GitHub:
  ! System command 'Rcmd.exe' failed

smallvblack

smallvblack 抱歉有个小失误。之前安装dmetar和rbbt，都是出现“Rcmd.exe”报错，所以我归为了同类问题，刚测试为了方便直接用的rbbt包，不过报错也是一样的，请谅解。

devtools::install("C:\\Users\\small\\Desktop\\dmetar-master")

fenguoerbian

smallvblack
你没理解啊，安装这个包只是为了测试你能不能从源码编译安装，核心是安装时要设置参数type=“source”来要求从源码安装。你的这个报错的打印信息总感觉有点少……那么如果分别运行如下的命令会得到什么结果呢？

Sys.which("make")

Sys.which("gcc")

Sys.which("R")

Sys.which("Rcmd")

smallvblack

fenguoerbian 抱歉，今天有些事情回复完了，见谅。我按照您说的依次输入您给的代码，反馈如下：

> Sys.which("make")
                                        make 
"D:\\R\\setup\\rtools43\\usr\\bin\\make.exe" 
> Sys.which("gcc")
                                                 gcc 
"D:\\R\\setup\\rtools43\\X86_64~1.POS\\bin\\gcc.exe" 
> Sys.which("R")
                                           R 
"C:\\PROGRA~1\\R\\R-43~1.1\\bin\\x64\\R.exe" 
> Sys.which("Rcmd")
                                           Rcmd 
"C:\\PROGRA~1\\R\\R-43~1.1\\bin\\x64\\Rcmd.exe"

fenguoerbian

smallvblack
看起来编译工具都是能正常找到的，但是从你前面的经历来看总是不能正常编译安装包。而且总感觉前面的报错信息漏掉了什么内容似的有点少……请问最近有做过更新R版本、rtools版本吗？整个重新启动一下R，然后运行

Sys.getenv("PATH")

install.packages("PKI", type="source", verbose = TRUE)

devtools::install_github("MathiasHarrer/dmetar", force = TRUE)

的完整结果分别是什么呢？

smallvblack

fenguoerbian 做过的，因为之前安装包时的报错chatGPT解释可能是因为版本的原因。原本我用的4.2，后续更新到了4.3，然后改回4.2，最后还是决定用的4.3，而rtool全部同步更替了。
关于您给的命令，R的反馈如下：
第一条命令：

> Sys.getenv("PATH")
[1] "D:\\R\\setup\\rtools43\\x86_64-w64-mingw32.static.posix\\bin;D:\\R\\setup\\rtools43\\usr\\bin;\\usr\\bin;\\usr\\bin;C:\\Program Files\\R\\R-4.3.1\\bin\\x64;C:\\Program Files\\Python312\\Scripts\\;C:\\Program Files\\Python312\\;C:\\Program Files\\Java\\jdk-18.0.1.1\\\\bin；;JAVA_HOME%\\jre\\bin;C:\\Program Files\\Java\\jdk-18.0.1.1;C:\\rtools42;C:\\rtools42\\usr\\bin;C:\\rtools42\\mingw64\\bin;D:\\tool\\R-4.2.1\\bin\\x64\\Rcmd.exe;D:\\工具安装包\\go运行环境\\bin;C:\\Progr;m Files (x86)\\HP\\Common\\HPDestPlgIn\\;C:\\Rtools\\bin;C:\\Rtools\\mingw_64\\bin;C:\\Program Files\\Git\\cmd;C:Program FilesJavajdk-18.0.1.1\\bin;C:Program FilesJavajdk-18.0.1.1\\jrebin;C:\\Program Files\\Java\\jdk-18.0.1.1;C:\\Users\\small\\go\\bin;C:\\Program Files (x86)\\HP\\Common\\HPDestPlgIn;D:\\R\\RStudio\\resources\\app\\bin\\quarto\\bin;D:\\R\\RStudio\\resources\\app\\bin\\postback"

第二条命令：

> install.packages("PKI", type="source", verbose = TRUE)
将程序包安装入‘C:/Users/small/AppData/Local/R/win-library/4.3’
(因为‘lib’没有被指定)
系统(cmd0): C:/PROGRA~1/R/R-43~1.1/bin/x64/R CMD INSTALL
trying URL 'https://mirrors.pku.edu.cn/CRAN/src/contrib/PKI_0.1-12.tar.gz'
Content type 'application/octet-stream' length 85544 bytes (83 KB)
downloaded 83 KB

foundpkgs: PKI, C:\Users\small\AppData\Local\Temp\RtmpAnLgUW/downloaded_packages/PKI_0.1-12.tar.gz
文件: C:\Users\small\AppData\Local\Temp\RtmpAnLgUW/downloaded_packages/PKI_0.1-12.tar.gz
Warning in install.packages :
  安装程序包‘PKI’时退出狀態的值不是0

下载的程序包在
	‘C:\Users\small\AppData\Local\Temp\RtmpAnLgUW\downloaded_packages’里

第三道命令

> devtools::install_github("MathiasHarrer/dmetar", force = TRUE)
Downloading GitHub repo MathiasHarrer/dmetar@HEAD
Error in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet,  : 
  download from 'https://api.github.com/repos/MathiasHarrer/dmetar/tarball/HEAD' failed

fenguoerbian

smallvblack

第三个命令的报错是下载错误，这个只能想办法解决网络问题。我看你原先已经单独下载过github上的dmeter包了，那么在R中用setwd()将工作目录设置到到demeter-master的文件夹（即同一级目录有readme.md, DESCRIPTION, NAMESPACE等文件后），也用R CMD INSTALL来安装呢？

 system("R CMD INSTALL ./")

会是什么输出结果？

------------ 分割线一下 ------------
看了一下dmetar应该是个不需要gcc等编译的包？那可能我一开始推测的一些问题不太准确。第二个命令的出错可能并不会很相关。
第二个命令还是没有出现安装时的具体报错？试着从CRAN上下一下PKI包的源码包，然后在R中setwd()到你下载的这个.tar.gz包的位置，并在R中运行

system("R CMD INSTALL PKI_0.1-12.tar.gz")

看看是什么输出？

smallvblack

fenguoerbian 我将工作目录设置后用第一个命令安装，然后将PKI源码包下载下来后放到了同一目录中，利用命令输入的结果是一个数字，结果如下：

> setwd(C:\\Users\\small\\Desktop\\rbbt-master)
Error: unexpected '\\' in "setwd(C:\\"
> setwd("C:\\Users\\small\\Desktop\\rbbt-master")
> system("R CMD INSTALL ./")
[1] 65535
> system("R CMD INSTALL PKI_0.1-12.tar.gz")
[1] 65535

fenguoerbian

smallvblack
难道是因为R的安装位置？你装在了“Program Files”文件夹下，是一个有空格的路径。要么试试把R重新安装到一个没有空格，没有中文的路径下面？

smallvblack

fenguoerbian 老师您好，我反复卸载了R和Rtool，安装到了D盘，再输入代码发现还是有空格路径，是需要强力清除所有R的组件吗，因为还有其他代码再做所以不敢贸然强力清楚所有相关组件