请教：按行统计，apply函数可运行，pmap报错，问题出在哪里？

hagiaatcos

数据集：https://github.com/onkaparinga/default/blob/main/pmap.csv
目的：计算每一行的OR值和95%CI
代码：

library(tidyverse)
library(epiDisplay)

df <- read_csv('pmap.csv')

#定义fun1返回or值
fun1 <- function(x){
  cci <- cci(x[[1]],x[[2]],x[[3]],x[[4]])
  return(cci$or)
}
#定义fun2返回or值和95%ci
fun2 <- function(x){
  cci <- cci(x[[1]],x[[2]],x[[3]],x[[4]])
  res <- c(cci$or,cci$ci.or)
  return(res)
}

#报错
df %>% 
  mutate(or = pmap(.,fun1))

报错信息：

Error in mutate():
ℹ In argument: or = pmap(., fun1).
Caused by error in pmap():
ℹ In index: 1.
Caused by error in .f():
! unused arguments (X1 = .l[[1]][], X2 = .l[[2]][], X3 = .l[[3]][], X4 = .l[[4]][])

#正常运行
apply(df,1,fun1)

apply(df,1,fun1)
[1] 0.1590909 0.4705882 1.4603175 1.2481338 1.0118774 0.6350434 0.3777606 0.7544643 2.5869565 1.0614035 0.9591837
[12] 0.8758328 3.2000000 0.5620024 0.2222222 1.2153700 0.7777778 0.8064516 0.4160305 0.8720497 0.8066435 0.7455507

#不使用自定义fun函数，直接写成匿名函数也可正常运行
df %>% 
  mutate(or = pmap_dbl(.,~cci(..1,..2,..3,..4)$or))

单独使用fun1也可以运行

fun1(list(1,4,11,7))
fun1(c(1,4,11,7))

fun2可返回三个值，但是fun1这步都没过去，所以还没用上fun2

fenguoerbian

pmap和apply的函数接口应该并不一致。请参考一下pmap的文档，你定义的fun1只接受1个参数，而根据你的数据和你后续的应用pmap(., fun1)，fun1应该接受4个参数才对。

hagiaatcos

fenguoerbian
感谢指导。
是这样，我定义的fun1需要接受4个参数，pmap是把4个参数打包成一个list传递给fun1，因此fun1本身接受1个list，里面的cci接受这个list的[[1]],[[2]],[[3]],[[4]]四个数值。
我单独用fun1(list(a,b,c,d))是可以运行的，但是到了pmap这不知为什么就不能运行了。

fenguoerbian

hagiaatcos
你应该是理解错了文档？

The length of ‘.l’ determines the number of arguments that ‘.f’ will be called with.

pmap 第一个参数的长度（最外层的）决定了后续函数接收的参数数量。你现在mutate里面那个用法会得出fun1需要接受四个参数，而不是一个参数，即使这一个参数是个list里面又包含了四个元素。你可以再看看文档后面对data.frame的应用的例子嘛。

meeeeeeeeo

hagiaatcos
你这里pmap接受的第一个参数是list(a, b, c, d)，意味着第二个参数得是四个参数的函数f(a, b, c, d)，而不是一个参数f(list)，具体的可以多研究下pmap的文档，下面两种改法应该都可以

fun3 <- function(x1, x2, x3, x4){
  cci <- cci(x1, x2, x3, x4)
  return(cci$or)
}

fun4 <- function(...){
  cci <- cci(...)
  return(cci$or)
}

hagiaatcos

fenguoerbian
那么我改成：

fun3 <- function(x1, x2, x3, x4){
  cci <- cci(x1, x2, x3, x4)
  return(cci$or)
}

让fun3接受4个参数，运行，
还是不行。

hagiaatcos

meeeeeeeeo
我一开始写的就是fun3的形式，也是同样报错。刚才又试了一下，不行。

fenguoerbian

hagiaatcos

Arguments will be supply by position if unnamed, and by name if named

你的df里面的变量是有名字的，因此函数的名字也要对得上。df里的名字看起来是X1到X4，而fun3里的名字是x1到x4，对不上。把变量名统一一下。

hagiaatcos

fenguoerbian 明白了，解决了，非常感谢

hagiaatcos

fenguoerbian 您好，还是这个问题，遇到了新问题。
我这个数据集只有4列，列名是X1,X2,X3,X4。我定义fun3的话，可以写fun3(X1,X2,X3,X4).
现在遇到新的数据集，有30多列，列名还非常复杂。应该如何定义fun3呢？在fun3里面写全所有30多个列名太麻烦了。

meeeeeeeeo

hagiaatcos
这种可以考虑function(...)的写法，如果需要对部分列做处理，可以在pamp第一个参数里用select处理下

fenguoerbian

具体是什么需求呢？是原始数据列很多，但是fun3只需要关键的4列即可。还是说其实是希望对原始数据所有列都应用一下cci?

hagiaatcos

fenguoerbian 希望对原始数据所有列都应用

是这个需求。30多列，使用pmap每次取出所有列的第一行、第二行……，传入fun3里面。

fenguoerbian

hagiaatcos 那我其实还是有点不理解，因为fun3里面核心是cci 函数，一般是要4个参数。所以它真的能接受n个参数吗？

hagiaatcos

fenguoerbian 其实是我遇到另一个问题，忘了具体什么问题了……当时想定义一个函数fun，一次接受35个向量，然后进行向量化的计算。但是每一列的名字都很复杂，手工敲进去太麻烦了。所以想问问，这种情况怎么自定义一个函数实现这个功能