Error in library.dynam(lib, package, package.lib) : Without this DLL“xfun”

zkl

##问题描述
用BioManager包安装org.eg.Mm.db包失败，提示xfun包为架构安装，但xfun包其实已安装。

##我的代码、数据和运行结果

.libPaths()

[1] "D:/APP/R-4.2.1/library"

library(BiocManager)
BiocManager::install("org.eg.Mm.db")

Error in library.dynam(lib, package, package.lib) : 没有这个DLL ‘xfun’：是不是没有为此架构安装？

library(xfun)

Warning: 程辑包‘xfun’是用R版本4.2.2 来建造的
Error: package or namespace load failed for ‘xfun’ in library.dynam(lib, package, package.lib):
没有这个DLL ‘xfun’：是不是没有为此架构安装？

##我的初步解决方法

在Rstudio界面点击Tools>Check for Package Upates>Select All>Install Updates

反馈：
无法将拆除原来安装的程序包‘digest’
Warning in install.packages :
problem copying D:\APP\R-4.2.1\library\00LOCK\digest\demo\vectorised.R to D:\APP\R-4.2.1\library\digest\demo\vectorised.R: Permission denied
下载的二进制程序包在
C:\Users\86157\AppData\Local\Temp\RtmpEzy9GL\downloaded_packages里

##我的系统环境

SessionInfo()

*R version 4.2.1 (2022-06-23 ucrt)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 19044)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=Chinese (Simplified)China.utf8
[2] LC_CTYPE=Chinese (Simplified)China.utf8
[3] LC_MONETARY=Chinese (Simplified)China.utf8
[4] LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=Chinese (Simplified)China.utf8

attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods
[7] base

loaded via a namespace (and not attached):
[1] evaluate_0.19 data.table_1.14.6 tools_4.2.1
[4] compiler_4.2.1 BiocManager_1.30.19*

Cloud2016

zkl 从源码编译安装 xfun 试试

zkl

Cloud2016 有用，👍，感谢！就是麻烦了点

yihui

zkl 按理说应该不用这么麻烦的啊。首先 BiocManager 不依赖 xfun，我不知道它为啥要加载 xfun；其次，如果从源码能安装的话，那预编译的包应该也能装。唯一的可能就是你的 CRAN 镜像没有同步 xfun 的预编译二进制版本，检查一下 getOption('repos')。这个可能性应该也不大，RStudio 默认用自己厂的镜像，同步是极快的。

另外，Windows 下安装 R 包有个坑爹的地方，就是你无法重新安装已加载的含有 dll 的包（digest 和 xfun 都是这一类），而必须重启 R 甚至关掉其它正在使用这些包的项目，在一个干净的环境中安装包。

zkl

yihui 对，这实在是麻烦。
我检查了一下getOption('repos'),它反馈：

CRAN
"https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"
attr(,"RStudio")
[1] TRUE

后面我重新安装了xfun,但后续又出现一个接一个的这样的报错：Error in library.dynam(lib, package, package.lib) :
DLL 'R包名' not found: maybe not installed for this architecture?
我就只能一个一个地重新安装这些明明已经安装好的包/(ㄒoㄒ)/~_{，好费时间哇，到现在也没能把包穷尽}可我实在是不清楚哪里出问题了(T_T)

yihui

zkl 太奇怪了。看看以下信息：

.Platform
list.files(system.file('libs', package = 'xfun'), recursive = TRUE)

另外你的 R 不是最新版本，不过既然已经是 4.2.x 应该也没啥影响。

zkl

yihui 我运行了一下这两行代码:

.Platform

$OS.type
[1] "windows"

$file.sep
[1] "/"

$dynlib.ext
[1] ".dll"

$GUI
[1] "RStudio"

$endian
[1] "little"

$pkgType
[1] "win.binary"

$path.sep
[1] ";"

$r_arch
[1] "x64"

list.files(system.file('libs', package = 'xfun'), recursive = TRUE)

[1] "x64/symbols.rds" "x64/xfun.dll"

看上去好像没什么问题。
我几天前把包的安装路径和加载路径统一成一个路径了，现在包安装路径是这个：

.libPaths()

[1] "D:/APP/R-4.2.1/library"

后来又安装了Rtools

我不知道这会不会有影响，比如r包安装目录权限方面的问题，导致rstudio无法识别某些DLL“R包”。
今天我重新安装AnnotationDbi

install.packages("D:/R_packages/AnnotationDbi",repos=NULL, type="source",denpendencies=T)

Error: package or namespace load failed for ‘AnnotationDbi’:
loadNamespace()里算'zlibbioc'时.onLoad失败了，详细内容：
调用: inDL(x, as.logical(local), as.logical(now), ...)
错误: unable to load shared object 'D:/APP/R-4.2.1/library/zlibbioc/libs/x64/zlib1bioc.dll':
LoadLibrary failure: 找不到指定的模块。

library(zlibbioc)

Error: package or namespace load failed for ‘zlibbioc’:
loadNamespace()里算'zlibbioc'时.onLoad失败了，详细内容：
调用: inDL(x, as.logical(local), as.logical(now), ...)
错误: unable to load shared object 'D:/APP/R-4.2.1/library/zlibbioc/libs/x64/zlib1bioc.dll':
LoadLibrary failure: 找不到指定的模块。

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("zlibbioc",force = TRUE)

安装成功
这次我没有用install.packages("D:/R_packages/AnnotationDbi",repos=NULL, type="source",denpendencies=T)
所以也没有出现这种报错:

Error in library.dynam(lib, package, package.lib) :
DLL 'XVector' not found: maybe not installed for this architecture?

但有另一种报错/(ㄒoㄒ)/~_：

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("AnnotationDbi",force = TRUE)

Warning messages:
1: In loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[]) :
package ‘stringi’ has no 'package.rds' in Meta/
2: In loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[]) :
package ‘stringi’ has no 'package.rds' in Meta/
'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard
repositories, see '?repositories' for details
replacement repositories:
CRAN: https://mirrors.sustech.edu.cn/CRAN/
Warning: URL 'https://mirrors.sustech.edu.cn/CRAN/src/contrib/PACKAGES.rds': status was 'Failure when receiving data from the peer'