tctcab 你说的这几个“包”之间应该不需要“厮杀”。可以参考这个 StackExchange 回答。简单地说，学界主要用 TeX 内置的 BibTeX 系统或 natbib 包。我基本只用 natbib 包进行文献引用，格式如下：
\usepackage{natbib}
\bibliographystyle{jpe}
blablabla
% insert references here
\bibliography{my-bibliography}
除了 jpe, 可选的引用格式还有 aer, ecta 等。这些都是经济学的期刊引用格式，你可以换成你们领域对应的格式。natbib 提供的 \citet{}, \citep{} 和 \citet*{} (显示所有作者姓名而不是 et al.) 等可以满足我英文排版中的所有需求。
如果有其他额外需求，如引用文献非英文或要求特定参考文献格式，可以改用仍在更新中的 BibLaTeX. 后者比 natbib 更酷一些，因为natbib已经多年不更新了。如果是新入 LaTeX 坑，StackExchange 上会劝你使用 BibLaTeX. 它唯一的缺点是比 natbib 慢一些，因为它默认基于 biber 系统而非 BibTeX。
PS: 最近因为引用了中文文献，涉及到中文期刊要按照汉语拼音排序的问题，就试用了下 BibLaTeX. 感觉像发现了新大陆。不过以后还是会用回 natbib.
