haiyanwu 最近事情比较多一直没有上来,所以刚看到jinanvw的留言,真是抱歉! 我原来做的是affy的芯片,6万多的probe set,windows下跑10张问题不大,但是cDNA芯片就不知道了!windows下跑R在属性->目标里面 加上“--max-mem-size=2Gb”可以将虚拟内存调大。目前对于更大数据,我都在linux下用R,因为我用的服务器内存8G(更大的也许只能用cluster了),所以目前还没有出过问题,如果是PC用linux,建议将swap分区调大,分上几G。 rtist是BioC的高手,也许他可以回答的更清楚你的具体问题!
gomugomu 你这是spotted array, 不是affy in situ synthesized的 要学好 Bioconductor ,就要自己看里面各个package的说明,那本书只是皮毛 对于各种normalization,还是要懂原理,根据实际情况选择那一种。。。 [quote]引用第20楼jinanvw于2006-12-14 08:59发表的“”: 打印到玻片上的点啊.[/quote]
alexru [quote]引用第23楼gomugomu于2007-04-06 04:24发表的“”: 你这是spotted array, 不是affy in situ synthesized的 要学好 Bioconductor ,就要自己看里面各个package的说明,那本书只是皮毛 对于各种normalization,还是要懂原理,根据实际情况选择那一种。。。 .......[/quote] 同意
somosomo 俺的毕业论文就是要用bioconductor做个分析平台,现在只能实现针对affy芯片的质量评价、数据预处理、SAM、双向聚类、基因注释和通路分析等功能的整合,就这点东西要写论文好烦啊:( [p:4]
alexru [quote]引用第27楼spss0于2007-05-26 10:12发表的“”: 最近借到"R语言及Bioconductor在基因组分析中的应用",看完感觉好象只是基本介绍了下各包,能不能提供几本内容深入介绍详细的书,谢谢了! [/quote] 看这本书的人真多,哈哈
sawfish [quote]引用第25楼somosomo于2007-05-20 13:05发表的“”: 俺的毕业论文就是要用bioconductor做个分析平台,现在只能实现针对affy芯片的质量评价、数据预处理、SAM、双向聚类、基因注释和通路分析等功能的整合,就这点东西要写论文好烦啊:( [p:4][/quote] 文章发了吗?可否给我发pdf啊? mailygc#gmail.com(#换成@) 谢谢啊。