jinanvw
还不错,多谢!
jinanvw
haiyanwu,希望与你交流一下BIOCONDUCTOR的使用,不知可否?
我的机子现在是:serperon2200(相当于1.5GCPU), 512M内存,我有一组要跑10张5万点的芯片,不知是否可行?其它的跑4张5万点的就行了,估计应当可以
rtist
[quote]引用第16楼jinanvw于2006-12-13 05:43发表的“”:
haiyanwu,希望与你交流一下BIOCONDUCTOR的使用,不知可否?
我的机子现在是:serperon2200(相当于1.5GCPU), 512M内存,我有一组要跑10张5万点的芯片,不知是否可行?其它的跑4张5万点的就行了,估计应当可以[/quote]
内存偏小,但是因为片子很少,问题也许不大。至于你把什么叫五万点就不好说了。如果是affy,很少笼统地说“点”,应该明确指出是指probe cel数、pm cel数、或是probe set数;如果是cDNA或者long oligo array,说“点”也很难理解——每个点上有至少两个观测值,每个观测值都需要内存啊,所以知道多少点也没法计算出需要多大内存。
jinanvw
谢谢RTSIT!
我的是cDNA或者long oligo array, 点数是指的单个特理点,每个EST只做一个观察.(可能会有重叠,但第一步感谢需要先按不同基因计算),不知是不是够了?如果不太好,请建议点合理的配置?我用WINDOWS下的R跑怎么样?
rtist
什么是“单个特理点”?
jinanvw
打印到玻片上的点啊.
haiyanwu
最近事情比较多一直没有上来,所以刚看到jinanvw的留言,真是抱歉!
我原来做的是affy的芯片,6万多的probe set,windows下跑10张问题不大,但是cDNA芯片就不知道了!windows下跑R在属性->目标里面 加上“--max-mem-size=2Gb”可以将虚拟内存调大。目前对于更大数据,我都在linux下用R,因为我用的服务器内存8G(更大的也许只能用cluster了),所以目前还没有出过问题,如果是PC用linux,建议将swap分区调大,分上几G。
rtist是BioC的高手,也许他可以回答的更清楚你的具体问题!
distar
Bioconductor 真得很不错, 我已经装了!
gomugomu
你这是spotted array, 不是affy in situ synthesized的
要学好 Bioconductor ,就要自己看里面各个package的说明,那本书只是皮毛
对于各种normalization,还是要懂原理,根据实际情况选择那一种。。。
[quote]引用第20楼jinanvw于2006-12-14 08:59发表的“”:
打印到玻片上的点啊.[/quote]
alexru
[quote]引用第23楼gomugomu于2007-04-06 04:24发表的“”:
你这是spotted array, 不是affy in situ synthesized的
要学好 Bioconductor ,就要自己看里面各个package的说明,那本书只是皮毛
对于各种normalization,还是要懂原理,根据实际情况选择那一种。。。
.......[/quote]
同意
somosomo
俺的毕业论文就是要用bioconductor做个分析平台,现在只能实现针对affy芯片的质量评价、数据预处理、SAM、双向聚类、基因注释和通路分析等功能的整合,就这点东西要写论文好烦啊:(
[p:4]
rendadadadadadadkeng
somosomo 亲,方便留个联系方式吗?我想问问有关SAM的问题!!!万分感谢
pengchy
楼上的项目很实用啊!
spss0
最近借到"R语言及Bioconductor在基因组分析中的应用",看完感觉好象只是基本介绍了下各包,能不能提供几本内容深入介绍详细的书,谢谢了!
alexru
[quote]引用第27楼spss0于2007-05-26 10:12发表的“”:
最近借到"R语言及Bioconductor在基因组分析中的应用",看完感觉好象只是基本介绍了下各包,能不能提供几本内容深入介绍详细的书,谢谢了! [/quote]
看这本书的人真多,哈哈
pengchy
还是直接看bioconductor的文档吧,涉及到原理的直接看文献
sawfish
[quote]引用第25楼somosomo于2007-05-20 13:05发表的“”:
俺的毕业论文就是要用bioconductor做个分析平台,现在只能实现针对affy芯片的质量评价、数据预处理、SAM、双向聚类、基因注释和通路分析等功能的整合,就这点东西要写论文好烦啊:(
[p:4][/quote]
文章发了吗?可否给我发pdf啊?
mailygc#gmail.com(#换成@)
谢谢啊。
stcava
bioconductor是个好东西,我现在正在参考他们的源代码,写我的package。虽然我不是分析基因芯片,而是分析神经的,不过他们写的function很值得参考。
nkskytiger
菜鸟飞过~
camelbbs
不错不错,你是拿网上的数据还是自己的数据来分析呢