R Markdown学术写作教程

完整视频教程已发表在医咖会R Markdown学术写作系列教程

为什么要学R Markdown? 我给你10个理由

R Markdown学术写作的优势一句话：all in one。

1个Rstudio可以把学术写作的所有要素全部集中，不需要额外的软件。一个R Markdown文件，一个完整的workflow，完全复现你写作中的方方面面。从数据清洗、分析、写作、发表一条龙服务。

支持markdown语法，可以分享在任何支持markdown语法的博客和Github上。Markdown基本语法5分钟左右即可掌握，不会出现乱七八糟的格式，避免了word各种繁琐的格式调整。
所有的数据分析都可以在写作中，边写边呈现结果。可以随意定制，如是否显示输出结果、是否显示图片，是否显示代码。随意控制输出的样式，如图片大小、坐标样式。臃肿的SAS、SPSS、Stata几乎都可以抛弃（Rstudio具备优秀的数据分析和可视化包）。
不需要额外的参考文献管理工具，最新版的Rstudio 1.4默认集成了文献管理，支持Bib文献库（即Bibtex）。参考文献的style史上最全，兼容CSL的style，随意切换，快速达到投稿要求。
几乎覆盖了所有出版集团的写作模板（如Elsevier，springer，MDPI等）。
支持除R以外的其他编程语言，如Python、SQL、D3、Rcpp（C++）等。
支持LaTeX的排版和语法。
支持输出几乎所有主流的格式，包括html/pdf/docx/pptx/md等。
适应任何写作目的：manuscript、book、presentation、blog、CV、post。
更好的协作性。自带git模块，版本管理，团队协作游刃有余。
几行代码自动生成美观的表格，Table 1 和OR可以通过相应的包自动测算并输出。

R Markdown学术写作课程（医咖会），该课的主要目的是为提高基于R的科学研究便捷性、高效性、可重复性。同时也是推广R Markdown的中国化。

科研工作者、研究生、数据科学从业者等

R Markdown是什么（生态、作者、历史）
R Markdown写作的优势（相较于word、jupyter notebook）
- all in one (即将写作和统计分析、作图融合在一起，一个程序解决所有问题)
- 兼容markdown语法、可以运行除R以外的代码（python、SQL等）
- 可以将文档转化成常见格式，便于发布和整理
- 可以和git融合，方便版本控制，天生开源特性
- 丰富的模板和自动化操作
- 可复现/可重复性（Reproducible）是学术研究的命脉
R Markdown的工作原理及结构
- rmarkdown包依赖knitr 和 Pandoc进行文件输出和转化
- Rmd文件结构（yaml、text（markdown、latex、html）、code chunk）
可以做什么
- 写论文
- 写书
- 写毕业论文
- 写学术墙报
- 写简历
- ...
Rstudio的安装、设置和包管理
- Rstudio的安装及注意事项
- Rstudio的设置
- 包管理（内置方法、devtools、remotes、pacman）
R Markdown需要安装的包
- tinytex
- rticles
- tidyverse
- bookdown

YAML头部及参数
- YAML语法注意事项
- 常见参数设置title|author|output|toc|template|reference等
- ymlthis包快速设置
markdown语法速成（5分钟）
chunk（代码块）
- 插入代码块（R和python演示）
- chunk option
表格
- 表格使用的包（flextable、kableExtra）
- 管道操作%>% (magrittr)
- 和我一起Table one
图片
- chunk生成图片
- 外部图片
引用
- csl及引文样式
- 配合参考文献管理工具（jabref、endnote、zotero）
- 参考文献引用（1.4版本说明）
- 文档内部引用（引用图片、表格或某章节）
一些格式操作
- 分页
- header latex设置和模板
- 首行缩进
- 文档拆分与合并

梁昊，工作于湖南中医药大学中医诊断研究所。医学博士，讲师，主治医师,硕士研究生导师。