问题描述

我的knitr版本为1.23，更新1.28仍无法改变出现的error，卸载或者升级我自己在官网下载的pandoc可以解决这个问题，但是我觉得是knit的指令逻辑有问题，不使用R内的pandoc而是使用我自己安装的pandoc。

使用Rstudio的knit按钮导出html，转换得到中间的.knit.md文件之后会调用pandoc，在这一步出错，调用pandoc的目标是"C:/Users/15510/AppData/Local/Pandoc/pandoc"，我自己下载的官网pandoc

"C:/Users/15510/AppData/Local/Pandoc/pandoc" +RTS -K512m -RTS Learning_RMarkdown.utf8.md --to html4 --from markdown+autolink_bare_uris+tex_math_single_backslash+smart --output Learning_RMarkdown.html --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --template "C:\Users\15510\Documents\R\win-library\3.6\rmarkdown\rmd\h\default.html" --no-highlight --variable highlightjs=1 --variable "theme:bootstrap" --include-in-header "C:\Users\15510\AppData\Local\Temp\Rtmpy4rEnC\rmarkdown-str3acc60572d24.html" --mathjax --variable "mathjax-url:https://mathjax.rstudio.com/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML" --lua-filter "C:/Users/15510/Documents/R/win-library/3.6/rmarkdown/rmd/lua/pagebreak.lua" --lua-filter "C:/Users/15510/Documents/R/win-library/3.6/rmarkdown/rmd/lua/latex-div.lua" 
output file: Learning_RMarkdown.knit.md

Error running filter C:/Users/15510/Documents/R/win-library/3.6/rmarkdown/rmd/lua/pagebreak.lua:
...uments/R/win-library/3.6/rmarkdown/rmd/lua/pagebreak.lua:18: module 'pandoc.utils' not found:no file 'pandoc.utils.lua' in pandoc's datadir
	no field package.preload['pandoc.utils']
	no file 'C:\Users\15510\AppData\Local\Pandoc\lua\pandoc\utils.lua'
	no file 'C:\Users\15510\AppData\Local\Pandoc\lua\pandoc\utils\init.lua'
	no file 'C:\Users\15510\AppData\Local\Pandoc\pandoc\utils.lua'
	no file 'C:\Users\15510\AppData\Local\Pandoc\pandoc\utils\init.lua'
	no file 'C:\Users\15510\AppData\Local\Pandoc\..\share\lua\5.3\pandoc\utils.lua'
	no file 'C:\Users\15510\AppData\Local\Pandoc\..\share\lua\5.3\pandoc\utils\init.lua'
	no file '.\pandoc\utils.lua'
	no file '.\pandoc\utils\init.lua'
	no file 'C:\Users\15510\AppData\Local\Pandoc\pandoc\utils.dll'
	no file 'C:\Users\15510\AppData\Local\Pandoc\..\lib\lua\5.3\pandoc\utils.dll'
	no file 'C:\Users\15510\AppData\Local\Pandoc\loadall.dll'
	no file '.\pandoc\utils.dll'
	no file 'C:\Users\15510\AppData\Local\Pandoc\pandoc.dll'
	no file 'C:\Users\15510\AppData\Local\Pandoc\..\lib\lua\5.3\pandoc.dll'
	no file 'C:\Users\15510\AppData\Local\Pand

一开始查了半天lua的问题，但是后来想起一开始使用knit没有问题，在手动安装pandoc到用户环境之后出现这个问题，于是卸载官方pandoc，之后可以正常使用。
正常使用的调用对象是C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc，和Sys.getenv("RSTUDIO_PANDOC")一致

但是其他软件要用pandoc，所以仔细观察日志，发现两次指令传的路径不一样，在安装官方pandoc到用户变量之后knit调用官方pandoc去了，所以应该不是pandoc的问题，而是调用错程序了
【此时的R内pandoc版本为1.19.2.1，我安装的pandoc为2.0.5】

正常使用的输出是这个，开头的参数和Sys.getenv("RSTUDIO_PANDOC")一致：

"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc" +RTS -K512m -RTS Learning_RMarkdown.utf8.md --to html4 --from markdown+autolink_bare_uris+tex_math_single_backslash --output Learning_RMarkdown.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --template "C:\Users\15510\Documents\R\win-library\3.6\rmarkdown\rmd\h\default.html" --no-highlight --variable highlightjs=1 --variable "theme:bootstrap" --include-in-header "C:\Users\15510\AppData\Local\Temp\RtmpIDlLSs\rmarkdown-str1ac601d14b0.html" --mathjax --variable "mathjax-url:https://mathjax.rstudio.com/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML" 
output file: Learning_RMarkdown.knit.md

后来把官网的pandoc（2.9.2.1）用管理员安装安装到全用户的环境变量里面，knit也可以正常运行，调用的是R的pandoc，knit不会调用电脑环境的pandoc。

所以为什么knit会运行用户path变量的pandoc而不是R内置的pandoc呢？

而且更奇怪的是当我同时安装在用户和管理员两个pandoc之后，传递的参数开头变成了C:/PROGRA₁/Pandoc/pandoc并且可以运行，删去管理员的pandoc之后又会把路径变成user的pandoc然后生成失败。

这个问题我找了两个人的Windows电脑尝试复现，发现一个人的电脑出现类似的问题，使用的pandoc变路径为后来安装的官网版本pandoc（但是他的pandoc版本高，所以可以运行）。
Stack Overflow那个人的问题似乎也是这个情况。

如果一个人有安装旧版本的pandoc在用户路径内，knit调用非R内置pandoc是有可能出现问题的。

情况总结：

没有自己安装官网的pandoc：正常，指令开头为"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc"
安装2.0.5的官网pandoc到我的用户user15510之后：失败，指令开头为C:\Users\15510\AppData\Local\Pandoc
删去这个，重新在全计算机path安装了一个pandoc之后：成功，指令开头为"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc"
在user再同时安装一个pandoc：成功，指令开头为C:/PROGRA₁/Pandoc/pandoc不是实际存在的路径
删除全计算机的pandoc，并重启Rstudio：失败，指令开头为C:\Users\15510\AppData\Local\Pandoc
如果用户path的pandoc是2.9高版本可以生成：成功，指令开头为C:\Users\15510\AppData\Local\Pandoc

我的环境

R带来的pandoc路径：
Sys.getenv("RSTUDIO_PANDOC")[1] "C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc"

我曾经安装的pandoc路径：C:\Users\15510\AppData\Local\Pandoc【在Windows 用户15510的用户变量】

后来安装的pandoc路径：C:\Program Files\Pandoc\【系统变量】

R version 3.6.0 (2019-04-26)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=Chinese (Simplified)_China.936  LC_CTYPE=Chinese (Simplified)_China.936   
[3] LC_MONETARY=Chinese (Simplified)_China.936 LC_NUMERIC=C                              
[5] LC_TIME=Chinese (Simplified)_China.936    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] knitr_1.23       Matrix_1.2-17    lubridate_1.7.4  wordcloud2_0.2.2

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_1.0.1       lattice_0.20-38  digest_0.6.20    grid_3.6.0       jsonlite_1.6    
 [6] magrittr_1.5     evaluate_0.14    highr_0.8        stringi_1.4.3    rticles_0.11    
[11] rmarkdown_2.1    tools_3.6.0      stringr_1.4.0    htmlwidgets_1.3  rsconnect_0.8.13
[16] xfun_0.7         yaml_2.2.0       compiler_3.6.0   htmltools_0.3.6