回复 第4楼 的 kuanguang：“千分号符”是给人看的，又不是给机器看的。加上个逗号，机器当然看不懂这是个数字。
请教一个问题：
在S4中，如果来判断一个对象是否属于特定子类？
举例：比如对象testObj属于类‘classSon’，‘classSon’又是类’classFather’的子类。
is(testObj, 'classSon')返回结果TRUE，is(testObj, 'classFather')也返回结果TRUE。
所以，问题：是否有一个函数只检测testObj所属的特定子类，而不包括其父类。即，函数检测testObj是否属于‘classSon’时，返回结果TRUE；而检测testObj是否属于‘classFather’时，则返回FALSE。谢谢～～
回复 第1楼 的 andornot：http://blog.sina.com.cn/s/blog_61f013b80100yhef.html，可以参考这个。
回复 第3楼 的 月珥：又长见识了，原来是这样的。
"topGO" package in Bioconductor is suitable for these jobs, especially the GO analysis and category-plotting ("Output" things in your query). For the "Input" format, gene names conversion could be easily done by some web-bases tools like "gene converter" http://idconverter.bioinfo.cnio.es/. R packages such as "biomaRt" is also in the recommended list if you are familiar with R language. For the gene/protein sequence query, I have not found a R package with this kind of function. My suggestion is converting gene sequence to its name at first, and then using the tools mentioned above.
Since GO analysis is quite a hot topic, if someone has any better ideas, please share with me. Thanks.[s:13]回复 第1楼 的 wuxian2r："biomaRt" package in Bioconductor provides a great interface for online querying these "gene-name" databases, for example, Ensembl and Uniprot. Further information could be found in package vignette.
回复 第2楼 的 谢益辉：非常感谢，搞清楚了。“双冒号”形式的引用我也做了尝试，如果不把引用的包放入import（），有时可能无法正确输出结果。比如用双冒号引用方法，可能无法输出S4的对象。
为什么无法回复帖子，有敏感词？
非常感谢大家热心的回复和帮助，[s:13]。
我查了很久，现在有两个解决办法：
1. 一个哥们提供了一种R的解决办法，详见 http://rdataviz.wordpress.com/2010/03/05/getting-data-from-an-image-introductory-post/ （需要科学上网）。这种方法需要用户自己在图上画点，这肯定有偏差，但这种方法能行得通。在对付点很少，而且精度要求不高的情况下，可以尝试下。在阅读Writing R Extensions过程中遇到一些问题，请教大家，具体是：
1. 在写NAMESPACE文件时，如果声明“引用”了某个包中的变量，比如：importFrom(foo, g)，即从名为“foo”的包中引用函数g。那么，自己在写代码时，是不是就可以直接使用函数g，而不需要加入require(foo)之类的语句？
我自己调查了一些包，看到不需要使用require()函数再次载入；而且从逻辑上讲，如果使用了require(foo)函数，不就把foo的命名空间都载入了，这不就违背NAMESAPCE文件的设计意图了？但还是感觉拿不准，所以上来问问。2. NAMESPACE文件中如果声明引用某个包全部变量，比如import(foo)，这与require(foo)有什么区别？
3. 同时，又看到可以使用操作符"::"或者":::"引用命名空间的变量。那么，我的问题是，在代码时使用这种方法引用命名空间的变量，比如foo::g，是不是就不需要在NAMESPACE文件中声明了？
谢谢～～
回复 第4楼 的 suckbunny：恩，就是因为搞不到原始数据，才想如此下策。
回复 第2楼 的 刘思喆：谢谢版主[s:13]
哦，为什么不做呢？
那如果确实想从图片中提取数据，应该用什么办法？想请教一下，R中是否有对应的包，可以解决以下问题：
从图片中提取数据，具体而言：比如输入一张已经做好的散点图或者折线图（png等格式），能否将其中的点的坐标提取出来。当然，处理之前，需要用户输入一些图的基本信息，比如横纵坐标的取值范围等。
请各位指点这个想法在R中是否可行，或者需要使用其他工具，又或者这个想法很傻很天真。
谢谢～～回复 第2楼 的 micro@：回复 第2楼 的 micro@：Thanks [s:13], the pdf file is great.
请问自由度为1的卡方分布和正态分布之间有什么关系，因为运行如下代码获得如下结果：
<br /> pvalue <- 0.04<br /> (qnorm(1-pvalue/2))^2<br /> ## [1] 4.217885<br /> qchisq(pvalue, df = 1, lower.tail = FALSE)<br /> ## [1] 4.217885<br />
谢谢各位～～
</p>
请问如何能够列出一个包中的所有S4“类”和其对应的“方法”，谢谢。
回复 第4楼 的 ming_uld：服务器可以用snow不？
回复 第1楼 的 foshuochanyu：[s:12] 自己回复自己帖子。鼓捣了一晚上，搞定了这个疑问。默认initialize函数（signature = "ANY"）确实调用了validObject()函数，查看源码
因此在使用callNextMethod()时，对象检查机制正常运行。getMethod(f = "initialize", signature = "ANY")
</p>
请问在S4中，initialize函数和对象检查机制（validity）的运行顺序是什么？举一个例子说明我的疑问：
<br /> # definition of "testClass"<br /> setClass(<br /> Class = "testClass",<br /> representation = representation(Nor = "numeric", Con = "character"),<br /> validity = function(object){<br /> if (length(object@Nor) != length(object@Con)){<br /> stop("Hello, it is wrong!")<br /> } else TRUE<br /> }<br /> )</p> <p># initialize method for "testClass"<br /> setMethod(<br /> f = "initialize",<br /> signature = "testClass",<br /> definition = function(.Object, Nor, Con){<br /> if (!missing(Nor)){<br /> names(Nor) <- letters[1:length(Nor)]<br /> .Object@Nor <- Nor<br /> .Object@Con <- Con<br /> }<br /> return(.Object)<br /> }<br /> )</p> <p># a right object<br /> new("testClass", Nor = 1:5, Con = letters[1:5])<br /> ## An object of class "testClass"<br /> ## Slot "Nor":<br /> ## a b c d e<br /> ## 1 2 3 4 5 </p> <p>## Slot "Con":<br /> ## [1] "a" "b" "c" "d" "e"</p> <p># a wrong object<br /> new("testClass", Nor = 1:3, Con = letters[1:5])<br /> ## An object of class "testClass"<br /> ## Slot "Nor":<br /> ## a b c<br /> ## 1 2 3 </p> <p>## Slot "Con":<br /> ## [1] "a" "b" "c" "d" "e"<br />
很明显，如果这样设定initialize函数，建立的对象逃过了检查。这说明使用自己设定的initialize函数，检查机制没有运行或者没有发挥作用。解决办法是设定initialize函数时，加上validObject()函数，比如：
</p><br /> setMethod(<br /> f = "initialize",<br /> signature = "testClass",<br /> definition = function(.Object, Nor, Con){<br /> if (!missing(Nor)){<br /> names(Nor) <- letters[1:length(Nor)]<br /> .Object@Nor <- Nor<br /> .Object@Con <- Con<br /> validObject(.Object)<br /> }<br /> return(.Object)<br /> }<br /> )</p> <p>new("testClass", Nor = 1:3, Con = letters[1:5])<br /> ## 错误于validityMethod(object) : Hello, it is wrong!<br />当然，还有一个解决办法是使用callNextMethod()，比如：
<br /> setMethod(<br /> f = "initialize",<br /> signature = "testClass",<br /> definition = function(.Object, ...){<br /> .Object <- callNextMethod()<br /> if (length(.Object@Nor) != 0)<br /> names(.Object@Nor) <- letters[1:length(.Object@Nor)]<br /> return(.Object)<br /> }<br /> )</p> <p>new("testClass", Nor = 1:3, Con = letters[1:5])<br /> ## 错误于validityMethod(object) : Hello, it is wrong!<br />
这时，我就感到疑惑了。因为在使用callNextMethod()函数时，调用了“默认”的initialize函数（也可能我理解错误，callNextMethod()调用的不是默认函数，而是其他。如是，请批评指正），对象检查机制正常运行。因此，为什么自己设定的intialize函数没有运行检查机制，而默认的函数却运行了。initialize函数和对象检查机制的运行顺序究竟是什么呢？
</p>
回复 第3楼 的 谢益辉：knitr很爽，不用knitr不舒服斯基。