zhhxu1969
不知有没有用sam分析芯片数据的高手?我最近在用sam分析芯片数据时碰到两个奇怪的现象
(1)同一套数据用嵌入Excel的SAM分析出的结果中q-value和在R中samr分析的q-value不一致,导致这两者得出的差异基因数目不等;
(2)还有一个奇怪的现象是,我有8套数据,在R下用samr分析时,每套数据重复处理几次,其中有一套数据竟然每次处理得出的结果都不一样(程序丝毫没变),其他七套数据重复处理几次结果则是相同的。
不知原因何在?请教各位高手
rtist
导致这两者得出的差异基因数目不等——概念混淆。
The number of differentially expressed genes is NOT the number of genes DECLARED to be differentially expressed. They are two very different things.
btw: you need to keep all the parameters comparable between different implementations of the same algorithm, provided that you believe the algorithm is the same.
zhhxu1969
对不起,刚才的表述有一些不清楚。
我的意思是,同一套数据,用同一个软件SAM,在嵌入Excel中和在R环境中分析时,q-value同取阀值<1%时,二者得出的差异基因数目不等,而且实际计算出的q-value也不同
zhhxu1969
对不起,刚才的表述有一些不清楚。
我的意思是,(1)同一套数据,用同一个软件SAM,在嵌入Excel中和在R环境中分析时,q-value同取阀值<1%时,二者得出的差异表达基因数目不等,而且实际计算出的q-value也不同。
(2)还有一个奇怪的现象是,我有8套数据,在R下用samr分析时,每套数据重复处理几次,其中有一套数据竟然每次处理得出的结果都不一样(程序丝毫没变),其他七套数据重复处理几次结果则是相同的。
不知原因何在?请教各位高手
rtist
increase permutation number to get more stable results.
zhhxu1969
Thank you very much.