seahill 实验设计：主因素：保留（+root）或者去除（-root）根系，在两个因素条件下设置设置 5个处理，1、完全去除凋落物，2、只添加1种凋落物，3、添加2种凋落物，4、添加4种凋落物，5、添加8种凋落物。这种实验设计如何分析root和litter（litter diversity）的影响？ 不知道我这个文字表述是否清楚，向各位老师请教。
seahill fenguoerbian 简单的双因素方差分析吗？我正在不理解或者说最难确定的是完全去除凋落物（对照，不添加）和2,3,4,5这几个处理是否需要当做一个整体（添加）分析不添加或添加凋落物的影响，真正的凋落物多样性梯度只存在于添加的2,3,4,5处理中，也就是说当分析凋落物多样性的影响时是否需要排除对照处理？还有就是我该使用哪个模型？一般线性模型还是广义线性模型？或者其它？
fenguoerbian 对于模型，我个人建议从简单的模型开始，当你有充分的理由说这个简单模型哪里哪里不适用的时候再开始换成更复杂的模型。 你这里更像是想要把0做对照组还是把2做对照组，而不是是否要排除对照，在你后续比较差异的时候总会有某个水平作为参照。另外对于这种多水平的，在ANOVA中也有TukeyHSD类似的方法可以做同时比较，这样不用单独考虑多重性调整的问题。
fenguoerbian seahill 是吗？你之前的描述litter和root不是完全交叉吗？如果litter的水平在root和-root之间存在差异性那应该才算嵌套吧？例如litter 1 2 3只出现在root而其他litter水平只出现在-root里，这样才算嵌套？
seahill fenguoerbian 我这个设计是完全交叉的。在root和-root里面都有相同的litter水平，在root下有1,2,3,4,5，在-root下也是1,2,3,4,5.这样就是简单的双因素方差分析就可以了对吗？
hellowolrd seahill 您的litter diversity到底是什么？ 没错的话，逻辑关系是litter ~ root +添加物 那就是最简单的两因素交叉分析了，正常做就行。 但是很明显的是，添加物相互之间的关系，就没有很好的说清楚。 并且，您总共只设计2×5次，如果有5种添加物，那显然远远不够。
