R Markdown学术写作教程完整视频教程已发表在医咖会 R Markdown学术写作系列教程本课程的代码分享在 https://gitee.com/hao203/rmd_china 为什么要学R Markdown? 我给你10个理由 R Markdown学术写作的优势一句话：all in one。 1个Rstudio可以把学术写作的所有要素全部集中，不需要额外的软件。一个R Markdown文件，一个完整的workflow，完全复现你写作中的方方面面。从数据清洗、分析、写作、发表一条龙服务。支持markdown语法，可以分享在任何支持markdown语法的博客和Github上。Markdown基本语法5分钟左右即可掌握，不会出现乱七八糟的格式，避免了word各种繁琐的格式调整。所有的数据分析都可以在写作中，边写边呈现结果。可以随意定制，如是否显示输出结果、是否显示图片，是否显示代码。随意控制输出的样式，如图片大小、坐标样式。臃肿的SAS、SPSS、Stata几乎都可以抛弃（Rstudio具备优秀的数据分析和可视化包）。不需要额外的参考文献管理工具，最新版的Rstudio 1.4默认集成了文献管理，支持Bib文献库（即Bibtex）。参考文献的style史上最全，兼容CSL的style，随意切换，快速达到投稿要求。几乎覆盖了所有出版集团的写作模板（如Elsevier，springer，MDPI等）。支持除R以外的其他编程语言，如Python、SQL、D3、Rcpp（C++）等。支持LaTeX的排版和语法。支持输出几乎所有主流的格式，包括html/pdf/docx/pptx/md等。适应任何写作目的：manuscript、book、presentation、blog、CV、post。更好的协作性。自带git模块，版本管理，团队协作游刃有余。几行代码自动生成美观的表格，Table 1 和OR可以通过相应的包自动测算并输出。介绍 R Markdown学术写作课程（医咖会），该课的主要目的是为提高基于R的科学研究便捷性、高效性、可重复性。同时也是推广R Markdown的中国化。适用人群科研工作者、研究生、数据科学从业者等术语及文档规范 R语言 - 使用大写字母R Rstudio和R程序均为英文界面和英文提示报错 R Markdown - 官方称为R Markdown （同义词Rmarkdown、R markdown等） rmarkdown - 这个是R Markdown 的包名称，即需要安装rmarkdown package才能进行下一步的操作 .Rmd - R Markdown文件扩展名，首字母大写 R包的名字 - 全部使用小写，如tidyverse、knitr... .Rmd代码块和命令行全部为小写字母 - 布尔值除外（TRUE,FALSE） .Rmd代码块符号前后必须有空格 - 如 a <- 2 , b = 3 . 所有文件名称均为英文课程大纲第一章准备工作与理论 R Markdown是什么（生态、作者、历史） R Markdown写作的优势（相较于word、jupyter notebook） all in one (即将写作和统计分析、作图融合在一起，一个程序解决所有问题) 兼容markdown语法、可以运行除R以外的代码（python、SQL等）可以将文档转化成常见格式，便于发布和整理可以和git融合，方便版本控制，天生开源特性丰富的模板和自动化操作可复现/可重复性（Reproducible）是学术研究的命脉 R Markdown的工作原理及结构 rmarkdown 包依赖knitr 和 Pandoc进行文件输出和转化 Rmd文件结构（yaml、text（markdown、latex、html）、code chunk）可以做什么写论文写书写毕业论文写学术墙报写简历 ... Rstudio的安装、设置和包管理 Rstudio的安装及注意事项 Rstudio的设置包管理（内置方法、devtools、remotes、pacman） R Markdown需要安装的包 tinytex rticles tidyverse bookdown 第二章基础操作与参数讲解 YAML头部及参数 YAML语法注意事项常见参数设置title|author|output|toc|template|reference等 ymlthis包快速设置 markdown语法速成（5分钟） chunk（代码块）插入代码块（R和python演示） chunk option 表格表格使用的包（flextable、kableExtra）管道操作%>% (magrittr) 和我一起Table one 图片 chunk生成图片外部图片引用 csl及引文样式配合参考文献管理工具（jabref、endnote、zotero）参考文献引用（1.4版本说明）文档内部引用（引用图片、表格或某章节）一些格式操作分页 header latex设置和模板首行缩进文档拆分与合并第三章实战学术写作实战写一个完整的manuscript 关于rticles包写一个post（postdown包）写一本书，以 ElegantBookdown: A bookdown wrapper for ElegantBook 这本开源书籍为例写一个学术简历（vitae包）结语我的一些理念对R的未来畅想致谢关于作者梁昊，工作于湖南中医药大学中医诊断研究所。医学博士，讲师，主治医师,硕士研究生导师。半个码农，后半生准备投身医学人工智能。临床擅长诊治心血管疾病及儿科疾病，尤其对失眠、久咳、小儿遗尿治疗颇有心得。

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R Markdown学术写作教程

完整视频教程已发表在医咖会R Markdown学术写作系列教程

本课程的代码分享在
https://gitee.com/hao203/rmd_china

为什么要学R Markdown? 我给你10个理由

R Markdown学术写作的优势一句话：all in one。

1个Rstudio可以把学术写作的所有要素全部集中，不需要额外的软件。一个R Markdown文件，一个完整的workflow，完全复现你写作中的方方面面。从数据清洗、分析、写作、发表一条龙服务。

支持markdown语法，可以分享在任何支持markdown语法的博客和Github上。Markdown基本语法5分钟左右即可掌握，不会出现乱七八糟的格式，避免了word各种繁琐的格式调整。
所有的数据分析都可以在写作中，边写边呈现结果。可以随意定制，如是否显示输出结果、是否显示图片，是否显示代码。随意控制输出的样式，如图片大小、坐标样式。臃肿的SAS、SPSS、Stata几乎都可以抛弃（Rstudio具备优秀的数据分析和可视化包）。
不需要额外的参考文献管理工具，最新版的Rstudio 1.4默认集成了文献管理，支持Bib文献库（即Bibtex）。参考文献的style史上最全，兼容CSL的style，随意切换，快速达到投稿要求。
几乎覆盖了所有出版集团的写作模板（如Elsevier，springer，MDPI等）。
支持除R以外的其他编程语言，如Python、SQL、D3、Rcpp（C++）等。
支持LaTeX的排版和语法。
支持输出几乎所有主流的格式，包括html/pdf/docx/pptx/md等。
适应任何写作目的：manuscript、book、presentation、blog、CV、post。
更好的协作性。自带git模块，版本管理，团队协作游刃有余。
几行代码自动生成美观的表格，Table 1 和OR可以通过相应的包自动测算并输出。

介绍

R Markdown学术写作课程（医咖会），该课的主要目的是为提高基于R的科学研究便捷性、高效性、可重复性。同时也是推广R Markdown的中国化。

适用人群

科研工作者、研究生、数据科学从业者等

术语及文档规范

R语言 - 使用大写字母R
Rstudio和R程序均为英文界面和英文提示报错
R Markdown - 官方称为R Markdown （同义词Rmarkdown、R markdown等）
rmarkdown - 这个是R Markdown 的包名称，即需要安装rmarkdown package才能进行下一步的操作
.Rmd - R Markdown文件扩展名，首字母大写
R包的名字 - 全部使用小写，如tidyverse、knitr...
.Rmd代码块和命令行全部为小写字母 - 布尔值除外（TRUE,FALSE）
.Rmd代码块符号前后必须有空格 - 如 a <- 2 , b = 3 .
所有文件名称均为英文

课程大纲

第一章准备工作与理论

R Markdown是什么（生态、作者、历史）
R Markdown写作的优势（相较于word、jupyter notebook）
- all in one (即将写作和统计分析、作图融合在一起，一个程序解决所有问题)
- 兼容markdown语法、可以运行除R以外的代码（python、SQL等）
- 可以将文档转化成常见格式，便于发布和整理
- 可以和git融合，方便版本控制，天生开源特性
- 丰富的模板和自动化操作
- 可复现/可重复性（Reproducible）是学术研究的命脉
R Markdown的工作原理及结构
- rmarkdown包依赖knitr 和 Pandoc进行文件输出和转化
- Rmd文件结构（yaml、text（markdown、latex、html）、code chunk）
可以做什么
- 写论文
- 写书
- 写毕业论文
- 写学术墙报
- 写简历
- ...
Rstudio的安装、设置和包管理
- Rstudio的安装及注意事项
- Rstudio的设置
- 包管理（内置方法、devtools、remotes、pacman）
R Markdown需要安装的包
- tinytex
- rticles
- tidyverse
- bookdown

第二章基础操作与参数讲解

YAML头部及参数
- YAML语法注意事项
- 常见参数设置title|author|output|toc|template|reference等
- ymlthis包快速设置
markdown语法速成（5分钟）
chunk（代码块）
- 插入代码块（R和python演示）
- chunk option
表格
- 表格使用的包（flextable、kableExtra）
- 管道操作%>% (magrittr)
- 和我一起Table one
图片
- chunk生成图片
- 外部图片
引用
- csl及引文样式
- 配合参考文献管理工具（jabref、endnote、zotero）
- 参考文献引用（1.4版本说明）
- 文档内部引用（引用图片、表格或某章节）
一些格式操作
- 分页
- header latex设置和模板
- 首行缩进
- 文档拆分与合并

第三章实战学术写作

实战
- 写一个完整的manuscript
- 关于rticles包
- 写一个post（postdown包）
- 写一本书，以ElegantBookdown: A bookdown wrapper for ElegantBook 这本开源书籍为例
- 写一个学术简历（vitae包）
结语
- 我的一些理念
- 对R的未来畅想
- 致谢

关于作者

梁昊，工作于湖南中医药大学中医诊断研究所。医学博士，讲师，主治医师,硕士研究生导师。