Ubuntu系统下运行R脚本报错

Evy_00

在使用文献提供的DESeq.R脚本的时候出现了下面的错误
Error in jpeg(file = paste(outputFolder, "/vsd_normalized.", readType, : X11 module cannot be loaded In addition: Warning message: In jpeg(file = paste(outputFolder, "/vsd_normalized.", readType, : unable to load shared object '/home/yangyuan/R-3.5.0/modules//R_X11.so': /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libcairo.so.2: undefined symbol: FT_Get_Var_Design_Coordinates
我的R版本和运行系统情况如下：
`> sessionInfo()
R version 3.5.0 (2018-04-23)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 18.04.5 LTS

Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas/libblas.so.3
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenblasp-r0.2.20.so

locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=zh_CN.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8
[5] LC_MONETARY=zh_CN.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
[7] LC_PAPER=zh_CN.UTF-8 LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=zh_CN.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.5.0`
在各种搜索引擎搜了很久了，还是找不到解决办法，有大佬可以帮忙看一下可能是什么问题，怎么解决吗？非常感谢

lyxmoo

Evy_00

你系统中安装的R中modules 路径不对， (可能是从源代码编译的)

通常，正常安装 r-base-core 中文件全路径是：/usr/lib/R/modules/R_X11.so
而在你的界面中加载的路径是：

 unable to load shared object '/home/yangyuan/R-3.5.0/modules//R_X11.so':

根据用户在系统中的权限，有很多解决办法，

检测 /usr/lib/R/modules 并和 /home/yangyuan/R-3.5.0/modules 对比 <- 临时解决选这种 ->
最笨的办法，拷贝一份过来；

重新编译，带编译选项 <- 想折腾系统选这种 ->
```
 --enable-R-shlib
 --with-x     
```

3.用 ubuntu 源上的R ，直接 apt 安装 <- 建议这种 ->

4.修改R modules lib path , 前提是系统中有这个文件，且不与环境冲突 <- 不建议这种办法，可能有后遗症 ->

InfinityLoop

这个试过了吗
https://forums.debiancn.org/t/r-x11-module-cannot-be-loaded/154

Evy_00

InfinityLoop 非常感谢，我已经解决啦

Evy_00

lyxmoo 谢谢_{我直接尝试重装R已经解决这个问题了}