写在前面: 如何与word玩家无缝切换就我个人经验而言，即使git版本控制再怎么8错，目前而言都无法替代微软word的track change这种逐条追踪修改的功能。小孩子才做选择，作为大人肯定是我全都要.jpg 所以我的做法是在Rmarkdown里写好一个chapter，直接复制源代码进word发给导师，改完之后传回来我再改改复制进Rmarkdown生成pdf。目前这是我实践出来最合适的做法，至少我导师没有像 @Cloud2016 那样跟我打起来哈哈哈。内页大概长这样: 下面就是包的总结。论文框架其实搜了很多，大概思路是用bookdown，搜了搜本校没有现成模板，隔壁学校倒是有，但是折腾半天弄不懂怎么调整目录页添加个list of tables跟list of figures，遂放弃。最后用的 thesisdown : 提供了基于bookdown的论文模板，快速地搭好了框架，改动地方主要是参考学校的论文格式要求改了改第一页格式，其他基本没怎么动。推荐指数: ❤❤❤❤ 作图主要是 ggplot2，不用多介绍。配合ggplot2的包我用了: patchwork : 绘图的话提供了多图拼接大图的功能，完美契合ggplot2, 值得称道的地方在于可以将子图的图表说明统一集合起来。另外子图的编号，主题也能统一设置，比起之前用的cowplot来说轻松太多了，推荐指数:❤❤❤❤❤ ggsci : 用途是拿杂志的色盘来装个B，lancet那个看起来很顺眼推荐:❤ 做表用的 kable: rmarkdown引擎knitr自带。配合的包有 kableextra : 其实就扫了一眼功能目录，然后实际作图的时候搜一下就找到了。推荐: ❤❤❤ 文献引用 Zotero ， zotero是在线文献管理工具，装了浏览器插件之后一键入库。在Rmarkdown里配合的包是 citr : 引用时在Rstudio里用citr直接连zotero库就能直接插文献了。全程不用手动编辑.bib库或者手动维护引用索引。推荐指数:❤❤❤❤❤。写论文期间我还碰到另一个问题，其中一个章节是打算以后整理投稿的，这个时候我就直接把那个章节的Rmd跟论文主体的.bib单独拷出来用就行。另外作者用的papaja包我也拿来写过两篇文，感觉还不错。大概应该没漏吧。其他一些常用的小工具: latex在线工具编辑器 grammarly检查语法错误免费那一档挺好用的。

继 @Cloud2016 之后，我也用Rmarkdown写完论文了,总结一下

tctcab

写在前面: 如何与word玩家无缝切换

就我个人经验而言，即使git版本控制再怎么8错，目前而言都无法替代微软word的track change这种逐条追踪修改的功能。小孩子才做选择，作为大人肯定是我全都要.jpg

所以我的做法是在Rmarkdown里写好一个chapter，直接复制源代码进word发给导师，改完之后传回来我再改改复制进Rmarkdown生成pdf。目前这是我实践出来最合适的做法，至少我导师没有像@Cloud2016 那样跟我打起来哈哈哈。

内页大概长这样:
Screenshot from 2020-12-01 22-43-46.png

下面就是包的总结。

论文框架

其实搜了很多，大概思路是用bookdown，搜了搜本校没有现成模板，隔壁学校倒是有，但是折腾半天弄不懂怎么调整目录页添加个list of tables跟list of figures，遂放弃。最后用的

thesisdown: 提供了基于bookdown的论文模板，快速地搭好了框架，改动地方主要是参考学校的论文格式要求改了改第一页格式，其他基本没怎么动。推荐指数: ❤❤❤❤

作图

主要是 ggplot2，不用多介绍。配合ggplot2的包我用了:

patchwork: 绘图的话提供了多图拼接大图的功能，完美契合ggplot2, 值得称道的地方在于可以将子图的图表说明统一集合起来。另外子图的编号，主题也能统一设置，比起之前用的cowplot来说轻松太多了，推荐指数:❤❤❤❤❤
ggsci: 用途是拿杂志的色盘来装个B，lancet那个看起来很顺眼推荐:❤

做表

用的 kable: rmarkdown引擎knitr自带。配合的包有

kableextra: 其实就扫了一眼功能目录，然后实际作图的时候搜一下就找到了。推荐: ❤❤❤

文献引用

Zotero， zotero是在线文献管理工具，装了浏览器插件之后一键入库。在Rmarkdown里配合的包是

citr: 引用时在Rstudio里用citr直接连zotero库就能直接插文献了。全程不用手动编辑.bib库或者手动维护引用索引。推荐指数:❤❤❤❤❤。写论文期间我还碰到另一个问题，其中一个章节是打算以后整理投稿的，这个时候我就直接把那个章节的Rmd跟论文主体的.bib单独拷出来用就行。另外作者用的papaja包我也拿来写过两篇文，感觉还不错。

大概应该没漏吧。其他一些常用的小工具:

latex在线工具编辑器
grammarly检查语法错误免费那一档挺好用的。

Cloud2016

tctcab 赞👍，可以附带把你的论文仓库给一下，或者把你修改后的论文模版放出来

chuxinyuan

我的做法是同时生成pdf和word文档，我用的包是赵鹏老师提供的bookdownplus包里的paper_zh模板（中文作者单位貌似不支持，我是直接用的date参数，勉强能用），pdf我自己看，投稿和给导师看发word文档。word文档的格式可以提前定制好，生成后自己稍加修改就可以了，每个期刊格式五花八门，特别烦，所以我索性就不定制专门的word模板，默认的效果就很好，投稿的时候根据需要修改。

对于作图，其实我倒觉得用base plot做的图就很符合论文要求，除了legend的函数里的字体不知道如何设置外，其他还好。整体上比ggplot2作图用的代码少很多。另外科研论文一般都是黑白的，所以线条用点型来区分，尽量不要用颜色。

文献引用我也强烈推荐Zotero，但是我是在生成论文前导出.bib文件放在project下面的bib文件夹中，这样利于分享。citr包以前用过，但是现在越来越不喜欢鼠标点点点的感觉，我是手动输入的。

tctcab

chuxinyuan 老板有钱，不在乎那点版面费，都是投彩图哈哈。

另外， zotero生成的那个.bib当然是在版本控制之下。

不过我有个问题想问：按个人经验我写的东西差不多要在导师跟我之间往返改好几回，少则两三回，多的话我的第一篇杂志paper大概改了十几遍… 按照你的做法用rmd生成word给导师的话，导师修改的内容你如何返回Rmarkdown呢？@chuxinyuan

yufree

估计有不少人想走这条 rmarkdown 写毕业论文的路但不知道在哪就停了，有兴趣跟时间的话可以丰富下细节补充下里面的坑发到主站这边分享下经验，毕竟要比单纯 latex 模版的论文门槛低了很多。

tctcab

yufree

我也觉得这经验应该有点用，毕竟我那八百年不更新的博客，看了看点击率就是说zotero那篇的最高哈哈

dapengde

赞。

yufree “估计有不少人想走这条 rmarkdown 写毕业论文的路但不知道在哪就停了，”我觉得这个事儿最容易到老板那儿就停了。

顺便做个广告：bookdownplus 包里提供了一些高校的中英文论文模板，欢迎选用，展示见https://rmd.pzhao.org/tags/thesis/。另外，这个包本来框架就搭得不够好，我懒得维护了，求收养。

tctcab

论文估计得等我的文章投出去再把repo搞出来，我估计到时候顺便gitbook一道搞了丢github pages

chuxinyuan

tctcab 个人愚见：如果改动量不大的情况下，比较现实的做法是以此Word版本为基础进行修改(修改过程中，一些作图、制表、公式、运算之类的可以把R作为辅助工具，像个车间)，直到定稿，最后可能rmd文件的内容可能基本用不了了，因为改来改去，中间的差集很难理清楚了，如果想用，需要把定稿word版内容复制回rmd文件里(如果不是出于分享，从投稿角度看这一步貌似没意义了，但是从长远看留着更好，以防万一，这个文件或许是为了分享给未来的自己)。

关于.bib文件那段表述，我得修改下，“便于分享”有误导性。从分享看，两者是无差异的。

tctcab

dapengde
挖完坑还想让别人擦屁股😏

chuxinyuan

dapengde 是的，即使老板也学会了，也会在期刊编辑那里停下。

Fye

chuxinyuan 用LaTeX 也没有追踪改动的功能。几个人相互改的情况，通常只需要每人选个颜色，把自己改动的用自己的颜色高亮。把要删除的用划线划去。这个在rmarkdown中有多种方法给文字加色，详见
https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/font-color.html

tctcab

chuxinyuan

比较现实的做法是以此Word版本为基础进行修改，直到定稿，然后复制回rmd文件里。

这不就跟我说的一样嘛。而且，你从生成的word复制回 rmd,格式都不是markdown，那不是自找麻烦。

也会在期刊编辑那里停下。

并不会，拿tex去投稿就行。

chuxinyuan

话说关于定制模板，如果能实现在yaml来定制，那么用户定制起来会容易的多(开发人员估计会累的够呛，要考虑各种可能性，这个域很大)，通过.tex文件来定制，对于我这样的小白用户也只能摸索着在现有模板基础上小修小改下参数值，每次想改的时候，一打开那个文件头都大了，特别容易放弃，要想系统的改，甚至自己写一个，除非哪一天实在无聊了入坑玩玩。

chuxinyuan

tctcab 恩，目前也只好如此了，大环境的力量。

这不就跟我说的一样嘛。而且，你从生成的word复制回 rmd,格式都不是markdown，那不是自找麻烦。

恩，你说的对。word只作为和导师沟通的载体，修改rmd确实省事点。

并不会，拿tex去投稿就行。

我又要修改下，得加个条件：如果是在国内投稿的前提下。国内貌似很少有接受.tex文件投稿的，我知道的也就金融评论好像可以。我的想法是直接拿project文件夹打包投稿，或者直接上传到Github上，把地址给期刊。

tctcab

chuxinyuan

国内的杂志啊…看来还是起步晚基建没跟上连latex都不会用hhh

chuxinyuan

Fye 用的word的追踪功能。关键的问题是导师只会word，周围的人99%用word，期刊投稿要求用word，大环境要求用word，所以只能以word作为信息传递中介。

另外其实word的追踪功能还是蛮实用的。虽然我整体上很看不上word，但是不可否认word的功能还是很强大的，能完成工作（bookdown对于我，只能完成一个半成品，不会个性定制），只是在内容处理上谈不上高效和优雅，在形式展现上我还不能离开它。Excel也是如此，看到有些人用VBA搞的一些东西也挺好的，我现在不再那么极端了，我现在高不成，果断低就，完成任务为导向，优雅高效是第二位的。越来越喜欢@tctcab 的那句：

小孩子才做选择，作为大人肯定是我全都要