你问得太宽泛了,所以可以预见的最好回答是“看情况”。你需要考虑不同实验是在什么条件下进行的,使用的芯片是否产自同一个公司等细节。实际上,我个人非常不推荐做这类尝试,除非你有足够的专业背景和数据分析技术来判断和处理可能遇到的问题们。比较成功的例子可以参考这篇文章。这位作者为了回答一个明确的生物学问题,设计了该研究。他使用了很多已发表基因表达数据集,从头开始处理原始的测序结果,统一分析流程。他对要回答的生物学问题,测序技术和数据分析都有深入的了解,这是进行这类操作的前提,不然很容易出错。
一个方案是否可行取决于你手里有什么原料,希望达到什么目的,可是在你的问题里看不到这样的信息。建议看一遍新手必读,这样可以更好地帮助别人帮助你。
数据取的是log几在这样的研究里是比较小的问题,你可以统一成相同的底数,遇到负数也是正常的。