robertno 应该保留生物重复,测试重复取均值,差异分析是用的什么?OPLS-DA 确实可以拿来做差异分析,不过解释起来比较绕,你应该是用 s-plot 找的差异指标吧?不过还是不要对生物重复取均值,这相当于把生物重复当成测试重复了,个体异质性没了,会被审稿人质疑。OPLS-DA 最好当成探索分析工具而不是推断工具来用,除非你打算讨论 Q2 等一系列模型性能指标。
其实最简单的差异分析可以直接A组A1去比B组B1做20个样本的 t 检验或非参检验,对结果进行 FDR 控制就可以,不过看起来你要同时考虑组织分布差异与控制对照,那应该就是用 limma 或 two-way Anova 来做了。