求助，求助。重金求助用R语言来计算Fst

huazimei

发论文，审稿人要求用R语言来做群体遗传分析，请教大神0，1数据格式如何用r语言来计算Fst，重金求助！！！！！！微信转账！

ryo

huazimei
刚刚查阅了下，工作笔记：Finite State Transducer（FST）in NLP。原来是一文搞懂HMM（隐马尔可夫模型）哦。

可以使用Terry Therneau的程序包，如coxme或者lmekin程序包，都可以建隐马尔可夫链，在外来因素/随机因素中使用[0,1]格式的binary value即可。

liamml

 fca8.117 fca8.119 fca8.121 fca8.123 fca8.127 fca8.129
N215       NA       NA       NA       NA       NA       NA
N216       NA       NA       NA       NA       NA       NA
N217        0        0        0        0        0        0
N218        0        0        0        0        0        0
N219        0        0        0        0        0        0
N220        0        0        0        0        0        0
N221        0        0        0        0        0        0
N222        0        0        0        0        0        0
N223        0        0        0        0        0        0
     fca8.131 fca8.133 fca8.135 fca8.137 fca8.139 fca8.141
N215       NA       NA       NA       NA       NA       NA
N216       NA       NA       NA       NA       NA       NA
N217        0        0        1        0        0        0
N218        0        1        1        0        0        0

类似这样的数据？

             Fit        Fst          Fis
fca8  0.23508749 0.10150515  0.148673460
fca23 0.16462947 0.06746762  0.104191391
fca43 0.15144873 0.06893755  0.088620458
fca45 0.07518537 0.07652596 -0.001451681
fca77 0.27904947 0.10036588  0.198618075
fca78 0.18424901 0.07025915  0.122603911
fca90 0.20987443 0.09168833  0.130116240
fca96 0.19425217 0.10981110  0.094857474
fca37 0.26040330 0.06985321  0.204860244

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