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  • 请问一下，在R中绘制数据点很多的图一般都用哪个包啊，

我绘图时，总是出这样的错误，有人知道吗？谢谢?
scatterplot3d(x,y,z)
Error: cannot allocate vector of size 64.0 Mb
xlab<-1:length(a)
df<-data.frame(m=xlab,n=(x-y)/2)
library(ggplot2)
qplot(x=m,y=n,data = df,geom="point")
Error: cannot allocate vector of size 32.2 Mb

    Isabel 不知道你的x，y，z是啥。请给出能重现错误的代码。

      我的读入文件是一段DNA序列，序列号是NC_000964.3，下载地址https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/255767013/?report=fasta，，然后我想对该序列进行可视化绘图，然后就发现用plot,或者是ggplot,都很慢，
      library(Biostrings)
      library(BioGenerics)
      library(stats4)
      library(S4Vectors)
      library(IRanges)
      library(XVector)
      library(seqinr)
      library(parallel)
      library(scatterplot3d)
      library(ggplot2)
      seq<-readDNAStringSet(file.choose())#读入NC_000964.fna格式文件
      seq1<-as.character(seq)
      seq2<-getSequence(seq1)
      a<-cumsum(seq2=="A")
      g<-cumsum(seq2=="G")
      t<-cumsum(seq2=="T")
      c<-cumsum(seq2=="C")
      x<-(a+g)-(c+t)
      y<-(a+c)-(g+t)
      z<-(a+t)-(g+c)
      scatterplot3d(x,y,z)#用这个画，有时候就能画出来，有时候就出现Error: cannot allocate vector of size 64.0 Mb
      xlab<-1:length(a)
      df<-data.frame(m=xlab,n=(x-y)/2)
      library(ggplot2)
      qplot(x=m,y=n,data = df,geom="point")
      Error: cannot allocate vector of size 32.2 Mb或者是Error in plyr::split_indices(scale_id, n) : std::bad_alloc
      ggplot(df,aes(x=m,y=n))+geom_point()
      Error: cannot allocate vector of size 32.2 Mb

      看起来是内存溢出了，如果非要画图可以试着不画散点图，试试密度图或者对点进行采样再画图。

      不过看数据从理论来讲你这个画散点图的完全没生物学意义啊：
      数据是4,215,606 bp的基因组，也就是说你的列长四百万。x表示从1到N这段里 A+G与C+T的bp数目差，yz类似。这样当N足够大的时候，X[N]的变动会很小，画在图上很有可能会缩在一个点，得到的有用信息太少了吧，这个看起来给我感觉就是方向有点跑偏了……
      建议你跟了解你课题的师兄师姐或者导师讨论一下

      不知道您有没有听过生物信息学方面的张春霆院士，我是想根据他的Z曲线理论绘图，?，然后进行链偏差分析，您给的建议很好?谢谢指导