knitr与可重复的统计研究（花絮篇）

真想去今年的useR会议上围观knitr:) 话说knitr和ggplot2啥时候能成为R的默认安装包呢？

好久没听到谢老大的声音了 激动ing~~
料想knitr包在未来必将改变科研作者的生产方式

很赞！刚刚学会了一点sweave， 马上转到knitre似乎还有点犹豫。老大的这个包已经开发完毕了么？我来诉个苦，sweave.sty这个文件把我折磨的够呛，最终还是通过R, library(tools), tex2pdf()绕过去的。以后就用老大的包了。

[未知用户] 不可能。因为这两个包都有一长串依赖，R core必然不愿意维护所有这些依赖，而且我看现在进R core比登天还难。

[未知用户] 这就是我说的“即使不清楚也没关系”的问题，Sweave.sty不知道害了多少人，因为它在R的安装目录下，并不是一个CTAN上能找到的LaTeX包，用户往往不知道上哪儿找以及怎么配置，所以对knitr来说，所有依赖的LaTeX包会首先被检查一下，如果能找到，就用系统已存在的包，否则knitr会拷一份过来供LaTeX使用，你永远都不必担心LaTeX包找不到的问题。

这包都已经发布半年啦，主要功能早就开发完了，只不过对国内用户我还没太宣传而已。knitr兼容Sweave，所以不需要犹豫，对RStudio来说只是换个选项的问题。

（上面一条邮箱填错了。。。。）原来谢大的声音是这么有磁性：）。knitr确实很方便，很适合我这样的懒人啊~

果断不学Sweave，直接跳入knitr世界O(∩_∩)O~

[未知用户] 晕死，哪里磁了……

[未知用户] 本来想象中是那种很粗犷的声音，没想到。。。还是很温柔的。

后知后觉也有用武之地～

有幸在useR 2012上听到你的报告，讲的很好，其中穿插的冷笑话很是调动大家的情绪。

[未知用户] 谢谢，这次会议在笑话方面有点超常发挥，嘿嘿，也很高兴认识你们

您好！我用RStudio，如果选择sweave选项中的LaTeX editing and compilation选项下的多个选项就会出现Error running C:/CTEX/MiKTeX/miktex/bin/pdflatex.exe (exit code 1)错误。如果只选择第一项Clean auxiliary output after compile就没有问题。请问这是肿么回事呢？谢谢！

[未知用户] Windows的问题对我来说不方便考证，我只有遇到大问题的时候才到Windows下去测试。对这个问题，你一定需要下面的那些选项吗？

[未知用户] 那倒是 不需要，只是有一次我选上了之后就出问题了，想问问您。谢谢您的回复。

感觉knitr这类工具对个人研究有很大帮助, 对大规模的研究项目, 研究任务的分工协作以及不同研究阶段的工作成果分享可能支持不够.

[未知用户] 这不是knitr的事情了，knitr只是基础设施，你提的这些问题都是好问题，但我觉得更多是教育的问题，仅靠软件很难解决。

请教一个opencpu的问题。
我可以把自己本地的数据加载到opencpu中进行处理吗？
我直接用load('/home/usr/Documents/data.rda')，网站说有错误。

[未知用户] 你可以上传到他的服务器上。直接加载本地的数据当然不会成功，因为服务器上不存在/home/usr/Documents/data.rda。参见其API：
http://public.opencpu.org/pages/docs.html （你应该可以注册用户之后放在你的用户目录下，也可以不注册，放在临时文件夹下，我已经有阵子没看文档了）

[未知用户] 是的，目前只有通过Github验证的方式。没有别的教程，最好的教程就是OpenCPU自己的API文档。帐户关联可以在OpenCPU的网页里完成。

这个package确实极大的提升了所见即所得的程度。
但是对于可重复研究，可能有些误导的成分。按我的理解，最大的好处就是可以在文档中嵌入代码，可呈现出最终效果。这样的出发思路是对的，latex不就是这样搞得么。但是实际上，对于绝大多数专业写文章的人，应该是使用简易的工具完成写作任务，而不是再去学一堆无关写作本身的命令，比如latex等的语法。按照你的设想，我认为其实这个package应该是做成插件的形式，支持office，wps等等的大众工具，文档本身的排版任务（超链接，段落格式等等以相对简单的操作来实现，而非用latex类似的语法）由这些工具实现，统计分析报告以你的package实现会更好。
其实我认为这个应该是作为一个结题报告之类的工具，当然能做到集成到office等等中，我认为更有意义。我没有仔细查看过你的代码，不知道说的这些是否与你的初衷一致还是根本没理解，请指教。

[未知用户] Markdown不够简单么？

请问一下，学过HTML，没怎么学LATEX，想开始学knitr和lyx该怎么学好，现在感觉学起来好乱啊~

[未知用户] 没学过LaTeX的话我完全不建议你用LyX，你会晕掉的。成为LaTeX专家之后再來用LyX吧。用这两句古剑铭形容LyX在适合不过了：轻用其芒，动即有伤，是为凶器；深藏若拙，临机取决，是为利器。

所以先去折腾Markdown吧，勇敢的少年！

[未知用户] 谢谢！ Markdown做的网页看起来的确很舒服，可惜老师要求作业要交PDF，Markdown做出来的网页弄成PDF总觉得不合适，看来还是得好好学学LATEX啊。

还可以这样的吗？在R-STUIDIO里面可以转？

那我去专研专研吧，LATEX还是要弄好才行，谢谢啦

我升级了最新版本的R（3.0）和Rstudio（Version 0.98.49），为什么运行markdown会出现以下提示：R markdown requires the knitr package (version1.2 or higer).
望解答

[未知用户] 升级包（点Update packages按钮）

不应该吧，换个镜像试试？例如 install.packages('knitr', repos = 'http://cran.rstudio.com')

“其实关于knitr这个包我早已经写完一份中文介绍”大大，这个连接出状况了。

[未知用户] 谢谢反馈，链接已经更新。

谢大大，## [1] 这个前缀可以被去掉吗？

[未知用户] 用代码段选项 comment=''