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我想请教各位一个问题，在用DEGseq分析RNA-seq差异基因的时候，我的是对照和处理两种类型，我想找两者间的差异表达基因，比如下面例子，那些命令运算完之后就会提示路径没有指定，然后就找不到想要的差异表达文件.txt，我在后面加outputDir=“D:\Rhistory”或者用outputDir <- file.path(tempdir(), "DEGseqExample")就会提示Error：unexpected input in “outputDir=？”。请各位大神指教，我是一个新手，对于R不太熟悉，谢谢！
library(DEGseq)
geneExpFile <- system.file("extdata", "GeneExpExample5000.txt", package="DEGseq")
geneExpMatrix1 <- readGeneExp(file=geneExpFile, geneCol=1, valCol=c(7,9,12,15,18))
geneExpMatrix2 <- readGeneExp(file=geneExpFile, geneCol=1, valCol=c(8,10,11,13,16))
write.table(geneExpMatrix1[30:31,],row.names=FALSE)
write.table(geneExpMatrix2[30:31,],row.names=FALSE)
layout(matrix(c(1,2,3,4,5,6), 3, 2, byrow=TRUE))
par(mar=c(2, 2, 2, 2))
DEGexp(geneExpMatrix1=geneExpMatrix1, geneCol1=1, expCol1=c(2,3,4,5,6), groupLabel1="kidney",
geneExpMatrix2=geneExpMatrix2, geneCol2=1, expCol2=c(2,3,4,5,6), groupLabel2="liver",
method="MARS")
