首先在你的Rmd文件开始部分加入：
---
output:
pdf_document:
includes:
in_header: header.tex
---
然后，建立一个新文件 header.tex，
内容如下：
\usepackage{ctex}
%\setCJKmainfont{Adobe 宋体 Std} % 中文缺省字体，
%\setCJKsansfont{Adobe 黑体 Std} % 中文无衬线字体， 调用命令： \sffamily
%\setCJKmonofont{Adobe 仿宋 Std} % 中文打字机（等宽）字体， 调用命令： \ttfamily
去掉注释，更改你自己定义的字体。
然后利用rmarkdown包正常编译Rmd文件就可以了。
