夏花summer
最近在做gwas相关课题,用plink做PCA结果得到•eigenval文件(结果如下)是表示什么呢,个人觉得不象是varience,如何确定截取哪些PC做回归分析中的变量来矫正人群分层呢。求教指点 :-
20.0134
2.98845
2.32333
1.94295
1.93421
1.91117
1.88628
1.86544
1.85781
1.84763
1.76204
1.5532
1.3277
1.1808
1.14857
1.13482
1.13316
1.12439
1.1194
1.11312
HarryYu
虽说不懂gwas是什么,但是还是帮顶一下,感觉跟我现在思考的问题比较接近,我查到了一个pfa.gwas函数(pfa是包名,gwas是方法,http://orfe.princeton.edu/~jqfan/publications-software.html)
这个方法初看好像很简单,你搞出来可以教教我。你说的问题,我看了下,在这个包的core.R文件里面的pfa方法里面,有具体的实现。
HarryYu
另外就是安装pfa所需的POET包,也在这个link里面