321wangke321
在用princomp对RNA-seq的基因表达数据做主成分分析时中出现Error in cov.wt(z) : 'x' must contain finite values only,不知道是什么地方问题。注:我的数据集中有些数据是0(无法检测到表达量)。还请各位出手相助。 :cry:
Ihavenothing
先把协方差算出来,看有没有什么异常。
321wangke321
[未知用户]
我将含有空值的所在行全部删掉,还有10000 variable,33 sample,然后尝试做主成分分析,还是出现Error in cov.wt(z) : ‘x’ must contain finite values only,不知道是怎么回事,可以肯定的是不是由于缺失值的问题了。
djgylyf
[未知用户]
检查一下数据中是否有Inf值
321wangke321
[未知用户]
没有inf,而且所有的空值所在行已经全部删除后还剩下10000多行,还是出现以上错误。
libingfei
typeof()看一下数据类型,是否是numeric。
若是num,我也没办法。
若为char,用as.numeric强制转换一下。再试一下
若出现转换错误说明有异常字符值。
你需要正则查找下所有非纯数字构成的数据。