percy77
各位高手:小弟这里有60个行数不等,列数为2755的矩阵,相对其进行聚类分析,判断不同矩阵间的遗传距离.该如何分析,应用什么软件.急盼回复.谢谢!
nous
矩阵的分类可能没有什么软件可以直接做
而且要看你的具体学科背景知识才能确定方法。
还有这个“遗传距离”怎么定义?
percy77
具体情况是这样:我们利用60对SSR标记分析了若干大豆资源的基因型,每个标记都有若干不同个数的等位变异,我们想对这60对标记进行聚类分析,目的就是想看看在这些材料上那些标记关系更密切.然后在进行下一步工作的安排.不知道版主对于这样一个例题有什么想法.
nous
不是生物专业的,说的东西一点都不明白:-(
变量是定性的还是定量的?
percy77
是这样:我们利用60对SSR引物,在2745份大豆种质资源上进行扩增,目的是想阐明我国大豆资源的多样性以及不同地理分布,不同生态类型资源间的关系.已经对不同资源之间做过聚类分析.现在想就不同引物聚类.每一个引物在2745份材料上的0 1 数据都构成了一个矩阵,我们想对这些引物(矩阵)进行聚类分析.不知道该用何种方法.请指教.谢谢!
您说的定性还是定量我想应该算是定性吧!
nous
我是这么考虑的,如果是定量的,可以考虑对协方差矩阵或者协相关矩阵进行聚类,因为变量的多少(也就是列数)是一样的,那么至少协方差(相关)阵大小也就是一样的,当然这个矩阵非常的大。接下来有两个问题:
1.如何把针对定量变量的协方差(相关)阵推广到定性变量中去?
2.如何合理的定义对这些矩阵之间的距离,进而进行聚类?
最后还有一个大问题:仅用线性的关系(协方差/系数矩阵)是不是合适?