为什么用R -f 时候能够运行这个脚本，用Rscript的时候运行时却报错？

yinxin

我的脚本如下：

data.input=read.table("male_female",header=T,sep="\t")

aov.ex=aov(name~Acr,data=data.input)

summary(aov.ex)

数据是这样格式的

name Arc

male 6.654688227856525e-05

male 0.0007177892092355545

female 9.113924050632911e-05

当用Rscript *R 运行的时候报错信息是这样的

Error in contrasts<-(*tmp*, value = "contr.treatment") :

could not find function "is"

Calls: aov ... model.matrix -> model.matrix.default -> contrasts<-

Execution halted

但是当用R -f *R 却不报错，这是怎么回事？

求大神指点，先行谢过了。

Thirdwing

如果我没记错，用Rscript的话，没有载入默认的package的。你需要在脚本里加上。aov应该是在stats里。

yinxin

回复第2楼的 Thirdwing：谢谢你的回复，不过我在脚本里面载入包后，还是出现一样的问题。

yanlinlin82

回复第3楼的 yinxin：

<br />
library(methods)<br />

</p>

比较一下它们的区别：

<br />
$ R -q -e 'search()'<br />
> search()<br />
[1] ".GlobalEnv"        "package:stats"     "package:graphics"<br />
[4] "package:grDevices" "package:utils"     "package:datasets"<br />
[7] "package:methods"   "Autoloads"         "package:base"<br />
><br />
><br />
$ Rscript -e 'search()'<br />
[1] ".GlobalEnv"        "package:stats"     "package:graphics"<br />
[4] "package:grDevices" "package:utils"     "package:datasets"<br />
[7] "Autoloads"         "package:base"<br />

</p>

另外，注意你的错误信息“could not find function "is"”，也可以找到问题的解决方法：

<br />
?is<br />
getAnywhere(is)$where<br />

</p>

yinxin

回复第4楼的 yanlinlin82：谢谢高人指点！[s:19]这个问题解决了。是用Rscript或者R -f 会默认加载一些包吧，这里我用的函数恰好只在R -f 里面，Rscript 里面没有默认加载。总之，非常感谢。