ggplot2为何总揪住已不存在的缺失值不放？

humphrey

最近我用ggplot2制作了一个散点图，原本由于计算原因，原始矩阵数据中有若干缺失值。经过论坛中的同志帮忙已经成功替换成有效值。但是绘图时仍然提示有缺失值项目被删除，虽然图像是出来了。没有特殊值毕竟不算完美，不过出错提示我又无法完全领会，只好全部摘录于此，请有经验的同志们帮忙掌掌眼。谢谢各位。

geom_smooth: method="auto" and size of largest group is <1000, so using loess. Use 'method = x' to change the smoothing method.

Error in predLoess(y, x, newx, s, weights, pars$robust, pars$span, pars$degree, :

NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 5)

In addition: Warning messages:

1: Removed 8 rows containing missing values (stat_smooth).

2: In simpleLoess(y, x, w, span, degree, parametric, drop.square, normalize, :

at 1.005

3: In simpleLoess(y, x, w, span, degree, parametric, drop.square, normalize, :

radius 2.5e-005

4: In simpleLoess(y, x, w, span, degree, parametric, drop.square, normalize, :

all data on boundary of neighborhood. make span bigger

5: In simpleLoess(y, x, w, span, degree, parametric, drop.square, normalize, :

pseudoinverse used at 1.005

6: In simpleLoess(y, x, w, span, degree, parametric, drop.square, normalize, :

neighborhood radius 0.005

7: In simpleLoess(y, x, w, span, degree, parametric, drop.square, normalize, :

reciprocal condition number 0.058471

8: In simpleLoess(y, x, w, span, degree, parametric, drop.square, normalize, :

zero-width neighborhood. make span bigger

Warning message:

Removed 8 rows containing missing values (geom_point).

需要说明的是在程序中，我制作散点图使用了smooth参数，如果不使用仍然会删去所谓“含有缺失值”的项目，但是提示十分简单，没有加smooth参数这般细致。

dengyishuo

贴作图代码。

humphrey

应版主同志的要求，将数据存储及作图部分代码节录如下：

<br />
# read numbers and cauculate the relative centralities<br />
input<-scan(file="E:/exp/Ipar.clu", what=integer(), skip=1, nlines=amount)<br />
cMatr[,1]<-c(input)<br />
output<-scan(file="E:/exp/Opar.clu", what=integer(), skip=1, nlines=amount)<br />
cMatr[,2]<-c(output)<br />
iCentra<-scan(file="E:/exp/Apar.clu", what=integer(), skip=1, nlines=amount)<br />
cMatr[,3]<-c(iCentra)<br />
UIinflu<-output/abs(iCentra)<br />
cMatr[,4]<-c(UIinflu)<br />
cMatr[is.nan(cMatr)]<-0<br />
cDF<-as.data.frame(cMatr, row.name=c("Input", "Output", "InfoCentra", "UIinflu"))<br />
print(cDF)</p>
<p># draw a scatter diagram for the influnce of authors<br />
require(ggplot2)<br />
qplot(UIinflu, iCentra, data=cDF, geom=c("point", "smooth"),<br />
      xlab="相对信息影响力（Ir）", ylab="信息中心度（CI）"<br />
      )<br />

同时也附上经第12行打印函数显示的数据框架cDF中的部分数据：

<br />
    Input Output InfoCentra   RelCentra<br />
1       0      0          0 0.000000000<br />
2       0      0          0 0.000000000<br />
3      25      6         31 0.193548387<br />
4      33      0         33 0.000000000<br />
5     329     38        367 0.103542234<br />
6       1      5          6 0.833333333<br />
7       0      2          2 1.000000000<br />
8       0      3          3 1.000000000<br />
9       0      2          2 1.000000000<br />
10      3     15         18 0.833333333<br />
11      0      3          3 1.000000000<br />
12      1      6          7 0.857142857<br />
13      0      1          1 1.000000000<br />
14      1      1          2 0.500000000<br />
15      0      1          1 1.000000000<br />
16      0      1          1 1.000000000<br />
17      0      3          3 1.000000000<br />
18      0      1          1 1.000000000<br />
19      1      2          3 0.666666667<br />
20      9     18         27 0.666666667<br />

其中头两行的最后一列数据本来应该是缺失值，但是已成功做了修改。当然作图时仍然显示1楼所述之出错提示。
</p>

humphrey

在程序调试过程中，我感觉似乎问题和ggplot2的数据存储机制有关，可能在绘图之前它先保存了原始的数据，如果不能进行清理它就会始终调用这些数据，因而导致出错。我试过推出编译器再重新打开以清空变量，但是即便如此也没有任何作用。