SkyFx 用ggplot2的话，我觉得有两种方法。 其一，精确一点的方法，首先要新建一列(名字起为n.num)，放数据的重复计数，具体实现可用ddply什么的，加summarise参数，挂nrow函数；然后ggplot，color = n.num； 其二，粗略的方法，直接ggplot，指定alpha = 0.05（或其它值，需要自己试一下），这样重复的点会画在一起，自然就深了。
lovecos 回复 第1楼 的 mg： 楼主还可以试试smoothScatter()这个函数。 2楼回复的挺好，此外我觉得之所以用不同颜色表示不同重复次数的点，主要是想区分开不同的重复次数，因此可以将这些重复次数分成不同的区间，每个区间用差别比较明显的颜色。R里面也有专门为离散型变量准备的颜色板（见RColorBrewer包）。
