编写你自己的程序包（Writing R Extensions）

bravebird

每周译一点，英文水平很烂，大家不要见笑才好。

－－献给梧桐雨，深秋中可遇而不可求的一道纯真风景。

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第一章创建R的包

包（Packages）提供了一种机制在需要的时候来加载可供选择的代码和附加文档。在R的标准发行版本中提供了一些包。

在本书中，我们假设你知道命令”library()”及其”lib.loc”参数，并且还假设安装包的一些基础知识。另外，在继续阅读前请参考R的帮助文档：

?library

?INSTALL

假设你已经安装好了需要用到的软件，在手册《R Installation and Administration》中指明了需要哪些工具。在Unix及其相似的操作系统下，大部分工具是默认提供的，但在Windows和MacOS X中，就需要手动安装。

创建的包必需通过R的命令INSTALL来安装。更详细的信息参考《R Installation and Administration》的“Add-on packages”部分。

　　R也支持其它类型的扩展，请考1.11节

1.1 包的结构

　　一个包是由一些子目录构成的一个目录，它包括一个文件”DESCRIPTION”和子目录 ”R”, ”data”, ”demo”, ”exec”, ”inst”, ”man”, “po”, “src”和”tests”(其中一些目录可以不要)。包的目录下还包括文件”INDEX”, “NAMESPACE”, “configure”, “cleanup”, “LICENSE”, “LICENCE”, “COPYING” 和”NEWS”。其它的像文件”README”或”ChangeLog” 将被R忽略掉，但它们可能对用户很有用。

文件”DESCRIPTION”和”INDEX”将在这节说明，文件”NAMESPACE”将在1.6节说明。

可选文件”configure”和”cleanup”是Unix及其类似的操作系统上的脚本文件（Bourne shell），它们将在安装前和（如果指定了参数“--clean”）安装后执行。参考1.2

可选文件”LICENSE”/”LICENCE”或”COPYING”(前者更常用)包括包的许可的拷贝，即GUN public license。虽然，你可以自由地在你发行的包中加入授权文件，但请不要在你的包中安排安装另一个版本的GNU "COPYING"或"COPYING.LIB"文件，但可以参考http://www.r-project.org/Licenses/ 或在R的安装目录("share\license")下的GUN public license的拷贝。

作为惯例，GNU项目中的文件”NEWS”和”ChangeLog”，请参考http://www.gnu.org/prep/standards/standards.html#Documentation.

包的目录名称应当和包的名称一样。因为一些文件系统（像Windows的）对大小写不敏感，为了保持可移植性，强烈建议在这种情况下不要用大小写来区分不同的包。例如你己经有了一个名为”foo”的包，就不要再创建一个名为”Foo”的包。

确保文件名能在不同的文件系统和不同的操作系统上通用，ASCII控制字符，像‘"’, ‘*’, ‘:’, ‘/’, ‘<’, ‘>’, ‘?’, ‘\’和‘|’不允许出现在文件名中。另外，含有”con”,”prn”,”aux”,”clock$”, “nul”, “com1”到”com9”，和”lpt1”到”lpt9”的文件名在转换成小写或者去掉扩展名后，它们可能成为扩展名（如“lpt5.foo.bar”），这也是不允许的。同样，也不要在同一个文件夹下用大小写来区别不同的文件名（见上段）。除此之外，”.Rd”的文件将用在URLs中，帮必需为ASCII码并且不能含有%。为了达到最大的可移植性，文件名应当仅包括ASCII字符不要包括已排除的（即A-Za-z0-9._!#$%&+,;=@^(){}’[]）我们排除了空格，因为在很多就用程序中不受空格在文件名中）：非英文字符不能保证在所有地区都支持。在实际就用中，最好避免使用壳元字符（）{}’[]$。

一个包如果可能，尽量不要包含二进制的可执行文件：它们是不可移植的，并且如果它们没有很好的构造，也会有安全上的风险。如果不将它们列在包或文件集的最高级文件“BinaryFiles”中，R的命今check将发出警告。

R的函数package.skeleton能够帮助建立一个新的包的结构：更多内容请参见帮助。

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1.1.1 文件“DESCRIPTION”

文件”DESCRIPTION”包括包的如下基本信息：

Package: pkgname

Version: 0.5-1

Date: 2004-01-01

Title: My First Collection of Functions

Author: Joe Developer <Joe.Developer@some.domain.net>, with

contributions from A. User <A.User@whereever.net>.

Maintainer: Joe Developer <Joe.Developer@some.domain.net>

Depends: R (>= 1.8.0), nlme

Suggests: MASS

Description: A short (one paragraph) description of what

the package does and why it may be useful.

License: GPL (>= 2)

URL: http://www.r-project.org, http://www.another.url

续上一行的文字（比如，用一行写不完的描述性文字）是以一个空格或tab开始的。字段‘Package’, ‘Version’, ‘License’, ‘Description’, ‘Title’, ‘Author’, 和‘Maintainer’是必须有的，其它的字段(‘Date’, ‘Depends’, ‘URL’, . . . )是可选的。

为了达到最大化的可移植性，文件”DESCRIPTION”应当完全用ASCII字符书写。

字段”Package”和”Version”分别指出包的名称和版本。名称应当由字母、数字和点组成，并且以字母开头。版本号应当是由”.”或”-”分开的至少有2个（通常是3个）非负整数的序列。上面的例子所示的就是其规范形式，并且像“0.01”或“0.01.0”之类的版本号会被处理成“0.1-0”。（翻译包允许形如“Translation-11”的名字。）

字段“License”应当按以下的标准形式指明包的授权(license)。竖杠（“｜”）表示任选其中的一项。单个的授权说明文字必须是下列之一：

• 标准的短授权文字中的一个：GPL-2 GPL-3 LGPL-2 LGPL-2.1 LGPL-3 AGPL-3 Artistic-1.0 Artistic-2.0

就像http://www.r-project.org/Licenses/或者包含在R的源或安装目录下的子目录“share/licenses”中那样。

• 自由或开放软件授权的缩写的名称，就像包含在R的源或安装目录下子目录下的数据库文件‘share/licenses/license.db’中的授权。它可能（在版本化的授权中）还伴随一个“(op v)”形式的授权版本的限制，其中op是‘<’, ‘<=’, ‘>’, ‘>=’, ‘==’,或‘!=’中的一个比较运算符，v是版本号（用‘.’隔开的非负整数），授权版本限制还可以通过“,”来进行组合（参看下面的例子）。对于版本化的授权（versioned licenses），也可以在版本号后指明授权的名称，或者通过‘-’将一个授权的缩写与版本名称组合起来。如果必要，更多的自由（参见：http://www.fsf.org/licenses/license-list.html）或开放软件（参见：http://www.opensource.org/licenses/bsd-license.php)）的授权也可以加进来。

• “file LICENSE”或”file LICENCE”中的一个字符串来指名一个在包的最高目录（源或安装目录）中名为“LICENSE”或“LICENCE”的文件。

• 字符串“Unlimited”，用来表示除了相关法律规定外，没有任何散布或使用上的限制

下面是一些标准的授权说明文字：

License: GPL-2

License: GPL (>= 2) | BSD

License: LGPL (>= 2.0, < 3) | Mozilla Public License

License: GPL-2 | file LICENCE

请特别注意，”Public domain”不是一个有效的授权。这个在你包含这些信息时是很重要的！否则，在其它人散布包的拷贝的时候，它甚至不能被合法地纠正。

字段“Description”应当综述包的功能。可以用好几个句子，但只能有一个段落。

字段“Title”应当对包进行一个简短的描述。一些包的列表有总的大小限制，可能会把标题（Title）截断为65个字符。不要使用标记（markup），不要续行，不要以句号结尾。老版本的R使用一个单独的文件“TITLE”来标题信息，现在不允许这么做，并且“Title”字段在文件“DESCRIPTION”中是必需的。

字段“Author”描述包的作者。它是一段供人阅读的清晰的文字，并不会被用作自动处理（比如读取所有列出的捐献者的email地址）。

字段“Maintainer”应当给出一个名字和一个包括在尖括号的有效的email地址（用来发送bug报告等）。不应当以句号或逗号结尾。

可选字段“Data”用来指明当前版本的包的发行日期。强烈建议使用ISO标准的日期格式：yyyy-mm-dd。

可选字段“Depends”用来指明这个包所依赖的其它包，用逗号隔开。包的名称后面可以加一段用圆括号括起来的注释。注释中应当包含一个比较运算符（在R　2.7.0以前的版本中只支持“>=”和“<=”）、空格和有效的版本号（甚至在它们只是包的一部分的时候，也要把包的名字列出来）。如果你的包是依赖于特殊的版本的时候，你也可以使用特殊的包的名称“R”。比如，如果这个包只能在R的2.4.0及其以后的版本上运行，就在“Depends”字段中包含“R(>=2.4.0)”。library命令和R的包的验证程序将使用这个字段，因此不恰当的句法或滥用“Depends”字段来注释可能会用到的其它程序是不对的。所依赖的其它的环境（R系统的外部）应当列在“SystemRequirements”字段或者在一个单独的”README”文件中。在R的INSTALL程序将检查R的版本是否适用于正在安装的包，并且包的列表在加载当前包之前（在版本检查后）会被加载来，在调用library和保存包的代码的镜像（image）或者修复一个超时的加载（lazy-loading）时都会执行这样的操作。

从R2.7.0开始，一个包（或“R”）可以多次出现在“Depends”中，但只有第一个出现的才能被早期版本的R使用。（不幸的是所有出的都将被检查，所以只有”>=”和”<=”可以使用）

可选字段“Imports”列出了需要从中引入命名空间但又不需要加载的包的名称，通过”::”或”:::”操作符来访问的命名空间必须列在这或列在“Suggests”、“Enhances”中（见下面）。最理想的是这个字段包含所有标准的包，并且它的引用包括用作S4的包（因为它们的类的定义是可以改变的，这样，当其发生时，“DESCRIPTION”文件就可以用来决定哪些包需要重新安装）。

可选字段“Suggests”,使用与“Depends”相同的句法，它列出那些不是必需的包。这些包包括那些仅仅在例子、简述（见1.4节）和在函数体中被加载的包。比如，假设包foo中有个例子需要用到包bar中的一个数据集，这样在普通的使用中包bar就不是必需的，除非想要执行这个例子：最好是加载包bar，但它不是必需的。

最后，可选字段“Enhances”列出了即将被这个包增强的包，比如为来自这些包的类提供方法。

一般的原则是

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一般的原则是

• 那些只需要用library(pkgname)加载命名空间的包必须列到“Imports”字段。

• 那些用library(pkgname)命令要成功加载一个包而必须一起附带加载的包，必须列到“Depends”字段。

• 那些要成功运行R命令chek而必需的所有包必须列在“Depends”、“Suggests”、“Imports”中的一个字段中。

特别是，为了尽可能地精减安装，那些只用来为例子或包的说明提供数据的比较大的包应当列在“Suggests”而不是“Depends”。

可选字段“URL”给出了一个由逗号或空格隔开的URL列表，比如作者的主页或者有关该软件的其它材料的页面。这些URL将在CRAN上转换活动的超级链接。

基础和推荐包（即那些在默认和R一起安装的或在CRAN上推荐安装到R的二进制版本中的包）分别有一个值为“base”和“recommended”的“Priority”字段。这种优先权不必使用到“其它”包中。

可选字段“Collate”（或因操作系统而不同的各种“Collate.OStype”，比如“Collate.windows”）可以用来控制整理一个包中R代码文件的顺序，当它们从原代码安装的时候会连结成一个单一的文件。默认是根据‘C’的顺序来整理。如果出现了该字段，必须在其中列出包中所有的R代码文件（要考虑到所有与操作系统相关的子目录，参见1.1.3），它是一个用空格分开的相对于R的子目录的文件路径列表。路径如果包含空格或者引号需要用括起来。一个恰当的指定了操作系统的collation字段(“Collate.unix”或”Collate.windows”)将用来替代“Collate”。

可选字段“LazyLoad”和“LazyData”控制R的对象和数据集（各自的）是否延迟加载（lazy-loading）：如果这个字段的值为“yes”或“true”就会延迟加载，如果设为“no”或“false”就不会延迟加载。（大写字母也是可以的。）

如果你编写的包使用了methods包，指定“LazyLoad:yes”。

可选字段“ZipData”控制是否允许Windows的内置程序压缩数据目录：如果你的包不使用压缩了的数据目录，将其设置为“no”。

如果“DESCRIPTION”文件不是完全由ASCII构成，就应当包含一个“Encoding”字段指定使用的编码。这个通常是作为“DESCRIPTION”这个文件本身以及“R”和“NAMESPACE”文件的编码，并且作为“.Rd”文件的默认编码。这时是假设当运行R命令check时也用该编码，因为从R　2.8.0开始，它将作为CITATION文件的编码。只有latin1, latin2和UTF-8这些编码文件是被认为可移植的。（除非的确需要，否则不要指定编码，：这样做会降低包的可移植性。）

可选的字段“OS_type”指定包所运行的操作系统。如果使用该字段，应当是unix或windows，并且表示这个包只能安装在“.Platform$OS.type”指定的平台上。

可选字段“Type”，指定包的类型：参见1.11节，包的类型。

注：应当不包括“Built”或“Packaged”字段，因为它们会由包的管理工具自动加载。

1.1.2　“INDEX”文件

bravebird

今天发现丁国徽在一篇文章中提到会译<<Writing R Extensions>>,不知道他的工作进行得怎么样了?我是否有必要停止我的工作? 如果有人知道,请给我发个邮件:bravebird@126.com

谢谢.

张小遇

别人会译是别人的，而你是你自己的，喜欢就做下去吧。你英语比我厉害得多了，羡慕，如果我能自己翻译英文软件的说明说就好了。

yihui

我强烈建议你为本次R语言会议投稿，写一篇关于如何写程序包的文章。http://cos.name/bbs/read.php?tid=12064

sociology

[quote]引用第4楼bravebird于2008-11-22 14:54发表的“”:

今天发现丁国徽在一篇文章中提到会译<<Writing R Extensions>>,不知道他的工作进行得怎么样了?我是否有必要停止我的工作? 如果有人知道,请给我发个邮件:bravebird@126.com

谢谢.[/quote]

可以直接和他联系，看有没有合作的可能。这样可以加快翻译速度。

cloud_wei

丁老师翻译的应该都在这个上面了http://www.biosino.org/R/R-doc/

没有Writing R Extensions，可以发邮件确认一下，bravebird加油啊。

bravebird

1.1.2　“INDEX”文件

可选文件“INDEX”包含一列包中十分有用的对象，给出了他们的名称和描述（像print之类通常不显式调用的方法可能不会包括到里面）。通常该文件是没有的，相应的信息在从源安装和创建包（参见1.3节，检查和创建包）时自动地从文件中生成的（使用tools包中的Rdindex()）。

与其编辑这个文件，还不如将针对包的具体信息放到一个关于包的综述性的手册中（参见2.1.4，文档打包）或包的简介中（参见1.4，撰写包的简介）。

1.1.3 包的子目录

子目录“R”只包含R的代码。所安装的代码文件应当以一个ASCII（小写或大写）字母或数字开始，并且扩展名为“.R”，“.S”，“.q”，“.r”或“.s”。我们推荐使用“.R”，因为这个扩展名看起来还没有被其它软件使用。有可能用source()来读入文件中的代码，所以要建立R的对象必须用assignments。注意要将文件名与由该文件创建的R的对象联系起来。最理想的是，R的代码文件应当只指定R的对象，并且一定不要调用像require和options之类的有会带来额外影响的函数。在使用延迟加载的时候，如果要求创建某个对象，这个对象在载入某个包前（参见字段”Collate”）就要提前使用该包中的代码，那么在”Depends”字段中的那些包提供的用来创建该对象的函数应提供这样的机制：让那些被创建的对象不能依赖于这些包，除非通过命名空间来引入它们。（没有使用命名空间的包将会有较少的限制。）

这儿允许有两个例外：如果在R的子目录下有一个文件“sysdata.rda”（保存的R的对象的镜象），它将被延迟加载入命名空间/包的环境中，这样做是为了使用方便系统使用系统数据而不是为了让用户通过data来访问它。同时，以“.in”结尾的文件可以放到R的目录中，这样就可以通过它使用“configue”脚本一生成适合的文件。

代码文件中应只使用ASCII字符（和控制字符tab,换页符，换行符，回车符）。其它字符在可以在注释中使用，但些字符在UTF-8编码下是不可读的。在安装时有非ASCII字符的对象名，就会出错。在引号括起来的字符串中，任何字节都是可以合用的（但\uxxxx是不应被使用的）。但在一些地区，非ASCII字符串可能不能使用或显示不正常。

包中的各种函数可以被初始化和清除。对于那些没有命名空间的包，比如.First.lab和.Last.lib(关于有命名空间的包，请参见1.6.3　加载链)，通常是在名为“zzz.R”的文件中定义。如果.First.lib在一个包中被定义，在包被加载和执行attach后，它们由参数libname和pkgname调用。（如果一个带着版本信息的包被安装，那么这个包的名字就包括版本信息。比如“ash_1.0.9”）。被常用来在.First.lib中调用library.dynam来读取汇编的代码：另一个用途是调用会带来额外影响的函数。如果在一个包中存在.Last.lib，那么这个包在执行detach前，它们会被调用（用一个包的全路径的参数）。没有.Last.lib函数的包是很少见的：它的一个用处就是调用library.dynam.unload来释放汇编代码。

子目录“man”应当只包含包中对象的Rd(R文档)格式的文档文件。文件名必须以ASCII（大写或小写）字母或数字开头，扩展名为“.Rd”（默认）或“.rd”。另外，文件名必须在URLs：“file://”中是有效的，这就意味着它们必需全部是ASCII码，并且不包含“%”。更多信息，参见第二章［编写R的文档］。注意，包中所有用户级的对象都应被编进去。如果一个包pkg包含用户级别的对象，但仅在内部（“internal”）使用，那么在包中应当提供一个“pkg-internal.Rd”文件，它们编入所有的这些对象，并且明确说明它们不会被用户调用。R的标准版本中的grid包可以作为例子供参考。注意那些大量使用内部对象的包，当这些对象没有被编录的时候，应当将这些对象隐藏在一个命名空间中（参见1.6　包的命名空间）。

bravebird

子目录“R”和“man”可以包含与特定操作系统相关的子目录，名为“unix”或“windows”。

*****

目录“scr”中加入的可选文件“Makevars”或“Makefile”是编译后代码的源代码和头文件，当用R命令INSTALL安装一个包时，Make用来控制编译并且连接到加载到R中的共享对象。对于C，C＋＋，FORTRAN77，Fortran 9x,Objective C和Objective C++(它们的扩展名分别为“.c”，“.cc”或“.cpp”或“.C”,“.f”,“.f90”或“.f95”,“.m”和“.mm”或“.M””)这个过程有默认的变量的规则（当R的配置被记录到“R_HOME/etcR_ARCH/Makeconf”中时这些规则就确定了）。对于C＋＋或Fortran9x的文件，我们推荐使用“.h”作为头文件。默认的规则可以通过在文件“src/Makevars”中设置宏来改变（见1.2　使用Makevars）。注意这个机制应当通用化，使“src/Makefile”的不再需要***。如果分配了这样一个文件，要非常小心的将它通用化，让它能够在所有的R的平台上使用。它应当有一个恰当的最初目标（一般称为“all”）和（可能是空的）目标“clean”，目标“clean”将清除所有的由Make(执行R安装命令”clean”和R安装命令”preclean”)产生的文件。在Windows上专用的文件“src/Makevars.win”的优先级高于“src/Makevars”，并且必须使用文件“src/Makefile.win”。***

子目录“data”是用来存放由包产生的额外数据文件，这些数据文件可以用data()来加载。目前，数据文件可以有三种类型，其类型由扩展名决定：一般的R代码（“.R”或“.r”），表（“.tab”，“.txt”或“.csv”，文件格式请参考?data）或save()保存的镜象（“.RData”或“.rda”）。R的所有端口都使用同样的二进制（XDR）格式，并且可以读取压缩镜象。默认由save(,compress=TRUE)保存的镜像，以节省空间。注意，为了在没有加载包的情况下使用数据文件，R代码应当在数据文件中是封闭的，不要使用包中另外提供的的函数。再也不必在“data”目录中提供“00Index”文件了，相应的信息会在安装包或者创建包（参见1.3　检查并创建包）时由文档自动生成。如果你的数据文件比较在，你可能用文件在”data”子目录中使用一个“datalist”文件来加快安装过程。在该文件中，每个data()可以找到的主题占一行。如果格式为“foo”,命令data(foo)将加载数据“foo”，就用格式“foo”,如果格式为“foo:bar bah”，命令”data(foo)”将加载数据“bar”和“bah”。　***

子目录“demo”是用来保存R的脚本文件的（通过demo()运行），它们用来演示包的一些功能。演示可以是交互的，并且不会被自动检查，所以，如果想要测试演示代码，请使用“tests”子目录下的代码。脚本文件必须以字母（大写或小写）开头，扩展名为“.R”或“.r”。如果提供了演示，那么“demo”子目录应当提供一个文件“00Index”，每个演示分别写成一行，给出演示的名称及其描述，名称和描述用空格格开。（这个索引文件是不可能自动生成的。）

子目录“inst”下的内容将被累加式地复制到包的安装目录下。“inst”的子目录将不会影响那些由R使用的目录（目前为“R”，“data”，“demo”，“exec”，“libs”，“man”，“help”，“html”，“latex”，“R-ex”，“chtml”和“Meta”）。在创建“src”后就拷贝“inst”,这样，“Makefile”就可以创建要安装的文件。注意除“INDEX”，“LICENSE”/“LICENCE”，“COPYING”和“NEWS”（从R　2.7.0开始），包的高级信息文件将不会被安装，这样用户就不会知道Windows和MacOS X的被编译了的包的信息（并且用户如果用R命令INSTALL或者从工具栏执行install.packages也看不见）。所以，你如果想要最终用户看到其它信息文件，就应当把它们放到“inst”中。

bravebird

子目录“tests”是用来存放附加的具体包的测试代码，类似于R中发行版本中的具体的测试。测试代码既可以直接由一个“.R”文件来提供，也过以由“.Rin”文件中的代码来创建相应的”.R”文件（例如：通过收集包中所有的函数对象，然后用临时参数来调用它们）。运行“.R”代码的结果被写入了文件“.Rout”中。如果已经存在一个相应的“.Rout.save”文件，就将比较这两个文件，将报告它们的不同之处，并不会引起错误。目录“tests”将被拷贝到检查区域，并且测试将在这个拷贝上运行，并且将拷贝作为工作目录，还设置了参数R_LIBS以确保安装的包在测试期间能够通过library(pkg_name)加载。

子目录“exec”可以包含附加的包需要的可执行文件，典型的文件是shell, Perl 或Tcl这些解释程序的脚本。这种机制现在只用在很少的一些包中，并且依然是试验性的。

子目录“po”是用来存放那些与本地化（localization）相关的文件的。参见1.9　国际化。

1.1.4 包的封装（Package bundles）

有时将几个小的包封装成一个大的包一起发行是比较方便的。（VR就是一个例子，它包含4个包。）在类Unix操作系统和Windowx上的安装程序都能处理这样的大包。

大包的“DESCRIPTION”文件中有一个“Bundle”字段，没有“Package”字段，如下所示：

Bundle: VR

Priority: recommended

Contains: MASS class nnet spatial

Version: 7.2-36

Date: 2007-08-29

Depends: R (>= 2.4.0), grDevices, graphics, stats, utils

Suggests: lattice, nlme, survival

Author: S original by Venables & Ripley.

R port by Brian Ripley <ripley@stats.ox.ac.uk>, following earlier

work by Kurt Hornik and Albrecht Gebhardt.

Maintainer: Brian Ripley <ripley@stats.ox.ac.uk>

BundleDescription: Functions and datasets to support Venables and

Ripley, ’Modern Applied Statistics with S’ (4th edition).

License: GPL-2 | GPL-3

URL: http://www.stats.ox.ac.uk/pub/MASS4/

“Contains”字段列出了大包中包含的小包（空格分开），它们将按照它们的名字分别放到不同的子目录中。在创建和安装期间，包（后面的包指的是小包）将按指定的顺序安装。请确认列表的顺序与它们之间的依赖关系是对应的。

除了“DESCRIPTION”文件被替换为“DESCRIPTION.in”外，大包中的小包都是标准的包。在“DESCRIPTION.in”中只包含了附加到大包中文件“DESCRIPTION”的字段。比如：

Package: spatial

Description: Functions for kriging and point pattern analysis.

Title: Functions for Kriging and Point Pattern Analysis

除了“DESCRIPTION”文件和命了名的包之外，在大包中的所有文件，都将被忽略。

大包中的“DESCRIPTION”文件中的“Depends”字段将列出所有小包的从属（类似于“Imports”和“Suggests”），并且文件“DESCRIPTION.in”就不应再包含这些字段了。

bravebird

1.2　配置和清理

注意节的大部分都是针对Unix的：参考后面关于R的Windows端口的评价。在安装包之前，如果你的包需要针对特定的操作系统作一些配置，你可以在包中安排一个可执行（Bourne shell）脚本文件“configure”，在运行其它程序前，R命令INSTALL将首先执行（如果有）该文件。该脚本可以由Autoconf生成。也可以由你自己写。这样就可以用来检测是否提供了非标准的程序（library），让错误的代码在安装的时候就被发现，而不是在包被编译后或者使用时才给出错误提示。总之，你可以在你的扩展包中最大限度地发挥Autoconf的作用（包括变量代换，搜索程序库等）。

在Unix及其类似的操作系统上，如果在运行R命令INSTALL时给出了选项“--clean”，那么在程序的最后一步将运行脚本（Bourne shell）程序”cleanup”。在用R命令build准备从源创建包时也是这样。可以用它来清除包的源目录树，特别是用来删除所有由“configure”创建的文件。

比如，假设我们想使用一个（C或FORTRAN）程序库foo的某些功能。我们可以用Autoconf来创建一个配置脚本，用来查找程序库，将如果找到了，就将变量HAVE_FOO设置为TRUE，如果没找到，就设为FALSE，然后将这个值写入到输出文件（用HAVE_FOO的值来替换输入文件中“@HAVE_FOO@”的实例）。例如程序库foo可以链接到函数bar（即使用”-lfoo”），可以在“configure.ac”中使用（假设是Autoconf 2.50或更新的）

AC_CHECK_LIB(foo, fun, [HAVE_FOO=TRUE], [HAVE_FOO=FALSE])

AC_SUBST(HAVE_FOO)

......

AC_CONFIG_FILES([foo.R])

AC_OUTPUT

相应的R的函数“foo.R.in”可以定义为：

foo <- function(x) {

if(!@HAVE_FOO@)

stop("Sorry, library ’foo’ is not available"))

...

如果程序库foo（和想要的功能）没找到，从该配置文件创建的R源文件“foo.R”类似

foo <- function(x) {

if(!FALSE)

stop("Sorry, library ’foo’ is not available"))

...

上面的代码有效地将该函数变为不可用。

对于那些可用或者不可用功能，可以分别使用不同的程序块。

在编译R或者你的包的时候，你很可能需要确保样同的C编译嚣和编译标识可以用在“configure”测试中。在Unix下，为了实现这个目的，你可以在“configure.ac”文件的前面部分写入下列程序段：

: ${R_HOME=‘R RHOME‘}

if test -z "${R_HOME}"; then

echo "could not determine R_HOME"

exit 1

fi

CC=‘"${R_HOME}/bin/R" CMD config CC‘

CFLAGS=‘"${R_HOME}/bin/R" CMD config CFLAGS‘

CPPFLAGS=‘"${R_HOME}/bin/R" CMD config CPPFLAGS‘

（当将脚本文件作为R命令INSTALL一部分的时候，为了能够使用正确的R的版本，有必要使用“${R_HOME}/bin/R”，而不要使用“R”）

注意本文档的早期版本推荐直接从“R_HOME/etcR_ARCH/Makeconf”获得（使用grep或sed）配置信息，这样就只能测试那些作为字面值记录在那的变量。你可以使用R命令config来获取基本配置变量的值或头文件和程序库标识，它们都是联结到R所必需的。更详细信息参考R命令config—help。（从R　2.6.0开始，也可以在Windows上运行。）

注意由R决定的FLIBS必须用来确保FORTRAN77代码能够在所有R平台上运行。不必调用（并且由此，例如，从ACX_BLAS移除）Autoconf的宏AC_F77_LIBRARY_LDFLAGS，它将重写FLIBS。（目前版本的Autoconf实际上允许一个已经存在的FLIBS来改写FORTRAN连结标识的测试。同时，目前版本的R可以检测外部的BLAS和LAPACK程序库。）

wanghl2007

加油，我支持你！

bravebird

[quote]引用第13楼wanghl2007于2008-11-28 15:18发表的“”:

加油，我支持你！[/quote]

这是我最大的动力。

要检查外部的BLAS程序库，可以使用官方的Autoconf宏包中的ACX_BLAS宏，如下所示：

F77=‘"${R_HOME}/bin/R" CMD config F77‘

AC_PROG_F77

FLIBS=‘"${R_HOME}/bin/R" CMD config FLIBS‘

ACX_BLAS([], AC_MSG_ERROR([could not find your BLAS library], 1))

注意像由R决定的FLIBS必须用来确保FORTRAN77代码能够在所有R平台上运行。不必调用（并且由此，例如，从ACX_BLAS移除）Autoconf的宏AC_F77_LIBRARY_LDFLAGS，它将重写FLIBS。（目前版本的Autoconf实际上允许一个已经存在的FLIBS来改写FORTRAN连结标识的测试。同时，目前版本的R可以检测外部的BLAS和LAPACK程序库。）

你应当记住配置脚本文件在Windows系统上无法正常运行（尽管简单的shell脚本可以运行，但如果是由Autoconf生成的脚本一般是不能运行的）。如果你的包是要给公众使用，请给那些使用非Unix平台的用户足够的信息，好让他们手动配置，或者提供一个能在Windows平台下使用的脚本文件“configure.win”。（那也可以放置一个可选的cleanup.win”脚本，它们都应当是可以由ash执行的脚本文件，ash是一个Bourne-style sh.的最小化版本。）

在一些极少见的情况下，配置和清理脚本文件需要知道包的安装位置。比如，在包中使用了C语言代码，并且建立了两个共享对象或DLL。通常，被R动态地加载的对象是与该附加对象相联系的。在一些操作系统中，当R动态地调用一个对象时，可以将其所依赖的其它对象的地址指定给该象。这意味着每个用户不必设置环境变量LD_LIBRARY_PATH(或其它类似的变量)，而自动加载该附加对象。另一个例子是当包在安装在运行时使用的文件的时，它们的地址会在安装的时候被写入R的数据结构中（如SJava包中的Java Archive文件）。最高级的程序库目录（由“-l”参数指定的）和包的目录本身可以通过shell/环境变量R_LIBRARY_DIR和R_PACKAGE_DIR指定线安装脚本文件。另外，包的名称（如“survival”或“MASS”）也可以从shell变量R_PACKAGE_NAME获得。

1.2.1 使用“Makevars”

陈放

支持有时间我也加入，我以前也用过一段，最近也写了经验似然和变系数模型方面的一些东西，看有时间我也打个包。

wanghl2007

呵呵，会继续的。

pengchy

人呢？谁来继续？

wanghl2007

[quote]引用第17楼pengchy于2009-06-20 01:52发表的 :

人呢？谁来继续？

[/quote]

会继续的，感兴趣不妨加入哦！

twinsken

求继续