evilbatuu 各位老师，本人目前做了几个芯片，要用R进行分析，初步设想是先按照基因类别分开来。比方说，按照转录因子，细胞因子，粘附分子，凝集素家族，免疫球蛋白家族，凋亡调控，细胞分裂，脂肪代谢等基因类别分别整理出来，在各自类别内部再做进一步分析。 就是问下各位，我如何去找转录因子包括哪些基因，细胞因子又包括哪些基因，粘附分子总共又有哪些呢？Go网站？还是KEGG？大概怎么个查找法，能否稍微详细的告知，谢谢！
mengchen 如果想从一个数据库中找到所有这些，要从 GO 去找，因为 KEGG 主要是 pathway。 每一个平台都有与之对应的 annotation package，从annotation package 中可以找到关联的 GO term。 此外，还可能需要 GO.db 这个 package 来查找相关的 parent term 或者其他关联的 term。 但是我多说一句，你的这个分析思路不是很常见。正如二楼所说，大部分的 microarray 分析都是要针对差异表达基因，如果想要找到某一类别的基因 （细胞因子，粘附分子，凝集素家族，免疫球蛋白家族 等等），可以对 差异表达基因进行富集分析 （enrichment analysis）。
