新手R数据筛选错误求助，undefined columns selected

evilbatuu

[s:15][s:15]好久不用R了，今天用来数据筛选，就是基因芯片结果中的大量数据，根据另一个基因名称表mygene（大概100个兴趣基因）筛选一下。

导入数据没问题，用的read.csv.....

芯片结果基因名那列名称叫gene，另一个表mygene没有header

selected<-chip[chip$gene%in%mygene[,1]]

回车后就是undifined columns selected

但是单独chip$gene或者mygene[,1]都是正确的，都能找出结果。

有时候不知怎的，selected<-chip[chip$gene%in%mygene[,1]]

不报错了，但显示selected时又说没有列但有57890行（基因芯片有这么多数据）。

求大大解答[s:12][s:12]

wangpeng692

selected<-chip[chip$gene%in%mygene[,1],]

不知道行不行

evilbatuu

试过了，就是不报错了，但显示selected时又说数据框没有列但有57890行

evilbatuu

求高手呀，急等[s:12][s:12]

Robert_Hoo

你把完整的code跟报错贴出来，根据你的描述没法知道code在哪里出错

而且二楼给你的是

<br />
selected<-chip[chip$gene%in%mygene[,1],]</p>
<p>你都写成了 selected<-chip[chip$gene%in%mygene[,1]]<br />
少了最后一个逗号<br />

evilbatuu

抱歉，我又试了试selected<-chip[chip$gene%in%mygene[,1],]不报错，但最终结果selected仍旧是完整的chip，没有筛选。mygene【，1】改成as.matrix(mygene)后也一样，不报错但也不筛选，结果selected=chip

但是我试了试selected<-chip[chip$gene%in%c（“abc”，“cba”）,]这样结果是对的，selected显示为abc和cba两个基因在chip中的两行结果。

我不是搞信息学的，所以没有啥code，呵呵，只是会简单的几个命令 read.csv读的数据表，然后就是直接筛选数据了。

会不会是我少装了什么插件，导致不能识别mygene[，1]?

急人哪

manxingxing

你要是能贴一下这两个对象的结构就好了。本是个很简单的操作，不会需要什么插件。

<br />
str(mygene)<br />
str(chip)<br />

evilbatuu

> str(mygene)

'data.frame': 150 obs. of 1 variable:

$ V1: Factor w/ 147 levels "Ahr","Ar","Arid3b",..: 7 30 106 84 9 42 43 1 3 4 ...

> str(chip)

'data.frame': 15788 obs. of 5 variables:

$ gene: Factor w/ 15788 levels "0610005C13Rik",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...

$ A : Factor w/ 13714 levels "0.008388375",..: 1285 2 12934 5785 5336 2 3701 10610 8905 6203 ...

$ B : Factor w/ 13257 levels "0.01","0.011826753",..: 2008 1025 12072 6394 5952 1 2825 10457 3127 6183 ...

$ C: Factor w/ 13285 levels "0.009540572",..: 2 2 12977 6344 6514 2 2924 9281 2753 6279 ...

helend

回复第8楼的 evilbatuu：

有些时候factor的运算会出现一些问题，如果你的df的存储了一些比较复杂的变量也会有一些问题。

遇到这种问题的时候，我一般采用下面的步骤DEBUG：

可以试试先转化为character：

selected<-chip[as.character(chip$gene)%in%as.character(mygene[,1]),]

如果还是不行，使用class等函数调查一下数据类型，是不是自己期望的结果。%in%这个函数应该比较的是字符串或者数值。

class(mygene[,1])，type(mygene[,1])

class(mygene[1,1])，type(mygene[1,1])

如果有什么其他的数据类型，可能你需要unclass, unlist等函数来转换为字符串。

evilbatuu

呵呵，莫名其妙又可以了。有时候真不知道怎么回事[s:12]

evilbatuu

多谢各位兄弟各种帮助，再次小弟一并谢过了，温暖的大家庭呀[s:11]