请问高手用ggplot2添加stat_smooth()报错不知是什么原因如何纠正？

smurf

<br />
> p <- ggplot(mpg, aes(x=cty,y=hwy))<br />
> p+geom_point()+stat_smooth()<br />
geom_smooth: method="auto" and size of largest group is <1000, so using loess. Use 'method = x' to change the smoothing method.<br />
Warning message:<br />
In grid.Call.graphics(L_polygon, x$x, x$y, index) :<br />
  semi-transparency is not supported on this device: reported only once per page<br />

cogitovita

回复第1楼的 smurf：试试保存成pdf？

suckbunny

回复第1楼的 smurf：#需要说明的是当数据量小于1000时如不指定默认用loess法,

#而当数据量大于等于1000时默认用gam法

<br />
qplot(carat,price,data=dsmall,geom=c('point','smooth'))</p>
<p>qplot(carat,price,data=diamonds,geom=c('point','smooth'))</p>
<p>

#用了smooth后会有置信区间显示在图形上，若要关闭可以使用se=F关闭

<br />
qplot(carat,price,data=dsmall,geom=c('point','smooth'),se=F)<br />

#对于拟合方法除了默认,也可以手动指定,有loess,lm,gam(需要mgcv包),rlm(需要MASS包)

#曲线的弯曲程度可由span指定,从1到0越来越弯曲,仅当method=loess时有效

<br />
qplot(carat,price,data=dsmall,geom=c('point','smooth'),span=0.2)</p>
<p>qplot(carat,price,data=dsmall,geom=c('point','smooth'),span=1)</p>
<p>

#其中当载入mgcv包时,可以使用gam方法:

#1.当数据量小于1000时,使用formula=y~s(x)

#2.当数据量大于等于1000时,使用formula=y~s(x,bs="cs")

<br />
qplot(carat,price,data=dsmall,geom=c('point','smooth'),<br />
        method='gam',formula=y~s(x))</p>
<p>qplot(carat,price,data=dsmall,geom=c('point','smooth'),<br />
        method='gam',formula=y~s(x,bs='cs'))<br />

#lm方法不多介绍,其中当载入了splines包后,可以拟合natural spline,

#使用formula=y~ns(x,2),其中第二个参数是自由度,自由度越高,曲线越弯曲

<br />
qplot(carat,price,data=dsmall,geom=c('point','smooth'),<br />
        method='lm')</p>
<p>library(splines)</p>
<p>qplot(carat,price,data=dsmall,geom=c('point','smooth'),<br />
        method='lm',formula=y~ns(x,5))</p>
<p>

#rlm方法更稳健,不受离群点影响

另外并没有报错。只是善意的提醒。

smurf

真的很详细，但是本人初学，没看懂，执行代码也没有通过，是否可以解释的通俗一些？举个简单可执行通过的例子！谢谢了！

smurf

真的很奇怪在交互时不能正确生成图片，而在生成pdf时就正常了？只是少了如下的错误信息！不知原因在哪里？

<br />
Warning messages:<br />
1: In grid.Call.graphics(L_polygon, x$x, x$y, index) :<br />
  semi-transparency is not supported on this device: reported only once per page<br />
2: In grid.Call.graphics(L_polygon, x$x, x$y, index) :<br />
  semi-transparency is not supported on this device: reported only once per page<br />

zggjtsgzczh

你可以使用以下代码及参数，注意具体的方法所引用的公式或参数定义请自行把握及判断：

<br />
p <- ggplot(mpg, aes(x=cty,y=hwy))<br />
p+geom_point()+stat_smooth(method='loess')<br />

对于你于1#所提出的疑问，解释如下：

method

smoothing method (function) to use, eg. lm, glm, gam, loess, rlm. For datasets with n < 1000 default is loess. For datasets with 1000 or more observations defaults to gam, see gam for more details.

援引自：?stat_smooth 的'Arguments'段第一款。

而对于你所提出的绘图输出，由于我不知道你是用的是怎样的设置，至少我这边运行上述代码没有任何错误或警告信息出现。从你所提供的错误信息看，你是否设置绘图参数中含有透明度的参数了，如果是那就是说，你所输出的绘图设备不支持透明度。

suckbunny

回复第4楼的 smurf：不知楼主R版本多少？

smurf

R的版本是2.15.2，系统用的是Ubuntu12.04,是不是还需要什么操作才能解决呀？我用Igraph和ggplot2都遇到了如下的错误！不知如何解决？

<br />
In grid.Call.graphics(L_polygon, x$x, x$y, index) :<br />
  semi-transparency is not supported on this device: reported only once per page<br />

fridaywu

回复第8楼的 smurf：我也是遇到这个问题不知道怎么回事