nan.xiao 我了解的很少 。。。 规模大了以后不仅仅是速度慢的问题 布局方式更是一个问题 。。。 我只知道规模大了以后可以用环形布局 比如Martin Krzywinski开发的circos 还有一种线性布局的叫hive plot 最开始出了个原型软件包叫linnet 现在好像没了 以上都是perl写的 用户需要通过写配置文件来画图 略恶心 。。。 不过速度还可以接受 有人在2011年12月在CRAN上为hive plot推出了R包 名为 HiveR 可以一试